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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00155



RNA: ASE_00155
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))..(((....)))....(((((...((....((((....))))...((((((........((.((((((((...))))))))))..(((((((...)))))))..((...((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))))))........))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....)))))....)).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....)))))).((((((((.(((.(((((((...((....((((....)))).(((.........(((((((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))..((..(((....)))..)).........))))..))).))...)))))))))).)))))))).((((.............))))..(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........)))))..)).))))..)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........((((.........)))).....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((...........................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((..................................................................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((......(((((((((((...)))))))).)))((((((((...(((((((.......((((((((....)))))).((((((((.(((.((((((..........((((....))))....................((((((((...))))))))..(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..))...(((.....))).......))))))))).))))))))..)).....)))))))................((((.((.(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))..)).))))...................)))))))).)).))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.........(((((((.....)))))))....((((((((...................((((((....))))))(((((....)))))........................(((((((....................................................................(((....)))...............................................)))))))..........................((.....(((((((((..................................................................)))))))))......))....................)))))))).)).))))).)))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((......(((((((((((...)))))))).)))(((.(((((((((.........(((((((((((....))))))(((((....)))))...((((.........((......(((((((...((.....((((.(.((((((((...))))))))...((((((((...)))))))).((...((..(((....)))..))..))...).))))..))...((((((((...))))))))....)))))))..)).......))))......)))))))))...(((((((((..................((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((......(((((((((((...)))))))).)))((((((((...(((((((..(...(((((((((....)))))).((((((((.(((.(((((((.........((((....)))).(((.........((((((.((((((((...))))))))))(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..)).....))))..)))......)))))))))).))))))))..))).)..)))))))..........((....((((.((.(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))..)).)))).......))..........)))))))).)).))))).)))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.........(((.............)))......(..((((.............(((((.(((((....))))).(((((....)))))...............................(......................((...)).....).....................................................................................................................)))))....................................((((..............)))).............................................................)))).)...)).))))).)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....(((((((......(((((((((....))))...((((((((.(((.((((((..........((((....))))(((..............(((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))......(((....)))...........(((.....)))....)))))))))))).)))))))))))))....)))))))...(((..........((((....(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..))))))))).....))))...))))))))..........))))).....))))).)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((.........((((((((((((..((......))((.((((((((...)))))))))).((((((((...)))))))).((...((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))))..)))))))..))).))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..((((((..((((((((((((((((......)))))))..))))).)))).))))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((......(((((((((((...)))))))).))).(((((((...(((((((.........((((((....)))))).((((((((.(((.(((((((.........((((....))))....................((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))).....((..(((....)))..)).......((.......))......)))))))))).)))))))).........)))))))................((((....(((((((((..........((......((((((.((((....)))).))))))[[[[[[[.))...]]]]]]]..))))))))).....))))...................)))))))..)).))))).)))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.....((((((((.......)))))).))..((.(((((................((.(((((....))))).(((((....))))).....((((............((((((.(((.........................................(..........)........................................................................))).)))..)))........))))....))..........((((..........(......((........((.................)..)))).......................))))............................)))))))..)))))))))))....)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....)))))).((((....))))...(((((.........((((....))))...((.(((........((.((((((((...)))))))))).((((((((...)))))))).((...((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))).)).............))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..((((((..((((((((((((((((......)))))))..)))))).))).))))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((.....((((((..)))))).((((((....)))))).........(((((.(((((((........((((....))))...((((((....(((((((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))......(((....))).............)))).......((((((((...))))))))...)))))).....((((..........))))...)))))))..(((((((((.((((......))))...((((((.(((((..))))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))....)))))......)))))..........))))).....))))).)))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((.........)))))((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.....................................................................)........))..............................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((..................................................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((.........)))))((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.....................................................................)........))..............................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((..................................................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((....((((....))))...((((((.....((.(((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))..((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))))))........))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((.........((((.[[[))))......(((........((.((((((((...))))))))))(((((((((...))))))))).........(((....)))...........(((.....)))..((((((((...))))))))...))).......]]]......))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..((((((..((((((((((((((((......)))))))..)))))).))).))))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..........((((.........)))).....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((...........................................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((..................................................................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((....((((....))))...((((((.....((.(((((((((((...))))))))..(((((((((...))))))))))))..((..(((....)))..))..))...(((.....)))..((((((((...))))))))...))))))........))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....(((((((..(...(((((((((....))))...((((((((.(((.((((((..........((((....))))(((((.((.....((((((.((((((((...))))))))))(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..)).....))))..))..)).)))))))))))).))))))))))))).)..)))))))...(((((....))..((((.((.(((((((((.((((......))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))..)).))))...))))))))..........))))).....))))).)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..((((((((((((((...).((((.(......))))).....((((((((((((((..(((((((..))))))).(((.(((.((((((((..........)..)))).)))))))))(..)((....).).....((((((((...))))))))(((((((((((...))))))))).))((((((((((..)))))))))..)..)))))((..((..(((((..((((((((((((((..........)).))))))..))))))..)))))))..)).....((((......))))....)))))))))((((.(((((..))))).))))..(((((((......))))))))))))).))).))))((((.((.((((((...))))).).))))))..)).))))).)))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....................((((((....)))))).((((....)))).................((((....))))....................((((((((...))))))))..((((((((.....)))))))).....((..(((....)))..)).......(((.....))).................................................................(((((((((..................((((((.((((....)))).))))))(((((((......)))))))..)))))))))...............)))))..........))))).....))))).)))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..((((((((((((...)))))))).)))).(((((....((((((((((......((((((....))))))(((((....)))))..(((((...((....((......(((((((...((.....((((((.((((((((...))))))))))(((((((((...)))))))))((...((..(((....)))..))..)).....))))..))...((((((((...))))))))....)))))))..))..))...))))).(((((...((((((......))))))...))))).)))))))))).((((..(((((((...((((((((((((((......)))))))..)))))))..)).)))))..)))).)))))..........))))).....))))).)))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((((((((((.....))))))).))))........((((((....))).))).((((((....)))))).((((....))))..((((...........((((....))))..............))))..(((((((.....))))))).(((((((((.....)))))).((((........))))..........((((.((..((......)).))))))...))).((((........))))..((((..........)))).....(((((......))))).((((......))))...(((((..((((....))))..))))).((((((((....)))).....((((....))))...))))..(((((((.........((((.....))))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((((((((((.....))))))).))))........((((((....))).))).((((((....)))))).((((....))))..<<<<)))........((((....))))..............>>>>..(((((((.....))))))).(((((((((.....)))))).((((...cccc.))))..........((((.((..((......)).))))))...)))...((((...CCCC....)))).....(((((.{{{(....((((((..bbb.))))))ddddBBB)..DDDD(((..aaa)))(((....)))...AAA..((((((.[[[[[..))))))..((((....))))]]]]]...))))).}}}.......(((((.....))))).......))).