RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00176

RNA: ASE_00176
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((....)))))).)((...(((((............(((((.((((((((....)))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).)))..)))))))))))))...((((......((((((((..(((((.]]]])))))..((((((((((....)))).)))))).)))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.......((((......(((((.....))))).((((((....)))))).......)).))..................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))............((((.....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))...........(((.((.(((((....))))).)).))).....))))....))))))))))))))))))).....)))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......((((......((((((...)))))).((((((....)))))).......)).))..................(((((((((((((((((((........((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((...((.(((...(((((...(((((....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).((....))..)))))....)))))..))).))..))))....)).......))))))))))))))))))).....)))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((........))))........................(((((...((((........))))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))............))))))))).............((((((.................................................))))))...............((((((((....))))))))..................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........))))......((((((...)))))).((((((....))))))..............................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))............(((......((((((((..(((((.....)))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).....)))....((.((.(((((....))))).)).))..............)))))))))))))))))))..............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.................(((((.....))))).(((((......)))))...........................((.....................))............((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............................................................................................................((.(((((....))))).))....................(((......))).........)))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((((....))))))..............................((((((((((((((((((................((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((....................(((......((((((((..(((((.....)))))..(((..(((((....)))))...))).)))))))).....)))........(.(((((....))))).).))))..............)))))))))))))))))).....)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.......).))))...(((((((((...)))))).(((((((())))))))........)))...................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))............(((......((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).....)))...(((.((.(((((....))))).)).))).............)))))))))))))))))))..............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((.((...............(((((((((((...)))))).((((........))))..........................(((..(.............))))...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))............))))).................(((((.........................(..((........))...).......)))))...............((((((((....))))))))..........)))))..).)...........................)).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((..........))))...[[[[[[)))..........((((((....)))))).....]]]]]]...................(((((((((((((((((((.......(((((....[[[[[[[......))))).((((((((....))))))))........]]]]]]]..........(((......((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))[[[[.)))......]]]](((((....)))))....................)))))))))))))))))))..............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.((((...........(((((((((((...))))))(((((((((.(((((((.((...(((..............)))....))))))))).)))))))))...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((....)).))))).((((....))))....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).((....))..(((.((.(((((....))))).)).))).............)))).)))).((((((........))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....)))))(((((((..((((((((........................(((((.((.(((((<<(((((((.....((.((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))).....(((.....(((.......[[[[[[....[[[[)))..]]]]))))){{.)))))))..)))))..}}....]]]]]])))))))......((.((.(((((....))))).)).))...............))))))))>>)))))))......)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((((((((.(((((...))))...)(.((......))..............).........(((...........(((((..((((.(........).)))).))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))...)))...................(((.......((((.(....(((((...))..........................))..).))..))....)..))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))...........................))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................((((((...)))))).((((((....))))))..............................(((((((((((((((((((.......((......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)).......((((....))))....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))((.....))...((.((.(((((....))))).)).))..............))))))))))))))))))).....)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......((((......((((((...)))))))))).((((((((((..........................(((((.(((((((((..)))))))))....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........))))).....................((((((((..((((((...))))))..((((.((((((..))))))..)))).)))))))).))))).)))))))))).(((((....)))))....................((((((((..))))))))......)))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((........)))).)((...(((((.((.........(((((...((............))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.................................(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((........)))).)((...(((((.((.........(((((...((............))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.................................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......((...((...(((((.....))))).((((((....)))))).......)).))..................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))............((((.....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).((....))..(((.((.(((((....))))).)).))).....))))....))))))))))))))))))).....)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................((((((...)))))).((((((....))))))..............................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.(....))))))).((((((((....))))))))........))))).....((((....))))....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))..........((((....(((((....)))))....))).)...........))))))))))))))))))).....)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.................((((((...)))))).((((((....))))))..............................(((((((((((((((((((...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))................((((.....((((.....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))..................(((((....)))))))))......))))......))))))))))))))))))).....)))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((........)))).......................................................(((......((...............)).((....((....))....))..........))).....))).........................................................................................(((...((....))...)))..................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......((((......(((((.....))))).((((((....)))))).......)).))..................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))............((((.....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).((....))..(((.((.(((((....))))).)).))).....))))....))))))))))))))))))).....)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....(((.((((.........((((((.(((((.....)))))(((((((((.(((((((.((...(((..............)))....))))))))).))))))))).....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))..))))))....((((.....((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).((....))..(((.((.(((((....))))).)).))).....))))....)))).))))).(((((........)))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(....)...)))).((((.(((((.....)))))(((((((((.(((((((.((...(((..............)))....))))))))).))))))))).....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))))))......(((((......((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))((((.......(((.((.(((((....))))).)).))).............(((((((....))))))).....))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((((((((((.....((((((...))))))(((((((..((((((((.((..((..))((((((((..))))))).)))))))))))..)))))))(((........))).((((((((..)).))))))))))))))))(((..))).((.((((((...(((((......)))))..(((..(((((((((.(..((((((..)).))))(((((((((((..))))))).))))))))))))))..)))(((.....))).(((((....))))))).))))))((......))(((((((((..)))))))).)....)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................(......(..............(...(...)..))...).(.......((((..........))))).......((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((((....))))))..............................(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........))))).....................((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))...........(((.((.(((((....))))).)).))).............))))))))))))))))))).....)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........((.((....(((((.....))))).((((((....))))))........................)).)).(((((((((((((((((((.....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........)))))...((((.....(((..((..((((((((..((((((...))))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))..)).)))...(((.((.(((((....))))).)).)))...))))......))))))))))))))))))).....)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........))))...((((((((....)))....((((((....))))))......))))).............(((((.((((((((....))))))))....(((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))........))))).....((((....))))....((((((((..(((((.....)))))..((((.(((((....)))))..)))).)))))))).)))))........(((((((((....))))).....))))..........((((.(((....))).(((.....))).))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((..........))))...((((((((....)))....((((((....))))))......)))))..............((((.((((((((....))))))))......))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).[[[[[[.((((......((((....))))....((((((((..(((((.....)))))..((((.(((((....)))))..)))).))))))))))))...........))))((((....)))).]].]]]]...........(((((.(((....))).(((.....))).))))).

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