RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00169

RNA: ASE_00169
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))((((((((...))))))).)((...(((((...........((((((((((((((((....)))))))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((.]]]]))))))))))))).....))))......(((.(((((....)))))))).......................(((((((((....)).)))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.((((((((((..((((......(((((.....)))))..((((((...))))))...((.((((....(((.......(((((((.((((((((....))))))))..)))))))..........(((((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..)))))))..(((((..((.....))..)))))..)))...)))))).))))..)))))...(((.(((.......((((((..........))))))((......))...))))))..((((((..((....))...)))))).....)))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((...........))).)))).....((((((((((.((((...........)))).((.((((.(.......).(((((.((((((((....))))))))....((((((((.((....(((((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..)))))))..((((...((((...(((((....))))).....((((((((.......))))))))))))..(((.((((((..........)))))))))........))))......)).)))))))))))))....)))))).))))))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.............((((........((((((((((.....))))).((((.........)))).......................(((((((((((...............)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))............))))))))).............((((((......................))))))................((((((((....))))))))................)............................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.....))..))).)))).....((((((((((.((..................................(((((((.((((((((....))))))))..))))))).........((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).......................(((......(((((((.....((((.....))))..))))))).....)))...((..((((((..(....)..))))))..))..................(((((..((....))...))))))).))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((..................(((((.....))))).......................................................................................((((((.......))))))((((((((((....))))))))))......................((((.......(((((......((((.....))))...)))))......))))......(((.(...(....)..).))).....................................................))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........((((.(((.(((((.....))))).((((((.....))))))..((...(((((.........(((((((((.((((((((....))))))))..)))))..)))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).)))..)))).)))))))....((((......(((((((.....((((.....))))..))))))).....))))......((((((..(....)..)))))).....................((((((..((....))...)))))).....)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.....))..))).)))).....((((((((((.((((...........))..((((............((((((((.((((((((....))))))))..)))))))..)......((((((.......))))))((((((((((....))))))))))(((....)))...((......))(((......(((((((.....((((.....))))..))))))).....)))..((((.((((((..(....)..))))))).)))..........))))...(((((..((....))...))))))).))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..((((...........(((((.....))))).(((((((...))))))).......))))............(((((((.((((((((....))))))))..)))))))(((.......(((((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..)))))))..[[[[[...))).......]]]]]((((.....(((((((((.......))))))))).....(((.((((((..........)))))))))..................[[[[[[......))))...]]]]]].....)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((..((((......(((((.....))))).(((((((...)))))))..((.((((....(((.......(((((((.((((((((....))))))))..)))))))........(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))(((.....)))....(((((....(((.....)))))))).)))...)))))).))))..)))))..((.((.....(((..((((((..........))))))..)))......)).)).((..((((((..((....))...)))))).))..)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.....))..))).)))).....((((((((((((((...))))..........................(((((((.((((((((....))))))))..))))))).........((((((.......))))))((((((((((....))))))))))...............((((....[[[......[[))))..........................]].....]]].......((((((..........)))))).....................((((((..((....))...))))))..))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((((.(((..............((((...))))(......)......................((..........(((((.((...............(.....).)).))..))).......(((((.......)))))....((.((((....)))).))....))....................(((......((((.(.....((((((...))))).))))..)).....))).....(..((((((((....)))))))))........))))).))......................................))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.....))..))).)))).....(((((((.((((((...))))))........................(((((((.((((((((....))))))))..)))))))........(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))(((.....)))....(((((....((.......)))))))..............(..(......).)...(......(((..((((((..........))))))..))).......)........((((((..((....))...)))))).....)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.[[[[[............)))).....((((((((((((((...)))))).......((((.............((((((..(((((((((..))))))))).....((((((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).....)))))))).((((((.............)))))).....((((.....))))..]]]]]......)))))).....((((((..........))))))...............))))..((((((.............))))))....))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((.........)))).)((...(((((.((........(((((((((...................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))...)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(..((((((((....)))))))))..).....)......).............................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((.........)))).)((...(((((.((........(((((((((...................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))...)))..))))))))))))))..(((((.....((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(..((((((((....)))))))))..).....)......).............................((.(....).)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((..((((......(((((.....))))).(((((((...)))))))..((.((((....(((.......(((((((.((((((((....))))))))..)))))))..........(((((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..)))))))..((((....(((.....)))))))..)))...)))))).))))..))))).(((.((..((.(((..((((((..........))))))..)))...)).)).)))....((((((..((....))...)))))).....)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((...........))).))))....(((((((((((((((...))))))......((((....(((..(((..(((((((.((((((((....))))))))..))))))).)))....(((((((.(....))))))))(((((((((....)))))))))(((.....)))..((([[[[..)))..........]]]]..)))...))))..........................((((.((((((..........))))))).)))................((((((.(((....)).).))))))....)))))))).)
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.................(((((.....))))).(((((((...)))))))..........((((...........(((((.((((((((....)))))))).((((((.((((((.....(((((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..)))))))..((((...((((......(((((((.....((((.....))))..))))))).....))))......((((((..........))))))...........))))...))))))))))))..)))))....))))......)))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((.........))))............................................................(((......((...............))..((....((....))....))..........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))................)............................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((..((((......(((((.....))))).(((((((...)))))))..((.((((..(.(((.......(((((((.((((((((....))))))))..)))))))..........(..((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..))))..)..(((((..((.....))..)))))..))).).)))))).))))..))))).(((.((..((.(((..((((((..(....)..))))))..)))...)).)).)))....((((((..((....))...)))))).....)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......((((((((.....))..))).))).....((((((((.((((((...))))))..(((...((((............(((((((.((((((((....))))))))..)))))))((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).....))))..)))).)))...((((((....(((((((.....((((.....))))..)))))))..)).)))).......))))))))....))).((((.((......))...........((((((..((....))...)))))).....)))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((((.((.((((((((((.....))))).(((((((...)))))))........((((...........(((((((.((((((((....))))))))..))))))).........((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).)))).....)))))((((....(((.....)))))))))))).((((.....))))..))))).(((.((..((.(((..((((((..(....)..))))))..)))...)).)).)))....((((((..((....))...)))))).....)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((..(((((.((.(((((((...)))))))(((((((...))))))).)).(((((..(((.(((((((((((((((((((((((((..)))))))))).)))))..)))))))))))))((((..))))(((..(((((((((((..)))))))))))..).)).(((((..(((......).)))).)))((((...))))..))))).)))))..)))))(((((.(.((.(...(.(((((((........))))))))....))).).)..)))).((((((((...((..))....))))))))...)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................((...))......................................................................((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((((.............(((((.....)))))..((((((...))))))........................(((((((.((((((((....))))))))..))))))).........((((((.......))))))((((((((((....))))))))))...............((((...............))))......................)))).................((((((..(....)..)))))).....................((((((..((....))...)))))).....)))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((..((((......(((((.....))))).(((((((...)))))))..((.((((....(((.......(((((((.((((((((....))))))))..)))))))..........(..((((....((((...((((((((((....))))))))))))))..))))..)..(((((..((.....))..)))))..)))...)))))).))))..))))).(((.((.....(((..((((((..........))))))..)))......)).)))....((((((..((....))...)))))).....)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((...............(((((.....))))).((((((.....))))))........))))...........(((((((.((((((((....))))))))..))))))).........((((((.......)))))).(((((((((....))))))))).(((....))).((((......))))....(((((....))))).((((.....))))..((((........))))......((((((..........))))))............((((.....((((((.............))))))........))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..((((...........(((((.....))))).((((((.....)))))).......))))............(((((((.((((((((....))))))))..))))))).........((((((.......)))))).(((((((((....))))))))).(((....))).....(((((..[[[[...[[[[))))).]]]].((((..<<<))))..((((...>>>..))))......((((((..]]]]....))))))............((((.....{{{{{{.......))))..}}}}}}.....)))))....

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