|
|
|
GAAUACAGCAGUUCUCUCUUCGUAAGAAGAGAGAUUGUGUUACCCUUCGUAACACAUUACCCGUGAGGGAACUAUUAGGUGGAAACCUAGUUAGCUUUGUCGUCAUAAGUGAUCAACGUCUUUCCCCUCGAUUUAUUUUCGGCGGGCGAAUGACGGAUGGGAACGGCGAUAGUUACAAUGUUUGACGUAUCACGUGAUAUUAUCACAAGGUAUGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACCCCGGUUGUUAUCUACAACCGGUUGAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.................................((((((..................(((((....)))))..(((((((....)))))))......(((((((................(((((((((((.......)))))))))))...............)))))))..))))))....(((((((((((((((...)))))))))))).)))....................((((((((((.....)))))).))))..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((.(((((((((....)))))))))..(((((((.....)))))))....(((....)))....(((((((....)))))))(((((..((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)))))))))))))..........((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................((((((((.....))))))))....) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((.((((((((....)))))))))))))))((((...(((...(((((.(((....)))....(((((((....)))))))((((..(((((((.......(((..((((...(((.((((.......)))).))).....)))))))......))))))))))).)))))...)))......(((((...)))))..)))).(((((..(((......)))..)))))((((((((.....))))))))..... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))..(((((((((....))))))).))....((((((.........(..((((.((((((((((.......)))).))).))).))))...).....))))))................(((((..((((.....))))..)))))(((((...((......))...)))))((((((((.....))))))))..... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(.......................................................................................................................................................................((((((....(......).....))))))....................).............................. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....))).....(.((((....)))))....((((.........))))......((((.(((((.((.......(((........))).....)).))))).)))).................((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................(((((((.......)))))))))... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))..(((((((((....))))))).))((..((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))..............(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....))))))))..... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..((((..[[[[[..))))......((((.((((((((((.......)))).))).))).))))]]]]].(((.[[[[[.))).((((......((((((..(((((...)))))..))))))....))))......]]]]]......((((((((.....))))))))..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....))))))).((((..((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))))...........((((((..(((((...)))))..))))))((((..(((......)))..))))..(((((((.....))))))))))).. |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))........(((((............((((.((((((((((.......)))).))).))).)))).........))))).................(((((..((((.....))))..)))))(((((...((......))...)))))((((((((.....))))))))..... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....))))))).(((..(((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))))............(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....))))))))..... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...((((((((((....(((((((....)))))))........[[[[[[[..........[[[[[...)))))..............]]]]].]]]]]]])))))........................((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................((((((((.....))))))))..... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..))).))).(((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)).(((((.((..((((....((((((((..(((((...)))))..)))))).)).))))...)).)))))..))).((((((((.....))))))))..... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))((.(((....)))))..(((((((....)))))))((((..(((((((........(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))....)))))))))))(((...)))..(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....))))))))))).. |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....)))))))).((((.((((.......(((((((....)))))))..........(((((..(((((...((((.(((((...........((((.....))))........))))).))))...((((.......))))..))))))))))....))))..))))....)))))).................((((((((.....))))))))..... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..))).))).(((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)).(((((.((..((((....((((((((..(((((...)))))..))))).))).))))...)).)))))..))).((((((((.....))))))))..... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((...(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....)))))))..))).(((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))).............((((...))))..)))).(((........(((((..(((......)))..)))))((((((((.....)))))))).))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....))).)))(((((((....)))))))..)))((((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))))......)))))...(((((..(((((...)))))..)))))(((((..(((......)))..)))))((((((((.....))))))))..... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........)..((((((((((..)))))))))).(((((((.......))))))).(((((((((...(((((((((((...).))))(((.((.......((((..)))).((.(((((((((((((((.......)))).))).))))))))..))..).)))).))))))((((...)))..)(((((..)))))...)))).))))).(((((.(((..(...)..))))))))(((((((.......)))))))(..). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))....(((((((....))))))).......((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..))))))))...............((((((..(((((...)))))..)))))).........................((((((((.....))))))))..... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((....)))..(((((((((....)))))).)))..((((((((....((..(((.((((.((((((((((.......)))).))).))).))))..)))..)))))))))).............((((((..(((((...)))))..))))))..)))))).................((((((((.....))))))))..... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((((.((((....(((((((....)))))))...))))...((((....))))...((((..((.((((((.......)))).))..))..)))).))))).....(((..((((.......)))).((((....)))).((((....)))).(((((...((......))...))))).(((((((.....))))))).))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((((((((....))))))))).((((((((.....))))))))...(((((..<<<<(..(((((((....)))))))..(((((([[[[)).)))).{{{.......]]]])...}}}.....((((.....))))......)))))....>>>>..((((.......)))).((((....)))).((((....)))).(((((((((....))))....))))).(((((((.....))))))).))).. |