RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00168

RNA: ASE_00168
Rfam family: RNaseP_nuc

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......(((((.....)))))(((((((...)))))))))))))))(((((....)))))..)))).....((((.......).))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((((.(((((..(((......)))...)))))((((((.(((..((((......))))..)))...(((((.........)))))...))))))(((((((...))))))).)))))))(((((....)))))..)))).....(((..........))).((((...(((((((..(((...(((((((((((((...((...((((..((((.(((.....)))))))...))))..))...))))))))))))))))...(((((((....((((.....(((((((.......)))))))....)))))))))))...)))))))...)))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((....((((..........(((((.....)))))........))))...................((((.......(((((.....)))))((((((.....)))))).(((((((...............................................................................................................................)))))))))))....................).))))(((((((.......)))))))......................))....)))).
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................((((.....))))...................(((((((..................((((.....))))....((.......)).....((((...................................................................................................................................))))..............................................................)))))))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((......)))...........(((((.....)))))..))))))).........(((((.......)))))....((((.(.......(((..(((((((...)))))))...(((..(((((....))))).)))........))).......).))))(((....(((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.......)))))))).)....(((............)))...))))))))))).................((((.....(((((((.......)))))))....))))...).)))).)))))))....))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((................)))))(((((.....)))))..))))))).(......)(((((.......))))).......((((((...))))))((((((((.))))))))...(((..(((((....))))).))).......(((..........))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.............................((((.....))))............................................((((.....)))).((((((.....))))))..............................................................................................................................................................................((((.........))))..............................)))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....(((......))).[[[[......(((((.....)))))..)))))....]]]]...(((((.[[[[..))))).........]]]]...(((((.(((((((...)))))))...(((..(((((....))))).)))[[[[...)))))...]]]].....((((...(((((((.((((...(((((((((((((........((((.(((((.(((.....))))))))..)))).......)))))))))))))........(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((....((....))....)))))(((((.....)))))..)))))))((......))((((.((...(((((...((((.((((((...))))))(((((((...)))))))...(((..(((((....))))).)))))))...)))))....)).)))).((((...(((((((.((((...(((.((.((((((((((((.(((((((((((.(((.....)))))))..))))....))).))).))))))))).)).))).(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(([[[[[...............)).(((((.....)))))..)))))))............(((((..................{{))..)))}}..((((((.....)))))).]]]]]..(((((....)))))...........(((..........))).((((...(((((((.((((...(((((((((((((...((..<<(((.(((((.(((.....))))))))..)))...))>>.))))))))))))).................((((.....(((((((.......)))))))....)))).....)))).)))))))...)))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((.........(((((((.........(((((.....))))).......))))))).....(((((((................(((((.....)))))(((((((...)))))))................................................((.....(((((..(.............(...((.......))..)).)))))..))...................................................................(((((((.((..))))))))).........))))))).....)))....)).))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((.(((((((((((((.((((......).))).)))))((((((.(((((.......)))))..((.((((...(((......))).)))))).))))))(((((((...)))))))))))))))(((((....))))))))))).....(((..........))).((((...(((((((.((((..((((....((((((((((((.(((((((((((.(((.....))))))))..)))....))).))).)))))))))....))))(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....)))))))))......(((((....(((((.......)))))..)))))))))))))(((((....)))))(((((.......................)))))..(((((((.((((...(((((((((((((((((((((.......)))))))).........................))))))))))))).................((((.....(((((((.......)))))))....)))).....)))).)))))))...)))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...........((((.................................))))...................((((.......(((((.....))))).(((((.....)))))...............................................................................................................................................))))....................................................................)))....)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((((.(((((.(((.(......)))).)))))((((((.(((((.......))))).....((((...(((......))).))))...))))))((((((.....)))))).)))))))(((((....)))))..)))).....((((.......).))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......(((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......((((((...))))))(((((((...)))))))))))))).(((((....)))))(((((......(((..........))).)))))..)).((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))).(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((.(((.(......)))).)))))((((((.(((((.......)))))((...((((...(((......))).)))).))))))))((((((.....)))))))))))))).)).((...((...(((((......((((.......).))).))))).))((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).))))))))..)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(......)(((((((((((((.(((........))).).))).(((((.((((((((..)).)))))).(((((((.(((..((...)))))))))..)))........((..))).)))))))))))))((((......))))((((((.....................))))))...(((((((((((.((((.(.(((((.(.((((.((((((((((((...((.....))..)))..))))((................))((.(.(((...))))))).)))).))))((((((.......))))))...))))))))))))))))))))))(((..))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................(............................................)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....((((((((.................(((((.....)))))........(((......))).....................................(((((((...)))))))))))))))(((((....)))))..)))).....((((.......).))).((((...(((((((.((((((.(((((((((((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...))))))))))))).))......((((....((((.....(((((((.......)))))))....)))))))).)))).)))))))...)))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....((.((((((((.....((((........(((((.....)))))..(((((((((......)))).....))))))))).......(((((.....)))))(((((((...))))))))))))))).))..((((..(((..((....))..)))....))))..)).((((...(((((((.((((((..(((((..(((((...((...((((.(((((.(((.....))))))))..))))..))...)))))..)))))..)).....(((((....((((.....(((((((.......)))))))....))))))))))))).)))))))...)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.((((((.(((..(((.....))).(((((.....)))))...(((((....))))).(((((.......)))))....))).((((.....)))).((((((.....)))))).)))))).(((((....))))).(((.(((...........))))))...(((((.((((.......)))).((((...((....((((((((.......)))))))).(((.....(((((.........))))).((((.............)))).))).((((.....(((((((.......)))))))....))))..)).))))..))))).....))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((.........bbb......))).(((((BBB..)))))...)))))).(((.....(((((...eee.)))))...(((((dddd..)))DDDD.[[[[[[))E..]]]]]]...<<<<.(((((....))))).(((((.....(((((........)))))......))))).EE)))...(((....(((......{{{{{{..)))..}}}}}}.)))...>>>>.((((ccccccccc)))).(((((.(((.....))).)))))....((((..aaa(((((((.......)))))))....))))..AAACC.....CCC.....CCCC.

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