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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGACAGAGUGGUCGGUAACGCCGACCGGCCGAAAGGCUCGGGACAGGGCAACAGAAAGCAAACCGCCGCAUGGGACCGGGCCCCCGUCCAAGUCCAUGCGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGCCAAGGUGACUUGACUGGCUAGGCAACCCCCACUCGGAGCAAGACCAAACAGGGAGCAGACGCGUUUUUCGAAACGCGUCGUGGGCUCGUCCGGCCCGCUAUCGACUCCCGGGUAGGUCGCUCGAACCGCCGAGCAAUCGUCGGUCUAGAUGAAUGGCCGUCACCUGAUUCACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((((((....)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.]]]])))))))......))))).....))))......((((((((....))))))))................................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((..((((...((((((..(((...(((..((((((....))).))).....(((..(((...((..(((((((((((((...(((......)))...))))))))))...))).....((((((.......)))))).))...((((....)))).)))))).))).))).)))))).......((((..((.((((((.(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))....).)))))..)).))))(((((......)))))....(.(((((.........))))).).)))).......)).))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((....((((((...(((((((...)))))))(((((....((((((.....(((.............((((((((((((...((((....))))...))))))))))..)).......((((((.......))))))....)))..(((.....((.(((...((....))))).)).((((..((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))))))..))).))))))..(((((......))))).))))).....))).)))...)).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................((((((((....))))))))......................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((....................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))............((((((...............................................))))))...............((((((((....))))))))......................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((....................)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...((..((((.....((((((...............................................)))))).....))))))....((((((((....))))))))......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.((.............(((((((...)))))))((((....))))........................((((((((((((.(.((((....))))..)))))))))))..)).......((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))...................((((..((((...(.(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).)...))))))))..((((.(((....))).)))).............................)).))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..........................(((((............................)))))...........((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).))...............))))....(((......((.....................................................))......))).......((((.(((....))).))))................................))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............((((((((((((...((((....))))...))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).))..))..)))))))))))))...((((.....(((((..(((((((((....)))))))))((((((.......))))))......))))).....))))(((((......)))))....(.(((((.........))))).)...............)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.((.........(((((((((((...)))))))((((....))))........................((((((((((((.(.((((....))))..)))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).))...........)))(.((((..((((...(.(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).)...))))))))).((((.(((....))).))))(.........)........)((.....)))).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..((((....................))))..)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................(((((.................................................)))))...............((((((((....))))))))....................................))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.(((.(((((..((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((((......................))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))(((..((((.....((((((..((((............))))........................).))))).....)))))))...((((((((....))))))))..................))))))))......).))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]......(((......[[[..((((((....))).))))))..]]]...............((((((((((...((((....))))...))))))))))..(((((....((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))[[[..........)))))..]]]..((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))(((((.[[[[.)))))......]]]].....(((..[[[[[))).(((.....)))....]]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((.(((((((((...))))))((((((....(((((((...(((........(((..(((((((((((((...(((......)))...))))))))))...))).....((((((.......))))))..(((.((((....)))).))))))........))).))).))))..((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))(((((......)))))..(((((......))))).)))))).)))))).)))...)).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................((((((.....)))))).(((....)))...........................((((((((((...((((....))))...))))))))))...........((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))...................((((..((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))))))..((((.(((....))).))))................................)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........(((((((((((...)))))))(.(......).).........(((...........(((((((...............(.(.(......))).))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......)))))))))...(((..((..((((((....((...........................((...))))..)).))).)..)).))).....(.(((((.((....)).))))))...................................).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((((............((((.....))...)))))))..)).)......(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))......)))))))))...(((..((.(((.(..((((((..........))))))..........................))))..)).)))..((.(.((((((((....))))))))).))..................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))((((((....))).)))......((........)).....((((((((((...(((......)))...))))))))))..(((......((((((.......))))))..((((((((....))....)))))..)...))))))))).((((..((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))))))...(((.(((....))).)))....((((......))))..(.........)..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...)))......(((((((...)))))))((((((...((((((....((((.............((((((((((((..((((..))))......)))))))))...((((.....((((((.......))))))...((((([[[[[[[.....))))).....)))).....))).....((((.....(((((..((((((((((..))))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))))))......)))))).....))))))....(((((....]]]]]]].))))).....))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.............(((((((...))))))).(((....)))..........((........)).....(((((((.((((.(((......)))..)))))))))))..(((((....((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).............))))).......((((.....(((((............((((........(((((((.....)))))))..))))))))).....))))....((.(((.(((....))).)))))..((((......))))............)).)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....[[[[[.))).((((...((((((..(((...(((..((((((....))).))).....(((..(((...((..(((((((((((((...((((....))))...))))))))))...))).....((((((.......)))))).))...((((....)))).)))))).))).))).)))))).((((..((((.....(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))))))..((((.(((....))).))))...((((......)))).))))..........]]]]].... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))......................................................................................(((...((....))...)))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....(((.............(((((((((((....................)))))))))..)).......((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).....)))...)))))))))))...((((..((.((((((...............................................))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))............................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((.((((((((.....)))))((((((....(((((((...((((........((...((((((((((((...((((....))))...))))))))))..(((((....((((((.......))))))(((((.((((....)))).))).))..........))))))).))..((((...(.((((((.(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))....).))))).)...))))))))....).))))))..(((((......))))).)))))).)))))).)))...)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((((........)))).(((((.(((((((((((.((..(.((((((((.(((.(.(((((((...((((((((((((.(.((((..))))..(..)))))))))))..))).....(((((((((..)).)))))).).((((..)))).)))).)))((......))))))))((.((((..((((((((.(((((..(((((((((....)))))))))((((((..)))).)).(.......)))))))))).))))))))))..).))))))..))))))))).).)).).).))))....((((...))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................(((.....((.))..................(....)...........)))......................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................(..................((((((.......))))))....((((((....)))....)))................)......(((.....((((((..........................(.(.(.(.......)).).)...)))))...)..))).((...((((.(((....))).))))..))..................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...............((((.....))))...(((....)))...........................((((((((((...(((......)))...))))))))))...........((((((.......))))))...((.((((....)))).))....................((((..((((.....((((((.(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))....).))))).....))))))))...................................................)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))).((((....)))).(((.....((........))..(((((((((((((...(((......)))...))))))))))...))).....((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))..........)))))))).((((..((((.....(((((..((((((((......))))))))(((((((.....)))))))......))))).....))))))))..((((.(((....))).))))...((((......))))...............)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((((...((((((..(((...(((..((((((....))).))).....(((..(((...((..(((((((((((((...(((......)))...))))))))))...))).....((((((.......)))))).))...((((....)))).)))))).))).))).)))))).((((..((((..((.(((((..(((((((((....)))))))))(((((((.....)))))))......)))))..)).))))))))..((((.(((....))).))))...((((......)))).)))).......)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.....((((........)))).(((.....))).((((((....))).)))....))))...............((((((((((...((((....))))...))))))))))..((((.....((((((.......))))))...(((((((....)))....)))).....)))).....(((..............(((((.....((((..........)))).((((((.......))))))......)))))...(((((.(((((......)))))......(((((.........)))))..)))))...........)))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((........)))).(((.....))).((((((....))).))).....)))...............((((((((((...((((....))))...))))))))))..((((.....((((((.......))))))...(((((((....)))....)))).....))))....)))))...(((((.....(((((..(((((((((....)))))))))..(((((.....))))).{{{{{..))))).}}}}}...(((((......)))))..[[[[[))))).]]]]]..(((((...................))))).. |
