CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00159



RNA: ASE_00159
Rfam family: -

GAAUACAGCAGUUCUCUCUUCGUAAGAAGAGAGAUUGUGUUACCCUUCGUAACACAUUACCCGUGAGGGAACUAUUAGGUGGAAACCUAGUUAGCUUUGUCGUCAUAAGUGAUCAACGUCUUUCCCCUCGAUUUAUUUUCGGCGGGCGAAUGACGGAUGGGAACGGCGAUAGUUACAAUGUUUGACGUAUCACGUGAUAUUAUCACAAGGUAUGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACCCCGGUUGUUAUCUACAACCGGUUGAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .................................((((((..................(((((....)))))..(((((((....)))))))......(((((((................(((((((((((.......)))))))))))...............)))))))..))))))....(((((((((((((((...)))))))))))).)))....................((((((((((.....)))))).))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....((((((.(((((((((....)))))))))..(((((((.....)))))))....(((....)))....(((((((....)))))))(((((..((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)))))))))))))..........((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................((((((((.....))))))))....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((.((((((((....)))))))))))))))((((...(((...(((((.(((....)))....(((((((....)))))))((((..(((((((.......(((..((((...(((.((((.......)))).))).....)))))))......))))))))))).)))))...)))......(((((...)))))..)))).(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))..(((((((((....))))))).))....((((((.........(..((((.((((((((((.......)))).))).))).))))...).....))))))................(((((..((((.....))))..)))))(((((...((......))...)))))((((((((.....)))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(.......................................................................................................................................................................((((((....(......).....))))))....................)..............................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....))).....(.((((....)))))....((((.........))))......((((.(((((.((.......(((........))).....)).))))).)))).................((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................(((((((.......)))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))..(((((((((....))))))).))((..((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))..............(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..((((..[[[[[..))))......((((.((((((((((.......)))).))).))).))))]]]]].(((.[[[[[.))).((((......((((((..(((((...)))))..))))))....))))......]]]]]......((((((((.....)))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....))))))).((((..((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))))...........((((((..(((((...)))))..))))))((((..(((......)))..))))..(((((((.....)))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))........(((((............((((.((((((((((.......)))).))).))).)))).........))))).................(((((..((((.....))))..)))))(((((...((......))...)))))((((((((.....)))))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....))))))).(((..(((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))))............(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...((((((((((....(((((((....)))))))........[[[[[[[..........[[[[[...)))))..............]]]]].]]]]]]])))))........................((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................((((((((.....)))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..))).))).(((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)).(((((.((..((((....((((((((..(((((...)))))..)))))).)).))))...)).)))))..))).((((((((.....)))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((....(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))((.(((....)))))..(((((((....)))))))((((..(((((((........(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))....)))))))))))(((...)))..(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....)))))))).((((.((((.......(((((((....)))))))..........(((((..(((((...((((.(((((...........((((.....))))........))))).))))...((((.......))))..))))))))))....))))..))))....)))))).................((((((((.....)))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..))).))).(((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)).(((((.((..((((....((((((((..(((((...)))))..))))).))).))))...)).)))))..))).((((((((.....)))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..))).(((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))).............((((...))))..)))).(((........(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))).))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....))).)))(((((((....)))))))..)))((((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))......)))))...(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (........)..((((((((((..)))))))))).(((((((.......))))))).(((((((((...(((((((((((...).))))(((.((.......((((..)))).((.(((((((((((((((.......)))).))).))))))))..))..).)))).))))))((((...)))..)(((((..)))))...)))).))))).(((((.(((..(...)..))))))))(((((((.......)))))))(..).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....))))))).......((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))...............((((((..(((((...)))))..)))))).........................((((((((.....)))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))..(((((((((....)))))).)))..((((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)))))))))).............((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................((((((((.....)))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((((.((((....(((((((....)))))))...))))...((((....))))...((((..((.((((((.......)))).))..))..)))).))))).....(((..((((.......)))).((((....)))).((((....)))).(((((...((......))...))))).(((((((.....))))))).)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((....(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((((..<<<<(..(((((((....)))))))..(((((([[[[)).)))).{{{.......]]]])...}}}.....((((.....))))......)))))....>>>>..((((.......)))).((((....)))).((((....)))).(((((((((....))))....))))).(((((((.....))))))).)))..