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GAGGAAAGUCCGGGCACCAAAGGGCAAGGCGCUGGGUAACUCCCAGUCCCGGUGACGGGAAGGAAAGUGCCACAGAAAAGAUACCGCCCGGAUUCGUUCGGGUAAGGGUGAAAAGGUGAGGUAAGAGCUCACCGCGGACCUGGUGACAGGGACGGCAUGGUAAACCCCGCCUGGUGCAAGACCAAAUAGGGGGGCGUUCCCGCAAGGGAUAAGAUUGGCCCGGUCAAUGCUCCCGGGUAAGGUCGCUUGAAUGCAAGGGUAACCUUGCAUCUAGAGUAAUGGUCACCCUGUCUUUCUUUCGGGAAAGGCAUGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((........................................................................................................................................................))))))...................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.................................))))))................((((((((....))))))))......................................................... |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))..((((.......(((((................(((((.....)))))..))))).......))))......((((((((....))))))))......................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((............(((((((((.....)))))(((((....))))).......))))..............)))))))))...((((((..((((((...((((((.......)))))).((..((((....))))..))..........((((...((((.....))))....)))).....((((....))))...(((..((((((.........))))))...)))((((..((((((((....))))))))...)))).....))))))(((((((((....))))))))).......)))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((............((((((.....))))))((((....))))........................((((((((......))))))..)).......((((((.......)))))).((..((((....))))..))..................)))))..((((......(((((...................................)))))......))))......((((((((....))))))))......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((((....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((.......................((.....))....).)))................((((((((....))))))))...................................................)))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.((....))...(((((((((.....)))).(((((....)))))......)))))..............)))))))))....(((((.(((((((...((((((.......)))))).((..((((....))))..))..........((((.((((((.....))))....)).))).).((((....))))...((((.((((((.........))))))..)))).(((..((((((((....))))))))...)))......)))))))((((((((....))))))))........)))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.......((((.....(((((.....)))))(((((....))))).......))))..............)))))))))...((((((..((((((...((((((.......))))))((((.((((....))))........(((..)))))))((((.....((((......((((((..((((....))))....((((((...))))))))))))......))))......((((((((....))))))))))))........))))))((((((((((..)))))))))).......)))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....((((((.....))))))((((....))))..((....((((..........(((((((((((....)))))))...))))....((((((.......)))))).((..((((....))))..))....))))...)).)))))))))..((((..((..(((((((((...((..(((..........))).)).)))))))))..))..))))......((((((((....))))))))...........(((.(((............)))...)))..........))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..((((....((........(((((.....))))).((((....))))...........................))............(((..((((.....((((((.......)))))).....((((....)))).............)))).)))..)))).........................................................................((((((((....))))))))....................................................).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................................(((...((....))...)))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...(((..(((((((((.....)))..(((((....))))).....))))))..............(((((((....)))))))..((((.....((((((.......)))))).((..((((....))))..)).........)))).)))))))))..((((..((..((((((((((((....))))...(((((...))))).))))))))..))..))))((((..((((((((....))))))))...))))....((((...(((((((((....))))))))))))).....))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...((((((((...(((..(((((((((.....)))..(((((....))))).....))))))..............(((((((....)))))))..((((.....((((((.......)))))).((..((((....))))..)).........)))).)))))))))..(((((.....((((((((((((....))))...(((((...))))).))))))))..........((((..((((((((....))))))))...))))..))))).))....))))).)).(((...............)))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((((((.((....))...(((((((((.....)))..(((((....))))).....))))))..............)))))))))...((((((.(((((((...((((((.......))))))(((..((((....))))..)(((..((....))..)))....))..((((..((..((((((..((((....))))....((((((...))))))))))))..))..))))((((..((((((((....))))))))...)))).....)))))))((((((((....))))))))........))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.(((.((((((((.(((((((...))))))))).(((.(((((....))))))))(((...((...))(((((((((........)))))))))....((((((((..)).))))))(((..(((((..)))))..)).).)))..(((((((((((((...)..))).))))))))).(((((((..))))).))..))).))).)).).))(..((((..))))..)((..)(((((((((..)))))))))..(((..)))(((((....(((((((((..))))))))).))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................((......)..).................................................(.............(...)....)............................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................(...............)............(....(.......(...(...))....((.................................((........)).((....).).........)))..).......(..........((..))...).....................(....)............................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((............(((((((((.....)))..(((((....))))).....))))))..............)))))))).....(((((..((((((...((((((.......)))))).((..((((....))))..)).........................((((......(((((((.((((....))))...((((.....))))..)))))))......))))((((..((((((((....))))))))...)))).....)))))).((((((((....))))))))........)))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((...(((..((..(((((.....))))).((((....)))).........(((..........(((((((((((....)))))))...))))....((((((.......)))))).((..((((....))))..))....)))...))..)))))))))..((((......((((((((.(((....)))....(((((...))))).))))))))......)))).(((..((((((((....))))))))...)))............(((((((((....))))))))).........)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...(((..(((((((((.....)))..(((((....))))).....))))))..............(((((((....)))))))..((((.....((((((.......)))))).((..((((....))))..)).........)))).)))))))))..((((..((..((((((..((((....))))....((((((...))))))))))))..))..))))((((..((((((((....))))))))...))))....((((...(((((((((....))))))))))))).....))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..(((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))).......(((....(((((((....))))))).(((((((...((((((.......)))))).....((((....))))..............((((...((((.....))))....)))).....((((....))))..(((...((((((.........))))))(((....)))....((((((....)))))).)))..........))))))).....))).(((((...............))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..(((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))).......(((..(((((((((....))))))..{{{{{{{...((((((.......)))))).))).((((....))))...(((..(((...((((...((((.....))))....))))[[[[[((((....))))....))).((((((...]]]]].))))))...))).(((..((((((((....))))))))...)))......}}}}}}}<<<<<))).(((((.>>>>>.........))))).... |
