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GAGGAAAGUCCGGGCUCCUUGGACAAACUGCCAGGUAGCACCUGGGCACAGCGAUGAGCUGUGACGGAAAGUGCCACAGAAAACAAACCGCCAGUACUUCGGUACUGGUAAGGGUGAAAAGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGUCACCGGUAACGGUGGCGGCACGGUAAACCCCAGUUGGAGCAAGGCCAAAUAGGCGGCGAGAGACAGUCCUUCUCGAUCAAGACGCCGCGGGUUGGCUGCUGGAGCGUGAUGGUGACAUCAUGCCGAGAGGAAUCAUCAUCCGGAUCUUUAAUCCGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..[[[[.((((((((((.....)))))(((((((.....)))))).)((...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.(((((.]]]])))))........)))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((.....)))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((...))))))...((((.....)))).........((((............((((((((.((....)).)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))))..................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((.....(((((((((...)))))).((((((.....)))))).)))...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))........))))..)))))..((((((....(((((((((((.......))))..).....))))))...)))))).)))))((((((((....)))))))).((((....)).))..((((((((..........))).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((...)))))).((((((.....))))))..........................((((((((....))))))))...........((((((.......)))))).............................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.......((((((((((.....))))).((((.........))))........................((((((((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((........................))))))...............((((((((....))))))))............................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.......((((((((((.....))))).((((.........))))..........................((((((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))..((((......((((((.....(((((......)))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))............................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......)))))......(((((.....))))).((((((.....))))))........................((((((((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............((......((..((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))))))..((((((((....))))))))................(((((.................))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.(((((............(((((.....))))).((.............)).......(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))..............)))))..((((......((((............................)))).....))))......((((((((....))))))))........................................)...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......((((((((((.....)))))(((((((.....)))))).)((...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((........(((............)))))))).....))))......((((((((....)))))))).....(((.......)))(((.......))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((...)))))))......((((((...)))))).((((((.....)))))).......((((.............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))))))........(((......((..((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))))))).((((((((....))))))))................(((((((............).)))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....................(((((((((((...)))))).(((..(.....)..)))..........................((((((........))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((..........................)))))...............((((((((....)))))))).......................................))...)). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((......((.(...).))....(((((((((((...))))))(..((((.....))))...)......................(((((((.((....)).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))...((..((((......(((((..........................))))).....))))))....((((((((....)))))))).......................................)))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((..[[[))))))......((((((...)))))).((((((.....))))))..]]]..(((((..............((((((((....))))))))..[[[[.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).....]]]]..((((((....((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))[[[[[[((((((((....)))))))).(((((((.......)))...))))...))))))....]]]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((((....((((((((((...)))))).((((((.....))))))..((......))...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))).....))))..)))))..((((((....((((((.((((.......))))........))))))...)))))).(((..((((((((....)))))))).((((....)).))...(((((.....))))).)))...))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(([[.(((........)))[[[)).]]]....((((((.....)))))).......(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))..............]].((..((((((....((((((........................))))))...))))))))....((((((((....))))))))................(((((.................))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........(((((.......(((((((((((...)))))))((((.........)))).........(((...........(((((((((........))))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((..(((((...)).....)))...).)))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))......................................))...)). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........((((.......((((.((((((...)))))).((((.........)))).......((((.........(..((((((.(((......))).)))...)))......(((((.(...).))))).).(((((((....))))))).))))..........)))))))).(((.((.......(((((....((.(((.(...)))))))...)))).((((...........((((((((....))))))))............(((((...))).)).)))))))))...))...)). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.(((........((((((...)))))).((((((.....)))))).......((((............(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))))........)))...)))))..((((((....((((((.(((.........)))........))))))...))))))(((((.((((((((....)))))))).((((....)).))...(((((.....))))).......)))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((...))))))).(((((((((((...)))))).((((((.....)))))).(((....................)))((((((((..))))))))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))).......((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))((((((((((((((....)))))))).................(((((.....)))))......))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......(((((((((((...)))))).((((((.....)))))).......................(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))..((((((....((((((.......(((......))).....))))))...))))))......((((((((....)))))))).................(((((.....))))).......))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........(((((............(((((.....)))))..................................................................(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............))))))))))..((((...............................................))))......((((((((....))))))))............................(...).....))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.......(((((((((((...))))))(((((.........)))).)((...((((..(.........((((((((((......)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((((......)))))...))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).......................(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((.......((((((((((.....)))))(((((.........)))).)((...(((((.((.........(((((((((......)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((......)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.......(((((((((((...))))))(((((.........)))).)((...((((..(.........((((((((((......)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((((......)))))...))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).......................(.(....).).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.......((((((((((.....)))))(((((.........)))).)((...((((..((.........((.((((((......))))))....))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....(((((......)))))...)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).............................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.(((.....((((((((.....))))).((((((.....)))))).)))...(((((...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))........)))...)))))..((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))((((((((((((((....)))))))).................(((((.....)))))......))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((((........((((((...)))))).((((((.....)))))).......((((............(((((((((((....))))))))...))).....((((((.(....))))))).((((((((....))))))))))))........))))..)))))..((((((.(..((((((.((((..[[[..))))]]].....))))))..)))))))((((((((((((((....)))))))).((((....)).)).(.(((((.....)))))).....))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((...)))))))......((((((...)))))).((((((.....)))))).((((..(((((..............((((((((....))))))))...(((((...((((((.......))))))...)))))............)))))........(((((........((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))))))).((((((((....)))))))).................(((((.....)))))......))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((.............(((((.....))))).((((.........))))................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))................................................................(((...((....))...)))............................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((((.......((((((((((.....))))).((((.........))))................................................((((.....(((((.((....))))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((((......)))))...))))))..)).)))).)....((((((((....))))))))...................................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((((((.....((((((((.....))))).((((((.....)))))).)))...(((((...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))........))))..)))))..((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))((((((((((((((....)))))))).................(((((.....)))))......))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((....(((((((((.....((((((((.....))))).((((((.....)))))).)))...(((((...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))........))))..)))))...(((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))).)))(((((((((((....)))))))).((((....)).)).)))...)))).((.(((........))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..(((.....((((((((.....))))).((((((.....)))))).)))...(((((...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))((....)))))((((((....((((((....((((((.((((.......))))........))))))...)))))).(((((((((((((....)))))))).((((....)).)).)))))........)))))).))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((...)))))))))))))(((((.....))))).(((((((...)))))))((((((((((.((((((((..))))((((((((((..)))))))))).).)))....((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).).(((((((((((..((((.((..))))))).))).((((......))))((((((((.((.............)).).(((..........)))..((...)).)))))))(((..........)))))))..))).)))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................(.....).(...).............(......)....(....).........................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(..(...........(..(......)...).....)..)......(.(...).)(.(........(((.(..............................((((((.......)))))).(((.((((....)))).))).............).))).).)...((((....(.((((((........................))))))....))))).((...((((((((....))))))))..))..............................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((...)))))).((((((.....)))))).......(((((..............((((((((....))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))...........((((((....((((((....((((((........................))))))...)))))).(((((((((((((....))))))))...............)))))........))))))............. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......(((((((((((...)))))).((((((.....)))))).......((((............(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))).........))))))))))..((((((....((((((........................))))))...))))))......((((((((....)))))))).................(((((.....))))).......))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((((((.....((((((((.....))))).((((((.....)))))).)))...(((((...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))........))))..)))))..((((((....((((((.((((.......))))........))))))...))))))((((((((((((((....)))))))).................(((((.....)))))......))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.....))))))......(((((.....))))).((((((.....)))))).((((....(((..............((((((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))...((((.......))))...)))..((((((.......))))))...........((((.....)))).(((((((((((....))))))))...(((((.((........)))))))..))).......))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..<<<.....))))).>>>....((((((..aaaa.)).)))).(((.....)))(((.......{{{{))).........(((((((((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))}}}}))).(((((...((((.......))))...((((.((((((.......)))))).......))))..)))))...AAAA(((((((((((....))))))))...((((..((......[[)).))))....]]......)))...... |
