|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCCCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGGCGCAGCAAGCUUCGCAAGAAGCCCAAGGCGACAGACACCAGUGCAACAGAAACAUACCGCCUAAGUCCGCAAGGACCGGCAAGGGUGAAAUCGUGCGGUAAGAGCGCACGGCCGUCCUGGUAACAGUGGCGGCGGGCAACCUCAUCCGGGGCAAGGCCAAAUAGGGGAGCAUUGGCGUGGCUCGCGUCGCUCCCGGGUAGGCUGCUAGAGGCCGUCGGCAACGACGGUCCCAGAGGAAUGGUUGCCCACGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))((((((((((((((....))))))))))))).)((......(((((...........(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).)))))).))).)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((.....(((((...(((((.....))))).(((.....(((((....))))).....))).......))..)))..............(((...((((....)))).)))..)))......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((..((((..(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).)...)))..)))))))).........))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))(.((.....)).)...............................(............(((((................)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..)..............(((..((((......(.((((....(((((...))))).)))).).....)))))))...((((((((....)))))))).................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((....((((((((..(((..(((((..((..(((((....))))).....))...........(((.........)))..)))))....)))...)).)))))).((((.....((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((..((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....)))..))))))))........)))).)))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..................))))..................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((......................))))..........................(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((......................))))..........................(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........))))))))))..((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.................(((((.....)))))..((.....(((((....))))).....))...........................(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...((((((((..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))))...)))..)))))))).........))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((.............((((((...))))))...........................................................(((...((((....)))).)))...........((((((.......)))))).(..(.(((....))).)..)................)))((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))..............(.......)....))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))((.......(((((....))))).....))...........................(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((....)).)))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((..(..........)...((((((...)))))).(((.....(((((....))))).....)))......................(((.(((((...((((....)))).)))..)))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...((((((((..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))))...)))..)))))))).........))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((...(.(.).)..........((((((...)))))).((......((..........))......))............................(((...(..........).)))...........((((((.......))))))..(((((((....))).)))).................................(((((.....((((.....))))..)))))...............((((((((....))))))))..............................))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...............((((((((((...))))))...........................((.((....)))).................(((((...(((......))).)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))).))))...........))))...(((..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).............................)))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.[[[[..........))))...]]]]...((((((((((.....(((((....))))).....))).....((((.(((.........)))...(((...((((....)))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((..((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....)))..)))))))).........))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((...((........))...))))))...((((((((((.....(((((....))))).....)))..........((.........)).(((((((...((((....)))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((((.((.((((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))))).)).))..)))))))).........))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((((......(((..(((((.....))))).(((.....(((((....))))).....)))............................(((...((((....)))).)))...........((((((.......))))))[[[[)))((....))))))]]]]((((((((...(((...((..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).....)))..)))))))).........)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........(((((((((((.........)))))))(((........(...........)))).........(((..........(((((((..((........))))))..)).)......(((((.......)))))..((.(((((....)))).)))..))).......))))))))....(((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((..((..((((.....)))))).....))))..(((((...((((.(((((...)))).).(.........)...((((..........((((((((((((....)))))))))..)).)......(((((.(...).)))))..((((((((....))).)))).).)))).....))))))))).....(......((((((...((((((...))))))))))))((((...........((((((((....))))))))..............(.......)...)))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((........))...((((((...)))))).(((.....(((((....))))).....))).....((((...................(((...((((....)))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...((((((((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))))...)))..)))))))).........)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...........((((((........(((((.......(((((....)))))...(((((.....(((..)))..............)))))..)))))......)))))).)))......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((..((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....)))..)))))))).........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((((((........(((((((((((...)))))).(((.....(((((....))))).....)))..........................(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).)))))).........)))))))))...((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........((((....))))....)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((......................)))).)((......(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).)))))).))).))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((......................)))).)((......(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).)))))).))).))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)............(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((......................)))).)((......(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).)))))).))).)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((......................)))).)((......(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).)))))).))).))))))))))))))..((((..(...((((((...(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)............(.(....).).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((......................)))).)((......(((((.((........((.((..(((........)))))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).)))))).))).)))))))))))))(..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))))..(.((((((((....))))))))).....................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.....(((((...(((((.....))))).(((.....(((((....))))).....))).......))..)))..............(((...((((....)))).)))..)))......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((..(((..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).....)))..)))))))).........)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................((((((...)))))).(((.....(((((....))))).....))).....((((...................(((...((((....)))).)))...))))....((((((.(....)))))))(((((((((....))).))))))((((((((..((((..(((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....))).))))))))).........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((.........((((((...(((((((.((((........(((((....((((.(((((...........................)))))..((((....))))......)))).......))))).....)))).))))))).))))))...))))....((((((((.............((((......(((((...(((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))).........))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((......................))))....................................................(((......((...............)).((....((....)).....))........))).....)))..........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....(((..(((((........(((..(((((.....))))).((((......................))))....................................................(((......((.(((.......))).)).((((((((....))).)))))........))).))))))))............((((((..................)))))))))............((((((((....)))))))))).......)..............(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((..(.((((((((((((.....))))).(((.....(((((....))))).....))).....((((.((.........)).....(((...((((....)))).)))...))))...(((((((.......))))))).))))))).)....)))).)).((((((((...(((..((((..(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).)...)))..)))))))).........)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.((((...((........))...))))))..((((((.((((.((..(((((....))))).....)).......(((...(((...((..(((.(((((...((((....)))).)))..)))))...)).))))))....)))).)))))))))).((........((..((((((((...(((..((((..(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).....)))..)))))))).))..........))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........((((((((((.....)))))((((.....(((((....)))))....((.(.....).)).))))........))).))(((...((((....)))).)))..)))......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((.((((..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))))....((((((((....))))))))))...)))..)))))))).........)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........)).((((((((...))))))...))....((((((..))))))((..))((..)).(((..)))......(((..)))((((((.((((......)..))).))))))....((((((((..)).))))))((((((((((..)))).))))))((((((((((.(((((((.((((((.((..(((((((...((((((...)))))))))))))..))))))).....(((((((((..))))))))))))))))))))))))))).((..)).))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................(.......).................................(....)...((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................(..(..........)..).(...)...(.............................(..........)..............((.......))).....(...(.(.....).)...)......((...((((((((....))))))))..))................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((..(.(((((((((((((...)))))).(((.....(((((....))))).....))).....((((...................(((...((((....)))).)))...))))...(((((((.......))))))).))))))).)....)))).)).((((((((...(((..(((...(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))).))).(.((((((((....)))))))).)...)))..)))))))).........)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).(((.....(((((....))))).....)))........................(((((((...((((....)))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((....)).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(..........)................))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.....(((((...(((((.....))))).(((.....(((((....))))).....))).......))..)))..............(((...((((....)))).)))..)))......((((((.......))))))(((((((((....))).))))))((((((((...(((..((((..(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).....)))..)))))))).........)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...............)))).(((((.....))))).........(((((....)))))...(((((...........................)))))..((((....))))................(((((.......))))).((((((.((....))..)))))).(((..((((.(((((((....(((((...........))))).((((....)))).)))))))..((((......))))((((....)))).......))))....((((....))))........))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((............(((((((.....))).))))......(((((....)))))...(((((...........................)))))..((((....))))......[[[[[[....(((((.......))))).((((((.((....))..))))))))))....]]]]]].((((...(((((....{{{{{{.)))))...)))).....}}}}}}.(((.....)))...((((((((....))))))))...........((((....)))).....)))).... |
