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GAGGAAAGUCCGGGCCCGCGCAAGCUGAGAUGCUUGUAGUGUUCGUGCUAAGCCCAAUAAGCUUAGGGGCCGUGUAAACGGCUACGGCGGCCAAACGCGCUAAGGCGUCAGCUAUGCGCUAGUAGGUCUGAAAAGUGCCACAGUGACGAAACGAUCAGGGAAACCUGAGCGGUGGAACGGGUAAACCCCGCGAGCGAGUAACCCAAACUUUUGGUAGGGGCGUUUUGCCAAGCAAAUUGAAGCGACGGCAAUACAGCGGUAACGCUGAGAUAGAUGAUGACUGAAGGAGCUUGUGCCUGAACAAGUUCUGGAACAACACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).)((.((((....((((...(((....)))..))))......)))).....(((((............((((((((....))))))))........)))..))))))))))))))...(((............)))...(((((((.................)))))))(((((....)))))..................(((((((((......))))))))).........))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((....((((((......)))))).......)).((((((.......)))))).((((((....))))))((..(((((....((((...(((....)))..)))).....)))).........(((...........((.(((((....))))).)).)))...).)).................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).)))))((((..(((((.....((((...((..(((.....(((((....)))))(((((((((((......((((((....((((.......))))...)).)))))))))))))..))...)))..))...))))...(((((....)))))...)))))....))))..(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....)))))).....((((....((((...............)))).....))))..........................(((((....))))).....................................................................................................................(((((((((......)))))))))................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......................((((((((....))))))))......................)))))...(((............)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......))))))))).........)))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.....((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......................((((((((....))))))))......................)))))).......................(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))..............).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((((..((((((.(((((((....((((((.......)))))).((((((....))))))..........))..)))))))))))))))).)))))..)..)))))).......((((..........((.(((((....))))).))))))..........((((......((((.......))))......))))....(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((........(((((......)))))..(((((....((((((.......))))))(((((((....)))))).).((((((....((((...(((....)))..)))).....))........(((((............((.(((((....))))).))........)))..)).)))).((((.....(((............))).))))(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................((((((((........)))))))).....))))).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))...............))))))..(((..((.....)).)))...((((((((.((........))..))))))))(((........)))..................(((((((((......)))))))))..........))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........)))............((((((((....))))))))......................))))))..(((..((.....)).)))...(.((((((.((........))..))))))).(((........)))..................(((((.(((.......))))))))...........)))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).))))).....)))))).......((((.[[[.........(((((....)))))...))))...(((....)))]]]...((((...[[[.....))))...]]].....(((((..........[[[[...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......))))))))).............]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).((((.(.((((((......)))))).((((((...((((((.......)))))).((((((....))))))..((((........)))).((.(((((.((((.((((.((.(((((....)).)))))))))......((.(((((....))))).))......((((.....)))).(((((.....(((..(((...)))..))))))))((((..((........))...))))...(((((....)))))..)))).))))).))...(((((((((......))))))))).)))).))...)))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.((((((((((..((((((.((((((.....((((((.......)))))).((((((....))).........)))....))))))))))))))))).))))).....)))))........((...............(((((....)))))..((..((((........((.............................))..))))[[))..((........))...))]]...(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......)))))).((((((....))))))..((((((((..(((((...(((....)))..)))))...)))))........))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))..............))))))).................)))).(((((((.(((........)))..))))))).((((...).)))................((((((((((.(......).))))))))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((.......))))))..(((((....))))).).(((((((...(((((...(((....)))..)))))....))))........)))..........(.((((((((....)))))))).).)))))..............)))))))...((......))....))))...(((((((((........))).))))))..(((((...).))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).((((.((((((((((...(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))).))))).)))))..((.(((((....)).)))))..........((.(((((....))))).))......((((.....))))...(((.....(((..(((...)))..))))))..((((..((........))...))))...(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))............))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((.(((((((((..(((((((........((((((((((.......))))))..[[[[[[[....((((.....))))...))))...))))))))))).))))).....)))))).....((((...............(((((....)))))..(((((((((......((((.............(((((..)))))..))))))))))))).................))))...(((((....)))))...........))))...(((((((((......)))))))))........]]]]]]].... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))(((((...((((((......))))))...((((((.((((((.......)))))).((((((....))))))((...((((....((((...(((....)))..)))).....))))......)).((((..........((.(((((....))))).))))))...(((....))).))))))......(((..(((...)))..)))....(((((.................)))))..(((((....)))))..............((..(((((((((......)))))))))....))......))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((..((((((.......)))))).(((((......)))))..((..(((....((((...(((....)))..)))).....)))........((((...((..((...((((((((....)))))))).))..)).))))....)).)))))))))..(((..((.....))..)))....................................................................................................)))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))...((.(....))...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).((((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...))((....))))))))))))))..(((..((.....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((......))))..................(((((((((......)))))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....))))))....(((((....((((...(((....)))..)))).....))))......((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).)))((....))))))))))))))..(((..((.....))..)))..(((((((((((........))).))))))))((((......))))..................(((((((((......)))))))))....).............. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))(((((((....)))))).((((((((....((((....((....))...)))).....))))........))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...))((....)))))))))))))...(((............))).).(((((((((((........))).))))))))((((......))))..................(((((((((......))))))))).........(...)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))(((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).)))))(.((.(((((....)).))))))............(((((....))))).........((((.....))))..((((.....(((..(((...)))..)))))))(((((.................)))))..(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))...................((.((((......((...............)).......)))).......((((...(...)....(((((.((....)).)))))........))))...))..))))))))...(((..((.....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...............)))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((..((((((.......)))))).((((((....))))))..((.((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..)).))))....)).)))))))))..(((..((.....))..)))..(((((((.................))))))).((((....))))...................(((((((((......)))))))))...........)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).))))).(((..(((((.....((((...((..(((.....(((((....)))))..((..(((((......((((((.((.((((.......)))))).)).)))))))))..)).......)))..))...))))...(((((....)))))...)))))....)))...(((((((((......)))))))))............))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))(((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).((((((....)).((....))))))....))))))))))))))))).)))))((((..(((((.....((((...((..((...((.(((((....))))).)).))..))(((....)))(((..(((((...(((..((.....))..)))...)))))(((.....)))..)))..))))...(((((....)))))...)))))....))))..(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..(((((((((......)))))).)))..((((((((((......).))))((((((((((((.((.(..(((.((.((((.(((((..))))).((((((((((((..)...((..)))))).)))))))(((((((((((((((..))))))((((.(((........)))))))((......).)(((((..)))))))))))))))))))))))(........)..)))...))))).))))..).)).((..........))..(((((((((((.(...))))))))))))).)))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................(..................(......).........(...........)........(......)...............((...((.....))...)).................(..............)........(........)...........(....(.....).)..........)..................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.(((((((((......)))))).((...(((.((((((.......)))))).((.((......).))))))))((((.(..((((...(((....)))..))))...).))))((....((..(....((.((...((.(((((....))))).)).))...)).)...))....)).))).))..(((..((.....))..)))....(......(.............)......).((((....)))).......((((...(((..(((((((((......)))))))))...........))).)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))(((((.((((((((((..((((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).)))))......(((((.....((((...((..(((.....(((((....)))))..((..(((((......((((...........................)))))))))..)).......)))..))...))))...(((((....)))))...)))))..........(((((((((......)))))))))............))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((.(((((((((......))))))......(.(.((((((.......)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))))........)))............((.(((((....))))).)).......(((....))).).).))).))..(((..(((...)))..)))....(((((..((........))...)))))..(((((....)))))..................(((((((((......)))))))))...........)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....((((((.......)))))).(((((((((......))).))))))....))))))))))))))))).))))).....))))))....((.((.((((...((((((.(((((....)))))((.((((...((.....))))))..))......(((..((.....))..)))))))))(((..((........))...)))....(((((....)))))............))))..(((((((((......))))))))))).)).......))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((...((((((......)))))).....((((.((((((.......))))))..(((((....))))).)))).))))....((((....)))).((((..(((((.............)))))..((((..........(((((....)))))((((.((..........))))))..(((......((((....))))......))).(((.....))).(((.........)))..(((((....)))))............))))..(((((((((......)))))))))............))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.((((((......)))))).....(((((((.(((.......)))....((((((....))))))..(((.((.....)))))..))).((((((..[[[[[....)).))))..]]]]].......)))).....(((((....))))){{{{.{{..)))))...}}}}}}.(((.(((.......)))...(((...(((.....)))......((((.........)))).(((((....)))))............)))...(((((((((......))))))))).............)))... |
