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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGACAGGGUGGUCGGUAACGCCGACCGGCCGCAAGGCUCGGGAAAGUGCAACAGAAAGAUACCGCCUCCGCGGCUCGUCCGCGCGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCCGGCGGGGUGACCCGUCGGCUCGGCAAACCCCACCCGGAGCAAGGCCAAACAGAGAGGAGCCGCGCAGCGCAAGCUGCGCGGCGCGGACCGGUCCGGCCCGCCAUUACUCUCGGGUAGGUUGCUGGAGGCGGCGAGCAAUCGUCGUCCUAGAGAAAUGACCAUCGCCGGCCCCAGGGGCCCGGCACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..(((((.....))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).)))..)))))))))))))...((((.....(((((..((((((((((....))))))))))(((((((.]]]]))))))).....))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((...)))).))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((((((..((((.((((.....((((((.....)))))).(((((.((((..((....................))))))..)))))..))))..))))...((((....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).......))))..))))))...(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.(((((((((.((((((((....)))))))))))).....)))))...((((((((...))).))))).....)))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....)))).........((...........((((((..((.........))...)))...))).....((((((.......))))))..(.((((((....)))))))))...........)))))..................................................(.((.....)).).................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((((..........)))).(((((((.(((...(((((((((((((..((((........(((..........((((((....((((.....)))))))))).(((((...(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))...........)))))...))).))))............((((((((((....)))))))))))))).)))))).)))..)))))))))).(((((.(((((((((.((((((((....)))))))))))).....)))))...((((((((...))))).))).....))))).))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................(((((.....)))))............................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((.((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))............)))))))))............((((((................................................))))))...............((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((.((((((.....)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))............))))))))))..((((.....((((((.................................((.......))....)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...((((.....(((((((...)))))))((((((.((((..((....................))))))..)))))).)))).................(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).(((((.(((..((((................(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....))))))))).))))))))..((((((((....))))))))...........................)))))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((............(((((((...)))))))((((....)))).........................(((.(..............).)))...........((((((.......))))))(((..(((((....))))).).))...............))))...((((.....((((.............................((.((.....)).))........)))).....))))....(.((((((((....)))))))))..................(..............)........))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((............(((((..(((((.....))))).)))..))......(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))...))..)))))))))))))...((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.((.....)).)))).....))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((.((....)).)))))......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((.((((.(...(((((((...)))))))((((((.((((..((....................))))))..)))))))))))..))((....((.....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).(((((.(((..((((................(((((..((((((((((....))))))))))((((((())))).....)).....))))))))).))))))))(.((((((((....)))))))))...........))....)).......))))))))).))............. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........................(((((..........)....))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))).)))))))((..((((.....(((((..(((((..............)))).................).......))))).....))))))....((((((((....))))))))...................(((.......(.))))........)))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................((...((((((.......)))))))..)((......((((((.......))))))...(((((((....)))))))..........)).)))))))))(..((((......((((..((......(...............(((..((.....))..)))).)).))))......))))).....((((((((....))))))))...................((((........))))........)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]..((((....[[[.))))..((((((....))).))).....]]]..........((((((.[[[((((.....)))))))))).(((((...(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))...........)))))]]]...(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...((((((((...))).))))).....))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..((.((((((((...)))))))).)).....((((((((.((((...........((((((....((((.....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..((....)).))))).........((.........)).((((((((((....))))))))))((((.(((...))).))))))))..)))))))).(((((((((.((((((((....)))))))))))).....)))))...((((((((...))).)))))......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........(((((((((((...))))))).((......))..........(((..........(((((((.((...........))))))..)).)......(((((.......)))))....((.((((....)))).))....))).......))))))))....(((..((..(((((((.............(((.............((...)).....))).)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))..............................................).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........((((.((((((...)))))).((((....)))).........(((.........((((((((((.(((.....)))))))))...)))).....(((((.(...).)))))..(.(((((((....))))))).)..))).......)))))))))...(((..((.((((.((........................(((.............)))..))..))))..)).)))...(((.((((((((....)))))))))..)).......(((((.((.)))))).)...............)))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..(.....)...((.((((((((...)))))))).)).....(((((((...................((((....((((.....))))))))....((......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))........))...))).))))...........(.(((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....))).).(((......((((.((((((((....)))))))))))).......)))...((((((((...)))).))))......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..[[[[[[..))))...(((((((((.......))))))))).((((.((((...((((..........(((((....(((((.....))))))))))..(((((..(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))(((((((((((....]]]]]]...........(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))))))...))))))).((((((((....))))))))...............)))))(((((...)))))..))))....)))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((.............((((((((((.(......))))))...)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...)))...))).))))))))..((((.....(((((..(((((((.(((((...))))).)))))).................)..))))).....))))...((.((((((((....))))))))))...............((((((((...)))).)))).......))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((...((........(((((.(((((.......))))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((..((.((((((................................((((.....))))...))))))..)).)))).((...((((((((....))))))))..))............).....................(.(...)..).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((.((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))))..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((...............................(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((...((........(((((.(((((.......))))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((...(.((((((................................((((.....))))...))))))..)..)))).((...((((((((....))))))))..))............).....................(.(...)..).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((...((........(((((.(((((.......))))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((.....((((((................................((((.....))))...)))))).....)))).(....((((((((....))))))))...)............).....................(.(...)..).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((.....((((((.....)))))).(((((.((((..((....................))))))..)))))..))))..))))...((((....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).......))))..))))))...(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...((((((((...))))).))).....))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...............((((((((...))))))))........((((....................((((((....((((.....)))))))))).(((.....(((((((.(....))))))))(((((((((....)))))))))........)))......))))...........(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....))))).(((......((((.((((((((....)))))))))))).......)))...((((((((...)))).))))......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((...(((((((((.......)))))))))..((((((((........................)))).)))).))))..))))...((((......((((.......))))...((((((((((....))))))))))......))))..))))))...(((((.....(((((..((((((((((....)))))))))).((((....))))...........))))).....(((((((((.((((((((....)))))))))))).....)))))......(((((...))))).............))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...................................................(((......((...............))..((....((....))....))..........))).....))).......................................................................................(((...((....))...)))................)................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))...................................................((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........))))))))))))))...........((((((................................................)))))))))............((((((((....))))))))................).......................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((.....((((((.....)))))).(((((.((((..((.......(....).......))))))..)))))..))))..))))...((((....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).......))))..))))))...(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...((((((((...))).))))).....))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((..((((.((((.....((((((.....)))))).(((((.((((..((....................))))))..)))))..))))..))))...((((....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).......))))..))))).((((.(((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....))))).)))...)))).....))(((((....))))).)))).(((...........((((((((...))).)))))...........))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((((((.....).((((((..(((...(((((((((((....))).)))....((((.............(((....)))((((..((((((.((.........)).))))))...))))))))..(((((((((....))))))))))))))..)))))))))))))).(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...((((((((...))))).))).....))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((..))))).(((.(.....((((((((((((((...(((((((............))))).))(((((.(.(.((((((..))).))))))))))..((((((((((..)).))))))))(((((((((..)))))))))((((....(.(.((.((((...)))).).)).)...).)))((((((((((..)))))))))).)))).)))))).))..)).((((.(((((((........))).(((((((((....))))))))).)))).))))))))..((((((((..)))..)))))....).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................(.....).............................................................(....).........(..)................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................(...........((.....(.........)...(((....))).....(.........................................(((((..(....)..)))))....).......))..)..(((..............))).......((((((((....))))))))..................((..........................)).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((.....(((((((...))))))).(((((.((((..((....................))))))..)))))..))))..))))...((((....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).......))))..))))))...(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.(((((((((.((((((((....)))))))))))).....)))))...((((((((...)))).)))).....))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((..((...(((.(((((((...))))))).(((....))).........(((..........((((....(((((.........)))))....))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...)))..)))..))))))))..((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....))))).....)))).((((.((((((((....)))))))))))).............((((((((...)))).)))).......)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((.....((((((.....)))))).(((((.((((..((....................))))))..)))))..))))..))))...((((....(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).......))))..))))))...(((((.....(((((..((((((((((....))))))))))((((.(((...))).)))).....)))))((((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...((((((((...))).))))).....))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((........)))).(((.....))).((((((....))).)))..................((((((....((((.....)))))))))).((((.....((((((.......)))))).(((((((((....))))))))).......))))..))))))....((((.....(((((....(((((.......)).))).((((.((.((.....))))))))....))))).(((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...(((((((.....))).)))).....))).)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..[[[[....)))).(((.((((((.....)))))).(((....))).((((.................((((((....((((.....)))))))))).((((.....((((((.......)))))).(((((((((....))))))))).......))))..))))]]]]..................((((((((((....)))))))))).((((....)))).)))...........(((((.((((.((((.((((((((....))))))))))))......))))...(((((((.....)).))))).....)))))..... |
