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CGCAGAGCAAGGUGGUGGGCAACACCCACCCGGGGCAACCCGCGGGAAAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCGCUCUCUCCGUUCAUUCGGGAAGAGGGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCGUGCCGGGUGACCGGGGCGGCUAGGUAAACCCCACCUGGAGCAAGAUCAAGAAGCCGUUCCUCUUCGGAGGAACGGUGCGCACACGUUCGAGGGCUGCUCGCCCGAGUGUGCGGGUAGAUCGCCCGAGGCUGUCGGCAACGGCAGCCCUAGAUGGAUGGUCGCCAACCGGGGCCACGCAAGAAACCCCGGCGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.(((((((.........))).)))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((((((....))))))))))..((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....)))))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((.((.(((((..(....)..))))).(((....))).((((....(((..(((..........(((.((((..(((......)))..)))).)))..((((.....((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).........))))...)))..))).((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))).)))).((((((((....)))))))).........)).))))...((((((............))))))..) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((((................)))).)))..)).......((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).............................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........((((((.....)))))).((((..((((((((.....................))))..((((((((.........))).)))))....)))).....((((((.......)))))).(((((((.((((((((((((..((((((.......)))))).....((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))..((((((((....)))))))).........))))))))......))).))))......)))).))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..............)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...)......................................((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))..........)................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((................))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))........(((...............................((((((......(((.......)))..)))))).....))).......((((((((....))))))))..........)................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((((.((((......)))).)))).)))..)).......((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))..(((((.......)))))......((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))......((((((((....))))))))...................((((((...(....)...))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(.(......((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((....................)).)))..)).......((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).))............).))..............(.......................).(((((((...(..((((.....))))).)))))))..............((((((((....))))))))............................(....)............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.((((.((((......)))).)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((((((....))))))))))..((((((......((((.....))))..))))))(((.......)))..((((((((....))))))))..........)))).....((((((............))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((((.((((......)))).)))).)))..)).......((((((.......))))))......((((....))))(((((((((((.......)))))).((..((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((..((..((((.....)))))))))))))....))))))....((((((((....))))))))............)))))..((((((...(....)...))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(.(..(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..(((................)))..)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................(.((...................................((.......))......)))...............((((((((....))))))))............))......................)...)).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((...))))))(((((....)))).).......(((............(((((.((((..(...........).)))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......))))).......((((......((((((...............................((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).............))))..................)).....)... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......[[[[))).....]]]]..((((.[[[[.....))))....]]]]...........((((((.((((..(((......)))..)))).)))..[[[[[....((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))....)))......]]]]].((((...........((((((((((....))))))))))[[[[[[..))))..((((.....))))..]]]]]](((..[[[[[)))..((((((((....)))))))).........]]]]](((..[[[[))).............]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((...(((...((((....)))).)))....)))).).........))))))))))).((((......))))....(((((..((((((...((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).((((((.......))))))..............((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))......)))))).(((((((((....)))))).)))...((..(((((.((....)))))))..))....))))).))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.........((((...(((...((((....)))).)))....))))...............{{))(((..((([[[...)))..)))..}}............((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))..................................((((((((((....)))))))))).(((((((..((..((((.....)))))))))))))..............((((((((....))))))))......]]]..........((((((............))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....(((.((((((((...)))))))..(......)...........(((...........(((((((((...........(.......)))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......)...........(((......(((.....(.............................((((...)))))....))....)..))).....(.((((((((....)))))))))........)).....)...................))))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((...)))))).((((....)))).......))))...............(((((((...((........))...)))))))...((((.....(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).))..........)))).........(((((.(..(..((((..............................(((((...)))))..))).))..)))))).....(.((((((((....))))))))).................................))..)...))). |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((...(((...((((....)))).)))....)))).).........))))))))))).((((......))))....(((((..((((((...((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).((((((.......))))))..............((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))......))))))..((((((((....)))))))).....((..(((((.((....)))))))..))....))))).))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........((((((.....))))))(((((..((((((((.....................))))..(((((((((......)))..))))))....)))).....((((((.......)))))).((((((((((((((((((((((((((((.......))))))..............(((((((((((..))))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))...)))...)))))......)))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........((((((.....)))))).(((....)))..(((.....(((..............(((.((((.((((......)))).)))).)))...........((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))....)))....))).................(((((((((((((....)))))))))).........)))..(((((((..((((..((..((((....(((.....(((((((((....)))))).))).....)))..))))..))..))))...)).))...)))..))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)...((((.(.............................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)......)......................(.(....).)... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)...((((...............................((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)......)........................(.......).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)(..(((((..............................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......)......................(.(....).)... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)...((((...............................((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........)......((......................))... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.((((((..................))))))...)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)(..((((...............................((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......)........................(....)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((........)))...((((.{{{{{.((((((....)))).)).....))))..............(((.((((..(((......)))..)))).)))..}}}}}....((((((.......)))))).(((((...(((((((.((((..((((((.......)))))).....((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))..[[[[[[.)))))......]]]]]]... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((.(.(((...((((....)))).)))...))))).).........))))))))))).((((......))))....(((((..((((((...((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).((((((.......))))))..............((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))......)))))).(((((((((....)))))))).).......(((((.((....)))))))........))))).))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.((((.........((((....))))........))))...........)))))).((((.((((......)))).)))).......((((....((((((.......))))))....)))).((((((((((((((((((((.......))))))..............((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))..((((((............))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(...........(((((.....))))).((((....))))............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).......)......................................................................................(((...((....))...)))..........)................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(......((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((................))))))))..((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........)))))))))...)......................................((((((.....................))))))...............((((((((....)))))))).............................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((..((((((.((((...(((...((((....)))).)))....))))...(....)..))))))))))...(((((((((((((....(((((...........((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).........)))))...........((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))).)))).((((((((....))))))))...)))))))))..))...((((((...(....)...))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((((((.((((.......((((((....)))).)).....))))...........)))))))))))...((((((((.(((.......((..(((((....((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))....((....)).)))))...))..((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))).)))..((((((((....))))))))...)))))))))).(((....((((............))))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(.((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........(((((((.((((..(((......)))..)))).)))..((((.....((((((.......)))))).((((.((((....)))).))..((((((.......)))))).))..((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))...(((((...(....)...)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...))..(((((((..)))))))(((((((..(((.((((((..))))).(((..........(((.((((((((.(...........)))))))).)))))))..)(((((((((...)))))))).).)))))))))).(((((((..(........((((..(((((((........))((((((((((((..)))))))))))).((.((((..((.(((((((((.(((((..(((((((.......))))).))..)))).)).)))))))).))...)))))).)))))..)))).(......))).))))))..) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................(.(......).).............................(...)................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................(((.((.(.(.((.........))..)..).).................(((......)))...................(.(.........(.....(..........)..).)).......(.(......).).(........................)......(....(.((((((....)))))))....).....)..)))............................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((.((((...(((...((((....)))).)))....))))...(....)..)))))))))))..((((((((.((((....................((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).))......................((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))).)))).((((((((....))))))))....)))))))).((.....(((((...(....)...))))).)). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((.((((.((((......)))).)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((.((((....)))).))).)..))))..)))..)).((.((..((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))..((((((((....))))))))..........((((.((....))))))...............))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((........((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))............(((.((((..(((......)))..)))).)))..((((.....((((((.......)))))).(((((((((((((((.((((..((((((.......)))))).....((((.....((((((((((....)))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))...)))...))))).....))))..))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....((((((.....)))))).(((....)))((((.....................)))).))))).((((......))))....(((((.....(((...((((((.......)))))).(((((((((....)))).....((((((.......))))))..............((((((((((....)))))))))).....)))))))).((((.....))))...(((.(((((.....))))).((((((((....)))))))).........(((((.((....))))))).)))....)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....((((((.....)))))).(((....)))((((...<<<...............)))).>>>[[[[[[)))).....]].]]]]......((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))).{{{.((((((.......))))))..............((((((((((....)))))))))).....)))))....((((}}}..))))...(((.(((((.....))))).((((((((....)))))))).........(((((.((....))))))).)))....))))...... |
