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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGAUGCCAGUUAACGGCUGGGUGCUAUACGUCGCAAGACCAAGGCAACGGACAGUGCAACAGAGAACAGACCGCCGAUGGCUUUGGGCUGUGCCGCUGCUUGCAGCGGAAAAGUCCCUUUAGCAGAGCGAUGAUCGUUUCGACGGCCAGCGUUUUGCGGGGGGCGAGGCCCAAAGAUCAGGUAAGGGUGAAACGGCGAGGUAAGAGCUCACCGCGCUGGCGGUAACGUUCAGCGGCACGGUGAACCCCAUCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGAAGCAUUAGGCGUGGCCCGCGCUGCUUCCGGGUAGGUUGCUUGAGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGGGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................................................................................(((((((.......)))))))............................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((.................))))........................(((((..((((((..........................................................................................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((.................))))..........................(((..((((((..........................................................................................)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))))))...((((...(..((((((...................)))))).)...))))......((((((((....)))))))).................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).(((((.....)))))(((((....(((....)))...)))......(.((..........)).).(((((..((((((((((((.(.((((((....))))))....(((((((..((((((((.((.((((....)))).)).)))))))))))))))).))))))))).))))))..))......(((((.((.....(.((((((((((((((....))).)))))...)))))).).....)).((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).)...........)))))..((((....))))........))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((.(((...(.........................................)))).........................(((((((...((((...))))))..((((......))))............................(((.........................................)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................(((((........(.......)....)))))...............((((((((....))))))))..............................(....).))))...)))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........((((((.....................................................................................(((...(.(((....))).............................................(((..........................)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).....))))...((((......((((((.......(.......)...)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))........)..)))))........................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[[...))).............(((((.....))))).((((....(((....)))...)))).]]]]].((((......((((..(((((((((..(((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.....(((....))).....)))))))).))))))..)))))))))))).......((((...(((.(((.......))).)))))))))))))...))))....))))(((..[[[[.............)))......(((((((....(((((...))))))))))))]]]]..(((.(((..((((((((....))))))))...)))........[[[[..((((....))))..)))......]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((..((((..((.((..(....(....................))))..............((((........(.................((...(((...))))))..((((....))))...............................(..(...)).......................................(((((.....(((((.(...).)))))..((((((((....)))).)))).............)))))))))....(((......(((((......(((((...)))))..))))).....)))..((((.((((((((....)))))))))..)))....))))))..((((((....))))))..........))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.....((((...)))).(((..(((.((((.(((.(((.((((...(((...(((.(.....))))...............(((..((((((((((((...((((((....))))))....(((((((..((((((((.((.((((....)))).)).)))))))))))))))..))))))))).))))))...)))......)))).)))..)))((((((((((((((....))).)))))...))))))..)))).))).)))............(((((((....(((((...)))))))))))).((((((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..)))))...((((....))))......)).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.....(((((....(((((.....))))).......................(((.(.....))))..............(((.....(((..(((((...((((((....))))))...)).)))...)))...)))......................((((((..(((......))).........)))))).......((.(((.......))).)).((((((((....))).)))))....((..........)).((((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............)))))...((((......))))....)).)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((.................)))).)((...(((((.((.........(((((..((((..............................................................................................)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)................................(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((.................)))).)((...(((((.((.........(((((..((((..............................................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((.................)))).)((...(((((.((.........(((((..((((..............................................................................................)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..........................(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((.................)))).)((...(((((.((.........(((((..((((..............................................................................................)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))...................................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...((((..((((....)))).)))).)).......((((((((.((....(((....)))....((..((((..((((......((((..((((((..((((((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.((..(((....)))..)).)))))))).))))))..))))))))).)))......((((...(((.(((.......))).)))))))))))))...))))....))))((....))...))))..))....((......((((((....((((((...)))))))))))).((((((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..)))))...((((....))))))...)).)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........((((...)))).(((..(((.((((((((.(((.((((...(((...(((.(.....))))...............(((..((((((((((((...((((((....))))))....(((((((..((((((((....((((....))))....)))))))))))))))..))))))))).))))))...)))......)))).)))..)))((((((((((((((....))).)))))...))))))).)))).))).)))............(((((((....(((((...)))))))))))).((((((((.(((.(((((((((....)))))))).).))).)))..)))))...((((....)))).........)))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((.................))))..........................................................................................................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...))).................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....(((((.((((.........(((((((((.....))))).((((.................)))).........................)))).............................................................................................................(((((....((((((.......)))))).(((..(((....)))...))).............))))))))).....))......((((((...................)))))))))............((((((((....)))))))))).......)............................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...((((..((((....)))).)))).)).......((((((((.((....(((....)))....((..((((..((((..(...((((..((((((..((((((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.((..(((....)))..)).)))))))).))))))..))))))))).)))......((((...(((.(((.......))).)))))))))))))...)))).)..))))((....))...))))..))....((......(((((((....(((((...)))))))))))).((((((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..)))))...((((....))))))...)).)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((..((((....)))).))))(((.(((.((..(((..((((....(((....)))...)))).)))...))..)))...((((..((((((..((((((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.((..(((....)))..)).)))))))).))))))..))))))))).)))......((((...(((.(((.......))).)))))))))))))...))))...)))..((....)).(((((.((((((.(((......(((((((....(((((...)))))))))))).)))...))))))..((((((((....)))))))).....)).))).)).(((..((((....))))((.......))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...((((..((((....)))).)))).)).......((((((((.((....(((....)))...(((((.((...((((..(...((((..((((((..((((((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.((..(((....)))..)).)))))))).))))))..))))))))).)))......((((...(((.(((.......))).)))))))))))))...)))).)..))))((....)))).(((.((((((.(((......((((((....((((((...)))))))))))).)))...))))))..((((((((....)))))))).....)))....)))))...((((....)))).....)).)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........))).(((((((...)))))))(((.....((((..))))((((.((.((((((((.(..(((((.((((.......))))))))))))))).)))((((..))))(..)...((((((((.(((((((((((..(((....)))..))))))))))))))))).)).((((.((........))))))((.(.((..((((..))))(((((((((((((((..)))).)))))...)))))).)).).))(((...)))(((.((..((((((((((.............))))))))))..)))))))))))((((((((....)..)))))))....((((...)).)).(((((((..)))))))).)).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(..................)............................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................(((.((..(((((((....................))))).(.......)................(.((.((.....)).))....(...)..(.......(....((............((......(.(.........)..)...)).....))......((..(.........)..))....)....).).(((((...))))).................((...((((((((....))))))))..)).....)))).)))....................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((......))).)))..)).......((((((((.((....(((....)))...((((.......((((..(...((((..((((((..((((((((((((...((((((....))))))....(((((((..((((((((.((..(((....)))..)).)))))))))))))))..))))))))).))).......(((...(((.(((.......))).)))))).))))))...)))).)..))))............((.((((...(((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))).))))..((((((((....)))))))).....))......))))...((((....)))).....)).)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........(((.(....(((((.....)))))..((.....(((....)))....))....(...................((((((.....(((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.....((......)).....)))))))).))))))..)))))))))....)))...)))....(((.(((.......))).)))((((((((....))).)))))................)).((((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..............)))...((((....)))).........)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((...(((((......(((.((((((((....(((....)))...))))....((.((((......((((..((((((..((((((((((((...((((((....))))))....((((((...((((((((.((..(((....)))..)).)))))))).))))))..))))))))).)))......((((...(((.(((.......))).)))))))))))))...))))....)))).))....)))).)))..((....((.....))...))....))))).))))...(((.((((.((((((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..)))))...((((....)))))))))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.((((....))))......(((((.....))))).((((.................)))).)))))...................(((((..(((.....)))...((((((....))))))....((((((......(((((.....))))).((((.....)))).....))))))...((((.............))))....)))))........((((....((((((((....))).)))))....((((.....))))..))))............(((((((....((((.....))))))))))).(((.....)))...((((((((....))))))))..............((((..((((......)))).........))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.((((....))))......(((((.....))))).((((.................)))).)))))....................(((.(((((..{{{))))).((((((....)))))).(((.[[[.)))....(((((.....))))).((((.]]].))))((((.....)))).((((.............))))....((((((.......((((....((((((((....))).)))))....((((.....))))..))))............((((((....(((((.....))))))))))).(((.....)))...((((((((....))))))))............))))))..((((....))))}}}.........)))... |
