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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUGAAGCAAGGGUGCCGGGUAAUGCCCGGCCGGGGAAACCCGAGGGAAAGCGCCACAGAGAAGAGUCUGCCCCGAGCUUCGGGGUGAUGGUGAAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGGACCGGGCAACCGGGACGGCACGGCAAGCCCCACCCGGAGCAAUGCCGAAUAGGGGCCCCGCGCGGGCUGGUCCCGGACUACGGUCCGCGAUACCGCCGCAGGGAUGCUUCAGCCCAGGGGCCCGGGUUGGCAGCUUGAGCCCGUCGGUAACGGCGGGCCUAGAGGAAUGGUCAUCCAGGGGGCGCAAGCCCCCGGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))]]]])))))).))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.((((..((..((((((..(((.((((((.....))))))..((....))....((......)).((((......)))).)))..)))))).((((((.((.....((((((((....(((...(.((..((((....))))..)))...)))..))))))))..((((..((((((....(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))....)))))).)))))))...))))))))))..((((((((....))))))))........)).))))))..((((((....)))))).....))..)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....(())..)))..........(((((((((.....))))))((((....)))).........)))............(((((.((.....)).)))...))......((((((.......)))))).((..((((....))))..))........................................................................................(((...((((........))))....)))....((((((((....)))))))).................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.(((((((.....(((((((...)))))))........(((...((....(((((...(((....)))(((((((...)))))))..)))))...(((((((((....))))..(((((((((((...((((((((((.((((..(((((...(((.......)))....)))))...)).)).))).))))))).)).))))))))).)))))))...))).))))))).....))))))))))..(((..((...((((((((....))))))))..)).(((.(.....(((.((((((....)))))))))....)))).))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((((...)))))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((...)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((...........................................................))))))...............((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........................((((.(((((.....))))).((((....)))).........(((..............(((((((...)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))).......((((......((((((....(((..............................)))..(((((.....)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.(((((((.....(((((((...)))))))((((....))))...............(........).(((((((...)))))))...........((((((.......))))))((((((((.....((((((((((.((((..(((((...(((.......)))....)))))...)).)).))).)))))))....))))))))................))))))).....))))))))))))..........((((((((....))))))))...............(((.((((((....))))))))).............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((((...)))))))((((....))))........................(.((((((.....))))))...).......((((((((....(((...(.((..((((....))))..)))...)))..))))))))...(((..((((((....(((((((..(((................................)))..((.........))..)))))))...)))))))))...((((((((....))))))))....................((((......)))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...............((((((...))))))............((((((.......))))))(((..((((....))))..)).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))....)))))).))))))).....))))......((((((((....))))))))...............(((.((((((....))))))))).....)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.(((((((.....(((((((...)))))))((((....)))).((.......))..(((......)))(((((((...)))))))...(((.....((((((.(....)))))))((((((((((...((((((((((.((((..(((((...(((.......)))....)))))...)).)).))).))))))).)).))))))))...)))..........))))))).....)))))))))))).....((((.((((((((....)))))))).).)))....((((.(((.((((((....)))))))))..))..))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.....))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((.............................................................)))))...............((((((((....)))))))).................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(...........(((.........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))((..((((......((((((...........................................((((.....))))...)))))).....))))))....((((((((....))))))))...................((..(......)..)).............))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((......)))...((((((((((...)))))))((((....)))).[[[.....))).((((......)))).]]]..((((((((......(((...(((((((.......)))))))....((((....)))).....)))..[[[[[....))))))))..((((((....(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).))))....))))))).)))))))...))))))]]]]].((((((((....)))))))).....(((..[[[[.))).((((((....))))))(((.....)))]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((((..(((.(((((((...)))))))((((....)))).((.......)).((((......)))).)))..))))).(((((.........(((((((.......))))))).(..((((....))))..)(((.......))).))))))))))..((((((....(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))....)))))).)))))))...)))))).(((..((((((((....))))))))...))).........(((.((((((....)))))))))......))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.....(((((......(((((((...)))))))((((....))))..........................<<<<<..)))))>>>>>..........(((((((.......)))))))((..((((....))))[[)).....((..(((((...........{{{{{....)))))aaa))..((((((.]]((((((....))))..............)).......)))))).AAA))))))))}}}}}......((((((((....))))))))...................((((((....))))))................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((((...)))))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((...(..(((((.(...........((..............................(..(...)..).))).)))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........((((.((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((((....).)))))..))((.....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))))..))))).......)))))))))...(((((.(..(((((((..((((....(((.(.........(..)))))....))))..((((.....))))..)))))))..))))))..((((.((((((((....)))))))).)).)).............(((.((....)).)))................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((((..(((.(((((((...)))))))((((....)))).((.......)).((((......)))).)))..)))))(((((..........(((((((.......)))))))((..((((....))))..)).........)))))....)))))..((((((....(((((((....(((((((((((((((....)))))..............))))....)))))).)))))))...)))))).(((..((((((((....))))))))...))).........(((.((((((....)))))))))......))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.(((((((.....(((((((...)))))))((((....))))........(((((((((......))))((((((...))))))...)))))...((((((.............(((((((((.....(((((((....(((((.[[[[[...........)))))......(((((.....))))).)))))))....)))))))))...))))))......))))))).....))))))))))))....(((((.((((((((....)))))))).........(((....))).]]]]].)))))..(((((.....))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((.........(((((((((((...)))))).((((....))))......................(((.(((((((...))))))))))........((((((.......)))))).((..((((....))))..)).............)))))))))...((((......(((((((..((((....(((.(((((....))))).)))....)))).................))))))).....)))).(((.(((((((((....))))))).)).))).....(((........))).......)))))))............. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((..........................................(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((...)))))))..)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(..((((((..........................................((((((...))))))..))))))..)..)))).((...((((((((....))))))))..))............).....................(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((..........................................(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((...)))))))..)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((..........................................((((((...))))))..)))))).....)))).((...((((((((....))))))))..))............).....................(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((...........................................(((((...)))))...)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))............).....................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..((((((.((((.((.((((.(((((((.((((....)))).(((...(((((..........(((.((((((.....))))))))).(((...(((((((.......)))))))((..((((....))))..)).))))))..)))))..)))).))).)))).....)).)))).((((((....(((.(((((....))))).))).)))).)).....)))))).[[[..))))))))))..]]].((....((((((((....)))))))).....(((...(((.....((((((....)))))).)))....))).))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((((..(((.(((((((...)))))))((((....)))).............((((......)))).)))..))))).(((((.........(((((((.......)))))))....((((....)))).................))))))))))..((((((....(((((((....((((((....(((((....)))))......................)))))).)))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))))).).))).........(((.((((((....)))))))))......))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((.((((..(((((..((((..((((....((((....))))........(((((............((((((((...)))))))).)))))...(((((((.......)))))))....((((....))))........)))).))))))))).......((((((....(((((((....(((((((((((((((....)))))..............))))....)))))).)))))))...))))))))))..((((((((....))))))))........)))).......((((((....))))))........))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....)))).............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...................................................................................................(((...((....))...)))................)................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..........((((((((((.....))))).((((....)))).............................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))(((((..((((..((..((((((.....(................................)...(((((.....)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))............))..........................)).)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((...(((((..(((.((((((.....))))))((((....)))).............((((......)))).)))..))))).(((((((.((.....((((((((....(((...(.((..((((....))))..)))...)))..))))))))..((((..((((((....(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))....)))))).)))))))...))))))))))..((((((((....))))))))........)).))))))).((((((....)))))).....))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((.(((((((.((((.((.((((.(((((((.((((....)))).(((...(((((..........(((.((((((.....))))))))).(((...(((((((.......)))))))((..((((....))))..)).))))))..)))))..)))).))).)))).....)).)))).((((((....(((.(((((....))))).))).))).))).....))))))).....))))))))))))((...))....(((((((....)))))))))).(((...(((((.(((.((((((....)))))))))..))..))).))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((((((((..(((((..(((.((((((.....))))))((((....))))..((......)).((((......)))).)))..)))))(((((..(.(((...(((((((.......)))))))((..((((....))))..)).))).)...)))))....)))))..((((((....(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))....)))))).)))))))...)))))).(((..((((((((....))))))))...)))..........)).((((((....))))))))))....)))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((.(......)))((((((((...(((((((.(((((..)))))....(((.(((((...........(.(((((((...)))))))).))))))))(((((((((..)).)))))))(..))))))))....)).))))))(((..)))(((.((..(((..(((((....((((((((.(..((((((...(((((((..)))))).)(.(((......)))...)..)))))))))))))))...))))))))..((((((((((..))))))))))...)..).))).(((((.(((((((..)))))))))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................(..((.(...).))..(((...)))....((...................(...)......))....)...(((..(......).))).........(..)..(....)................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................(...................((((((.......))))))(((..((.(....).))..)).)...)...................((((....(.((((((...((((..............................))))..((.(......).))..))))))...).)))).((....(.(((((....))))))....))...............(((.........))).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..............(((((((((((...)))))))((((....)))).......................((.((((((.....))))))))..(((...(((((((.......)))))))((..((((....))))..)).)))..........)))).......((((((....(((((((..(((......((.(((((....))))).))......))).(((.........))).)))))))...))))))......((((((((....))))))))...............(((.((((((....)))))))))......))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((.....(((..............(((((((...)))))))..........(((((((.......)))))))((..((((....))))..))....)))...))).)))))))))..((((((....(((((((..((((....(((.(((((....))))).)))....)))).(((.........))).)))))))...)))))).(((..((((((((....))))))))...))).........(((.((((((....))))))))).............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((((..(((.((((((.....))))))((((....)))).............((((......)))).)))..)))))(((((....(((...(((((((.......)))))))((..((((....))))..)).))).....)))))....)))))..((((((....(((((((....(((((((((((((((....))))(((.......))).)))))....)))))).)))))))...)))))).(((..((((((((....))))))))...))).........(((.((((((....)))))))))......))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((((..........))))((((((.....)))))).(((....))).........(((((.(((......)))((((((.....))))))..)))))....((((((.......)))))).))).((((....)))).......((((..(((((....................)))))..((((.(((.....))).(((....))))))).....))))...(((((((.((((((........)))))).........((((((((....))))))))..........)).))))).(((((......)))))(((.....)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((..........))))((((((.....)))))).(((....))).........(((((((((...{{{)))).((((..}}}))))....)))))....((((((.......))))))bbbb.((((....)))).......(((((.aaaaa..)))))....)))))....AAAAA.BBBB..(((.....)))((((....))))........((((...<<<<(((((..[[[.)))))..]]].)))).......(((.((((....)))).((((.........))))>>>>.((((((....))))))(((.....))))))... |
