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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGCAGUGUGGUUCCUAACGGGAACCGGGAGUAAUCCCAGGGAAAGUGCCACAGAAAACAUACCGCCGCAAGGAAGGCGACUUCGUUGCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCUUCUCUGGUGACAGGGAAGGCAGGGUAAACCCCACACGGAGCAAGAUCAAAUAAGGAGGCCCCAAAGCGGCCCGCUUUGCUUCCGGAAACGGAAGCGGGCUUCCGGGUAGAUCGCCAGAGGAGCCUGGCGACAGGCUUCCCAGAGGAAUGGCCAUCCGUUCGUUAGCAACCUUACGGCUACUAAUGGAUGUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((.]]]]))))((((((((....))))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((((((....))))))))))))))).......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((....(((.(((.((((((.....)))))).(((....)))..(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))..))))...))).))).......((((..((..((((((((.((((((...))))))(((((((....)))))))))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).....))).((..((((((((.((.(((.........))))).))))))))..))...))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((.....))))))((((....))))..........................(((..........(((.....))).)))..(.(((....((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).............))).).................((((((....((((.....)))).)))))).......................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..(((...((((((((((...)))).((((((....)))).))......))))))....((...((((((((..((((....))))..))))))..)).((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))..))....)))...))))))....((......((((((((.((((((...))))))(((((((....)))))))))))))))..(((..(((((((......)))))))..(((((((....)))..)))).((((((...((((.........))))..))))))..))).))..)))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((....))))...((((....))))..........................((((((((((((....)))))))))))).............................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((..........)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))...(((......((((((......................................)))))).....))).......((((((((....))))))))................).................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((..((.....(((((((((...)))))))((((....))))............))......(((.(((((((((.((((....)))).)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))............))...))))))..((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).....))))(((((.((((((((....)))))))).).......))))((((((((.((.(((...(....)))))).))))))))........)))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((............(((((((...)))))))((((....))))........................(((((((..................)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..................)))))..((((......(((((.......((.....))........................))))).....))))......((((((((....))))))))................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((.((((....)))).)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((((((.....))))))((((((....)))))).)))))))).....))))......((((((((....))))))))...........(.((((((((.(.((((.........))))).))))))))..)....)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((...((((((((((...)))))))((((....)))).((.......))))).....(((.(((((((((.((((....)))).)))))))..)))))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...(....))))...))))))..((((..((..((((((((.(((((((.)))))))(((((((....)))))))))))))))..)).))))(((((.((((((((....)))))))).).......))))((((((((.((.(((...(....)))))).))))))))........))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((.....(........(...........).)...................((((...(...))))....((((....................))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).................).................(((((........................................)))))...............((((((((....))))))))..........))))).)............................................)))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............(((((((((.(...........))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((......((((((....................((((......))))....)))))).....))))......((((((((....)))))))).......................................................(.......)... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.......[[[))))..]]](((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))...........((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).....))))(((...((((((((....))))))))(((......))).((((((((...((((.........))))..))))))))..........)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((.....)))...)))))...((((......((((((((..(((((...))))).(((((((....))))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......))).((((((((.((.(((.........))))).)))))))).......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...........((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((.((((....)))).)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).................))))))..((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).............((((((((...((((.........))))..))))))))........))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........(((((((((((...))))))).((......))..........(((...........((((((((((..............)))))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))).......)))))))))...(((......(((((((...(((((...)).................))..).)))))....)).))).....(.((((((((....))))))))).................((((............))).............)..........)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............((((........((((.((((((...)))))).((((....))))..((....((((...........((((((((((.((((....)))).)))))))...)))......(((((.(...).))))).(((((((((....))))))))..).))))...)).))))))))..((.((......(((((((...(((((...)))))....................)))))))((((......((((.((((((((....)))))))))..))).................((.)).))......))........))))..........)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((......(((((((...)))))))((((....))))..........))..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((.....)))...)))))...((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......))).((((((((.(.((((.........))))).)))))))).......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((...((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((..))))....))))))..((((......(((((((((((((((...)))))))((((((....)))))).)))))))).....))))((((..((((((((....)))))))).........))))((((((((...((((.........))))..))))))))........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((............((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((.((((....)))).)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((.....)))....))))...((((......((((((((................(((((((....))))))))))))))).....)))).((...((((((((....))))).)))....))......((((((((.((.(((.........))))).)))))))).......)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(..((((((...................(((((......)))))...))))))..)..))))....(.((((((((....)))))))))...............).....................................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...................(((((......)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)...................................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(..((((((...................(((((......)))))...))))))..)..))))....(.((((((((....)))))))))...............).....................................((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((...................(((((......)))))...)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............).....................................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((.(((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))).......((((..((..((((((((.((((((...))))))(((((((....)))))))))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).....))).((..((((((((.((.(((.........))))).))))))))..))...)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.(....)))))))(((((((((....)))))))).).(((.....)))...)))))...((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).[[[.))))]]]...((((((((....))))))))(((......))).((((((((.(.((((.........))))).)))))))).......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((...((((......((((....))))...((((....))))........))))..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))).........))))))............(((((((........(((((.((((((((((....))))))))))....)))))...(((((((......)))))))..)))))))............((((((((...((((.........))))..))))))))..........))))). |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....(((..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................................................((((.....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).........))))))))))))))............((((((......................................)))))))))............((((((((....))))))))))..............)......................................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((.(((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))).......((((..((..((((((((.((((((...))))))(((((((....)))))))))))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).)...))).((..((((((((.((.(((.........))))).))))))))..))...)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.(..(((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))))...))))))).......((((..((..((((((((.((((((...))))))(((((((....)))))))))))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).).).))).((..((((((((.(.((((.........))))).))))))))..))...)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((((........))))((((....(((((((((((....)))).)).((...(.((((((((((((.(((((((((..(........)..)))))))..)))))))))((((((((..)).))))))(((((((((((....(((((........)).)))....(..)....((((.((.(((((((((((((((((...)))))))(((((((..))))))).)))))))))).))))))))))))))))))))).).)..)))))))...))))((..((((((...(.((((........).))))...))))))..)).).)))))))). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................((.....)).......(.(....).)................(.(....).).(.(......).)...................................(((.......)))............(........(.(................(.....).....).)........)...(......................)....((.((..............)).))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((.((((((((((.....))))))((((....))))........((((...........((((((((((.((((....)))).)))))))...))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))))......)))).......((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)...))).((..((((((((.(.((((.........))))).))))))))..))...)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))...))))))..((((......((((((((.((((((...))))))(((((((....))))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......))).((((((((.(.((((.........))))).))))))))........))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((.(((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..........(((((((((((.((((....)))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))).......((((..((..((((((((.((((((...))))))(((((((....)))))))))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).....))).((..((((((((.((.(((.........))))).))))))))..))...)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))..(((((((((....)))....((((....)))).........))))))...........((((((..((((....))))..))))))..((((.....((((((.......))))))....(((((.............)))))...))))....))))..............(((((((...((((.....)))).(((((((....))))))).)))))))((((.....((((.....(((((....))))).(((....))).)))).((((((..((.(((.........)))))..)))))).......))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..aaaaaa..))))..(((((((((....)))....((((....)))).........))))))...........((((((..((((....))))..))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))....AAAAAA............(((((((...bbbb)))).BBBB.(((((((....))))))).[[[[))).(((...(((((((...{{{)))))))...}}}(((....))).(((....)))<<<<<<<<..))).((((....>>>>>>>>))))........]]]].. |
