|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCAUCGACGGGCAGGAUGGUCUCUAACGGAGACUGGGGGUAACCCUAAGGAAAGUGCAACAGAAAAUAUACCGCCGCCCGCCUCUGGCGGCACUCAGGCAGAAACGAAAGUUUCUGCCGGUAAGGGUGAAAUGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGUCCCGUGGUGACACGGGAGCUUGGCAAACCCCAUCCGAUGCAAGGCCAAAAAGGGGGCUGCCGGAAAUGGCAGCGAGGAUUGCCCAUCCUUUAACCCGGGUAGGCCGCAAGAGGUCCAGGGCAACCGGGACCCAAAGAGAAAUGGUCACCGUCCCGCCACAGGCGGGAAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((.(((...)))))).....(((((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((((((....)))))))((((((.]]]]))))))...))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((((...))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((..((....(((.((..((((((.....))))))((((....))))........................))))).(((((((.((((((..(((.(((((((((....))))))))).....(((((...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).............)))))..(((..((((.....(((.(((((((....))))))).(((((.....)))))....))).....))))))).(.(((((.((....)).))))))...)))..((((...)))).)))))).))))))).....)).))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((....((((((....)))).)).......................((((.(.....................................).)))).....))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((((((((.....((((......(((((((...))))))).(((((.(((((...((..(((............))).((((((.......))))))..)).(((((((((....)))))))))....)))))....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).........))))).)))).(((..((((.....(((.(((((((....))))))).((((.......))))....))).....)))))))....)))).))))..(((((..(((........)))......(((((((...))))))).......)))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...............................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((((................................))))))...............((((((((....)))))))).................).................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................((((((((.................................))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))))))))..((((......((((((................................)))))).....))))......((((((((....)))))))).................).................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((................(((((((...)))))))((((....))))..............................(((((((.((((((......(((((((((....)))))))))......((((...(((((((.......))))))).(((((((....)))))))....................(((..((((.....(((.(((((((....)))))))((((((.....))))))...))).....)))))))...(((((.((....)).)))))..............))))...)))))).)))))))........))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((.((((............((((((.....))))))((((....))))..........................((((.........................................))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))(..((((......(((......................................))).....))))).....(((((.((....)).)))))....................(.............).........)))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))..(((....)))...((...((((.............(((((..((((.....))))......(((((((((....))))))))))))..))......(((((((.......))))))).(((((((....))))))).....))..)))))))))))))...((((......((((((((((....))))))).(((((.....)))))....))).....))))......(((((.((....)).)))))(...)..............(((((((...))))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((........(((.....(((((((...)))))))((((....))))..........................))).(((((((.((((((.(((..(((((((((....))))))))))))...(((((..(((((((.......)))))))((((((((....))))))).)...(......).......(((..((((.....(((.(((((((....)))))))((((((.....))))))...))).....)))))))...(((((.((....)).))))).............)))))...)))))).)))))))........))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.......((((........(((((((((((...)))))))((((....))))........((((............(((((.....................((((..............)))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))......))))))))....(((.............................((((.....)))).............)))..((.(.((((((((....)))))))).).))..............(((.(((...))).))).............)). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((((((....)).)))).).............((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)..................((((.((....)))).)..)(((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).......))).)))))))))(..((((.....((((.(..................((((.....))))...))))).....))))).....((((((((....))))))))...........)))))))..((((((...))))))...........))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..[[[[..)))))..]]]]...............(((((....))))).........................(((..(((((...)))))[[[[[.(((((((((....))))))))))))..]]]]]...(((((((.......))))))).(((((((....)))))))..(((((...[[[[............)))))...]]]](((((((....))))))).....((((((..........[[[[[[.((((......))))..)))))).(((((((...........)))).)))(((((((...)))))))......]]]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........))))((((((...)))))).((((....)))).........((...............)).((((((((((.(((((((((.(((((((((....)))))))))((((((((((...(((((((.......))))))).(((((((....)))))))....(((((.((((.......((...))......))))(((((((....))))))).....))))))))))))..))).))))..))))).))))))...))))...(((((((.(........))))).)))(((((((...))))))).......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................((((((.....)))))).(((....)))...........................((({{.....{{{.{{)))((((.(((((((((....)))))))))((.((...((...(((((((.......))))))).(((((((....)))))))....(((((.((((...........[[[[.....))))(((((((....)))))))..<<<)))))))>>>))...)).)))).]]]]}}.}}}((((..((}}..))aa))))................AA.(((((((...))))))).......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........(((.((((..((.........(((((...)))))))(((......)))..........((...........((((((.....................(((((............))))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((((((....)))))))....))....................(((..((..((((.(........(...(..(....((...)))))..)))).)..)).))).....(.(((((.((....)).)))))).........).)))))).((((.........))))...........).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((.((((((.......).)))))...............((((....((....(((((((...)..))))....))...............)..)..........................(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....))))))).))..........)))))))))....(((......((.(((................((((((...)))))).)))))......)))....((.((((((((....)))))))))..).......))))...))((((((...))))))................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........))))((((((...)))))).((((....)))).............................((((((((((.(((((((((.(((((((((....)))))))))((((((((((...(((((((.......))))))).(((((((....)))))))....(((((.((((....................))))(((((((....))))))).....))))))))))))..))).))))..))))).))))))...))))...(((((((.(........))))).)))(((((((...))))))).......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((((..((((((....((((...(((((...(((((......................((((((((((..[[[[.)))))).....(((((((((....))))))))))))))))))....(((((((.......))))))).(((((((....)))))))..........))))))))).....))))))........(((((((....)))))))]]]].)))))).........))))))(((((((.....(((((..........)))))...........(((.....(((((((...)))))))......)))))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................(((((((...))))))).(((....)))...((....(((...............((((((.......))))))....................(((.(((......))))))..((((((.......))))))..(((((((....))))))).....)))....))......(((..((((.....(((.......(((...((((........))))..))).....))).....)))))))...(((((.((....)).))))).............((....(((((((...)))))))....)).)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..(((.(((((((......................(((..((....))))).....((.........((((...))))..((((.....)))).......))...........(((((......)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))((..(((..((((.....((.......)).............................((((.....))))........))))..)))))....((((((((....))))))))...........)))))))......................)))))....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))...).....)......)...................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((.....................................))))))..)).))...(((((((.......)))))).)(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.................((((.....))))..)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))................)....................(.(....).).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))...).....)......)...................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((.....................................))))))..)).))...(((((((.......)))))).)(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.................((((.....))))..)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))................)....................(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.(((((.....................................)))))...)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.................((((.....))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))................)....................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.[[[[[[.))))).....((((((.....)))))).(((((.(((((..........................((((((.......)))))).....(((((((((....)))))))))....)))))....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).........)))))...]]]]]]..((((..((((((.(((((((....)))))))..((.....)).))))))...{{{{{{.))))......(((((.((....)).)))))...................(((((((...)))))))......}}}}}}.... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........))))((((((...))))))(((((....)))))............................((((((((((.(((((((((.(((((((((....)))))))))((((((((((...(((((((.(....))))))))((((((((....))))))).)..(((((.((((....................))))(((((((....))))))).....))))))))))))..))).))))..))))).))))))...))))...(((((((.(........))))).)))(((((((...))))))).......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((........)))))....((((((((...)))))))).((((...................................((((((((((.(((((((((.(((((((((....)))))))))..((((((.....(((((((.......))))))).(((((((....)))))))....(((((.((((....................))))(((((((....))))))).....)))))...))))))....))))..))))).))))))...))))......((((...........))))....(((((((...)))))))......))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....)))........................................................................(((...((....))...))).................).................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....((((..((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)........................((((((.....................................))))))..((((.....((((((.......))))))..(((..((....))..))).........)))))))))))))....................................((((.....)))).......))))....))......((((((((....)))))))).................)......................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((..((((.((((.((((((.....))))))..((((((.(((..((....((((..........((((((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))))))).(((((...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).............)))))..))))...)).........(((((((....))))))).))).)))))).))))....))))(((.((((....(.(((((.((....)).))))))....(....)))))))).(((((((...)))))))....)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((........)))))..((.(((((((...)))))))..((((((.(((..((....((((..........((((((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))))))).(((((...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).............)))))..))))...)).........(((((((....))))))).))).)))))).)).))).((....))((((((.....(((((.((....)).)))))...........((((....(((((((...)))))))....)).)))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((..((((.(((((((((((.....))))))..((((((((((..((....((((.(........((((((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))))))).(((((...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).............)))))).))))...))....)))).(((((((....))))))).....)))))))))))....))))(((.((((....(.(((((.((....)).))))))....(....)))))))).(((((((...)))))))....)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((.(((((.((.((((((((...)))))))(((((...)))).)((((..(..........)..)))))))))))).(((((.(((((((..((((((((((..))))))))))(((((((((((.((((((((((..)).))))))))((((((((..)))))))).)..((((((((((.(.(..(..........)).)))))(((((((..))))))).....)))))))).)))))).)).))).)..))))).)))((((((((..))))))))((((((..)))))).(((..(((((((...)))))))))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................(.(..................((...))....................((((((.(....)))))))...............(.(........((..(.......).))......)...............)........(..(...................).....)...........(.((..((....)).)).)...........)....)........(.......)................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((........))))).....(((((((...)))))))..((((((.((...((....((((..........((((((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))))))).((((....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).........)))).......))))...)).........(((((((....)))))))..)).)))))).)))).....((((((.((((......(((((.((....)).))))).....(....)))))....(((((((...)))))))......)))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((((((............((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))).............(((((((.......))))))).(((((((....))))))).................))))))..((((.....(((.((((((......)))))).(((((.....)))))....))).....))))......(((((.((....)).)))))...................(((((((...)))))))................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((..((((.((((.((((((.....))))))..((((((.(((..((....((((..........((((((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))))))).(((((...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).............)))))..))))...)).........(((((((....))))))).))).)))))).))))....))))(((.(((((.....(((((.((....)).)))))..........)))))))).(((((((...)))))))....)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((........)))))......(((((.....))))).((((....))))......................((((((((((.......)))))).....(((((((((....))))))))))))).((((....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).........))))..(((........(((........))).((((....)))).....))).(((((.(((........)))..((((......))))..))))).((((((((...........))))....((((((.....))))))........)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....{{{{......(((((.....))))).((((....)))).......))))...............((((((.}}}}..)))))).....(((((((((....))))))))).....((((....(((((((.......))))))).(((((((....)))))))..(((((...<<<<))))........)))))...>>>>(((((((....)))))))((((((.[[[[))))))......]]]].((((......))))..))))..((((((((...........))))....((((((.....))))))........)))).... |
