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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAACAACGGUGCCGGGUAACGCCCGGCGGCUCCUGCCUCGGCCGGAGUUAGGGAAAGUGCCACAGAAAGCAUACCGCCUGCCUUUGGGCGGGUAAGGGCGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCCGGUAACGGUCGCGGCACGGUAAACCCCACCGGGUGCAAGACCGAAUAGGGGCGGCAUAUGGGCCUGUUCCGGCUCGUCGCCCGGGUUGGUCGCUUGAGGCGAAGGGCAACCUUCGUCCUAGAGGAAUGGUCGCCGAUCCCCUUUUAAGGGGUGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[[.((((((((((.....)))))((((((((((....))))))))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((....(((((.]]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.((.........((((((((((.....))))))(((....))).............(((....(((.............(((((((((....)))))))...))......((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))........))))))))).))..((((......(..((((....(((((......)))))))))..).....))))......((((((((....)))))))).................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......))))........(((((((......((((((((....((((..((((.....(((....((((............(((((((((....)))))))..))((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))..))))..)))..))))..((..((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...))))))))...(((((((((....)))))).))).))))...))))))))..(((((....)))))........)))))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..............(((.........((((((((((.....))))).((((..............))))........................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))..............((((((......................))))))...............((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((.........((((.(((((.....))))).((((..............))))........................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))...(((......((((((......................)))))).....))).......((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......))..........(((((((...))))))).(((((.((....)).))))).........(((........)))....(((((((....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........................((((......(((((((....(((((......)))))))))))).....)))).(((.(((((((((....)))))))).).)))..............(((((....))))).................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.((.............(((((((...)))))))(((................)))........(((.............((((((((......))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))...............)).))..((((......(((((((.......(........)...))))))).....))))......((((((((....)))))))).................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((.........((((((((((.....)))))(((((((..........)))))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))).)...((((......(((((((....(((((......)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))....................((((......)))).........)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.................(((((((...)))))))((((((.((....)).)))))).......((((........)))).(((((((((....)))))))..))((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........((((....))))....((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))))).).)))........))....(((((....))))).........))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........(((((.........(((((((((((...)))))).((((..............)))).........................(((((((((..))))))))..)((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)).))))))))))..((((......((((((......(((........)))..)))))).....))))......((((((((....))))))))....................((((......))))..........)).).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....[[[...))).........]]].(((((((...)))))))...(((((.(((.[[[.))).)))))...((((........))))...(((((((....)))))))...]]]....(((((((((........)))))(((((((....))))))).[[[[.....))))......]]]]..((((((....(((((((....(((((.[[[[[))))))))))))...)))))).....(((((((((....)))))).)))...]]]]](((.[[[[)))((((.....))))...........]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.....((......)).((((((((...))))))))((((.((((.((.((((((.((((....((((........))))....)))).)))))).)))))).)))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))(((((((.......)))..))))..((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))......((......(((((....)))))......)).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(([[.......)).........((((((.....)))))).............................(((((..............(((((((....)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).....................((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...))))))......((((((((....))))))))....................(((((....)))))..........]]...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........(((((((((((...)))))))....((((..........)))).........(((...........(((((((((......))))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((....((.(((....).)))))))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................((((..........))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........(((((((((((...)))))))((((..............)))).(((...((((.........(...((((((((......))))))..))........(((((.(...).))))).).(((((((....))))))).)))).......))))))))))))...((((.((..(((((((.....((((.(...))))).)))))))..))))))..((((.((((((((....)))))))).).))).............(((((......)))..))............... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((......))..(((((((...))))))).(((((.((....)).)))))........((((........))))...(((((((....)))))))...(((((...((((((.......)))))).((((((((....))))))))(((((((.......)))..))))..((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))......)))))...(((((....)))))......)).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((....(((((((.....(((((((...)))))))((((((((((((..((((.....(((....(((........)))((((((((((((..)))))))...[[[[[[...((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))..)))..))))...............))))))).....)))))))))))))))))]]]]]](((((.((((.....((((((((....))))))))................))))((((((..)))))).......)))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................(((((((.....)))))))..(((.((....)).)))...........................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......))))...((..((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...))))))))....((((((((....))))))))(((......)))....((..(((((....))))))).......)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.........((((((((((.....))))).((((..............))))........................(((((((........)))))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).............))))))))))..((((..((..((((((......................))))))..)).))))......((((((((....))))))))........................................(....)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..............)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....(((((......))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..............)))).)((...((((.((..........(((((((((....)))))))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((((......))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............)(..................).(.(....).).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((..............)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((......))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..............)))).)((...(((((((..........(((((((((....)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((((......))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............)(..................).(.(....).).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((..............)))).)((...((((.((..........((.((((((....))))))...)))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.....(((((......))))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............)(..................).(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..........((((((((.....(((((((.((((((.((....)).)))))).(((....((((.......((.....(((((((....)))))))....)).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).)))))))...((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...))).)))))..(((((....)))))......)).)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................((((((((...))))))))(((((..........)))))........((((........))))...(((((((....)))))))...(((((...((((((.(....))))))).((((((((....))))))))(((((((.......)))..))))..((((((.(..(((((((....(((((......))))))))))))..))))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))......))))).(.(((((....))))))........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......))))........(((((((......((((((((....((((.................((((........))))...(((((((....)))))))..((((((...((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((..((((....)))).....)))).....(((((((...((((.....))))....))))))).......))))))..((((((((....))))))))...))))...))))))))..(((((....)))))........)))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((..............))))..............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..............................................................(((...((....))...)))................)................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....(((..(((((.........((((((((((.....))))).((((..............))))..........................(((((((....)))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))))............((((((......................)))))))))............((((((((....))))))))))..............).......................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..........((((((((.....(((((((.((((((.((....)).)))))).(((....((((.......((.....(((((((....)))))))....)).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).)))))))...((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...))).)))))..(((((....)))))......)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((((.......))))....((((((((.....(((((((.((((((.((....)).)))))).(((...(((((.......((.....(((((((....)))))))....)).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))......)))..)))))))...((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...))).)))))......)))).((((((.......))))..)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((((((..((((((((((.....))))))(((....)))...))))..))).(((...(((((.......((...(((((((((....)))))))..)).(....)((((((.......))))))))(((((((....))))))))))))(.....)))).)))(((((..((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).))).....).))))...(((((....)))))......)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..)))..(((((((..((((..(.((((..((((((..((..))..)))))))))))(((((((....((.((.((((((((......)))).)))))).))...((((((((((..)).)))))).))(((((((..))))))).)))))))...)))))))))))((.(...(((...)))....))).......((((((((((..))))..((((...(((.((((.(((((((((..))))))).)).)))))))....).)))..((((((..)))))).))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................(.......)..................(....(((..................)))...).................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(((((...................(.(...).)...............(...).....(.).............................................................................(((..((((((((....))))))))...)))...)).))..).....((........)).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..........((((((((.....(((((((.((((((.((....)).)))))).(((....((((.......((.....(((((((....)))))))....)).....((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))))...))).)))))))...((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...))).)))))..(((((....)))))......)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((.(((.........(((((((...))))))).(((((.((....)).)))))..(((....((((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))).))..((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))..............(((((....)))))..........))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..........(((((((......(((((((..(((((.((....)).)))))..(((...(((((.......((.....(((((((....)))))))....)).....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))......)))..)))))))...((((((....(((((((....(((((......))))))))))))...)))))).((..(((((((((....)))))).)))..))....)).)))))..(((((....)))))......)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......))))........((((((.....)))))).(((((.((....)).)))))..((((..((((........))))...(((((((....)))))))..((((((...((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((..((((....)))).....))))....((((((((......)).))))))......)))))).(((.....)))...((((((((....))).(((((....)).))).)))))..))))........((((.......))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
