RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00179

RNA: ASE_00179
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAAGAUGGUUGCUAGCGGCAACUGUCCCGCUAGUCGGGAUAAGGAAAGUGCCACAGAAAAGAAAACCCCCGCGUCUUGUGCGCGGGAGAGCUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCUUCGUCGUGAGGCGAAGGCUUGGUAAACCCCAUCUGGAGCAAGGCCGAAUAGGGGAGGGAUAAAGCUGCCCGCCUACCUCCCGGGUGUCGCCGCUAAAGCCCCACGGCAACGUGGGCGCGUAGAUAGAUGAUCACUCUCGACAGAACCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((.....)))))).)((...(((((.............(((((((((.....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((......((.]]]]))...))))))......))))......((((((((....)))))).))...........................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.((.....(((..(((((((((.....)))))))))..))).(((((((...((....((((...............(((((((.....))))))).((((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))..)).((((((.(((..(((...((..((((((......((.....))...))))))..))...))))))...((((((((....)))))).)).....)))))).....))))))).)).)))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((.....((...((.......)).))....))))...............((((((.......))))))..((.((....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((....)).)).))...((..((((......((((((....(.((.....)).).))))))....)..)))))....(.((((((....)))))))......................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.((.....(((..((((((((((...))))))))))..))).(((((((....((..((((((..............(((((((.....)))))))..(((......((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))))..))..((((((..((..((((((((..((((((..................))))))..)).)))..))).....((((((....)))))).)).....)))))).))..))))))).)).)))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((.........)))).........................((((((((((...)))))))))..).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((((..................))))))................((((((((....)))))).))....................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((.(((((.....))))).((((.........)))).........(((..............(((((((((...)))))))))..........((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))).......)))))))))......................((((.....)))).......................((((((((....)))))).))....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((..((((((.........(((((((((...)))))))))((((.....))))...........................(.(((((((.....))))))).).........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...............))))))............(((((((.........).......))))))(((((((.........((((((((....)))))).))....................)))...))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((((((((.............(((((.....)))))...........................................................................((((((.......))))))(((((((((....))))))).))...............)))))............((((((....(.((.....)).).))))))................((.(((((....)))))..))............................)))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((....(((((((........))))))).........((...(((((...............(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))...(((.(.....((((((......((.....))...)))))).....).)))......((((((((....)))))).))...........................)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((..((((((........((((((((((...))))))))(((((.....)))))...........((...(.........(.(((((((.....))))))).)........)((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)).........))))))))............(((((((.........).......))))))((((((((...(((..((((((((....)))))).)).)))...((.......)).))))...))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......................(((((((((((...)))))).((((.........))))...........................(((.............)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).................(((((.....((((.....))))..)))))................((((((((....)))))).))................................))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((......(((((((((........(((((((((((...))))))((((..(.....)..))).)((....((((...............(((((((.....)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))...))))))))))).............((((((....((((.....)))).))))))................((((((((....)))))).))...........................)))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]].....((((..[[[[((((..(((((((.....))))))).......))))...........))))(((((((.....)))))))...]]]]....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..(((((...[[[[............)))))...]]]].(((.........)))..(((....[[[[[[.......(((....((((((....))))))....))).)))........(((....)))]]]]]]....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((....(((...(((.(((..(((((((...(((((((.....))))))).((......))...............(((((((.....))))))).((((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))((....)).(((((((((..((((......(((.((........)).)))))))..)).)))))))..)))))))..((((((((....)))))).)).......))).)))...)))....)).)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.[[[.[[..((((((.........((((((((.....))))))))(((.......))).............................(((((((.....)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).................)))))).............[[..((.........))......)))]].(((.(((....((...((((((((....)))))).))..))................)))....)))]]]]].
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((.)........(((((((...)))))))......((......))..........(((...........(((.(((((((.....)))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((((((....)))))))....)))...................(((......((((((...((((((...))))))))))....))..))).....(.(.(((.((....)).)))..))........))))))))...................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(...)....(((((........((((.((((((...))))))..(((.........)))..(((....((((...........((((.(((((((...))))))))..)).)......(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).)..))))...))))))))))))...(((......((((((...((((((...)))))))))))).....).))...(.(.((((((((....)))))).)).)..)...............................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((((.....))))(((((((...(((((((.....))))))).((....((((...............(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))...))(((((((((..((((......(((.((........)).)))))))..))).))))))..)))))))..((((((((....)))))).))..................).....)).)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((..((((((((........))))))))[[[[..........(((((..............(((((((.....)))))))..(((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))....))))))))))).((((((.....((((((..........]]]]....))))))...(((((.(((......((((((....)))))).)))..................))))).....)))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....((((.....((((((...)))))).((((((.....))))))........))))...............(((((((.....)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))....((......))......(((..(((.......((((((......((.....))...)))))).......))))))...((((((((....)))))).))...(((.....)))..........)).)))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((....)))))...((((......(((((.....)))))...(((....))).......((....(((..(.............(((((.........)))))..(((((....((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))..)))...)).....................))))...........................((((((((....))))).)))........................(....)....).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((.........)))).)((...(((((.((..........((((((((.......)))))))..).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....)))))))))))......)))).)....((((((((....)))))).))......................(.(....).)....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((.........)))).)((...(((((.((..........((((((((.......)))))))..).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((...((((((...))))))))))))......)))).((.(.((((((((....)))))).))).)).....).............((..(...)))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((.........)))).)((...(((((.((..........((((((((.......)))))))..).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....)))))))))))......)))).)....((((((((....)))))).))......................(.(....).)....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((.........)))).)((...(((((.((..........((((((((.......)))))))..).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....)))))))))))......)))).((.(.((((((((....)))))).))).)).....).............((..(...)))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((.........)))).)((...(((((.((..........(.((((((.......))))))...).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((...(((((.....)))))))))))......)))))((.(.((((((((....)))))).))).))...................((..(...)))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..(((((((((.....)))))))))..))).(((((((...((....((((...............(((((((.....))))))).((((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))..)).((((((.(((..(((...((..((((((......((.....))...))))))..))...))))))...((((((((....)))))).)).....)))))).....))))))).)).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.........(((([[[..))))(((((((...(((((((.....))))))).......(((((..............(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).).))))).....(((((((((..((((......(((..............)))))))..))).))))))..)))))))..((((((((....)))))).))...........]]].............)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((((((((...(((((((.....)))))))..........................(((((((.....)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..)))))))...))))))))))).((((((.....((((((..................))))))...(((((..........((((((....))))))......................))))).....)))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((.........)))).................................................((......((...............))..((....(....)....))...........).).....)))....................................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((.........))))..((....((((.............................................((((((.......))))))..(((((.(....).)))))....))))...)))))))))))...((((................((((.....))))..(((..)))...))))......((((((((....)))))).))...........................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..(((((((((.....)))))))))..))).(((((((...((....((((...............(((((((.....))))))).((((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))..)).((((((.(((..(((...((..((((((......((.....))...))))))..))...))))))...((((((((....)))))).)).....)))))).....))))))).)).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((..((((((..(((......((((((.....))))))((((((.....))))))........((((...............(((((((.....))))))).((((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))...)))...))))))..))....))..(((.(((.........))).))).))).((((((((((........((((((((....)))))).))...(((.....))).....))))...))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..(((((((((.....)))))))))..))).(((((((...((....((((...............(((((((.....))))))).((((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))...))((((((.(((..(((...((..((((((......((.....))...))))))..))...))))))...((((((((....)))))).)).....)))))).....))))))).)).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((..(((((((.(..((((((((((((((........))))))))((((......))))...(........)..))))))((.(((((((((.(...)))(((........)))((..))((((((((((((((((...).)))))).)).))).))))((....)).)))))))))(.((((((((((....).))).)).)))).)))))).)))(((((.(((...((((((((..))))))).)..))))))))((.((......)))).).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................(.........................(...)...........................((.....((.............)).))..............................................((...((((.(((....)))))))....)).....)..........................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................(((.(..........)..)).)......((...(..(...(.......(............(........................................)...)..)....(........((.(...).)).........).................(....).................)..)..)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..((((((((((...))))))))))..))).(((((((.........((((...............(((((((.....)))))))..(((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))).)))).....((((((..((..(((.((((..((((((......((.....))...))))))..)).)))))))....((((((((....)))))).)).....)))))).....))))))).)).)))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((..(((......(((((((...)))))))((((((.....))))))........((((...............(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))...)))...))))))..(((.((....((((((......((.....))...)))))).....))))).((...((((((((....)))))).))..))........................))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..((..(((((.....)))))..))..))).(((((((...((....((((...............(((((((.....)))))))..(((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))))).))))..)).((((((.(((..(((...((..((((((......((.....))...))))))..))...))))))...((((((((....)))))).)).....)))))).....))))))).)).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((...((((....((((((.....)))))).(((((.....))))).........))))...............(((((((.....))))))).(((((.....((((((.......))))))....(((((....))))).))))).............))))))..(((((.....((((((......((.....))...)))))).((((....))))...((((.(((....)))))))...............................)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((..aaaaa...)))).((((((.(((.....)))..(((((((.....))))))).......(((((..............((((((({{{..)))))))...........((((((....}}})))))).((((((((....)))).)))).)))))....))))))AAAAA.(((.((.....bbbbbb............))))).BBBBBB[[[[.[[((((.....<<<<..)))).((((>>>>))))...............)))....]]]]]]......

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