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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAAGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCGAGCCCACGGACAGUGCAACAGAAAGCAAACCGCCUAUGUCACGGCUCGUGCAAACGGGUCGCGGCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCCGGUGGCAACAUUCGGCGGCACGGCAAACCCCACCUGGAGCAAGACCAAAUAGGGAAGCGCGCGGACCUUCGGGUCCGUUCCUGCUGCCCGCAGGGGCUUCCGGGUAGGUCGCUCGAGGCGCACGGCUGUCGUGCGUCCCAGAUGGAUGGUUGUCCUCGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((((((((....))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((((....)))))))((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((.....))))))))...........................)))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))..((....(((.............((((((..............................))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))........))......((((..((((......((((((.....................................)))))).....))))))))..((((((((.....)))))))).................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((...(((((((.(((((.(((..(((((...)))))...)))..((((...(((.((..........(((((..(((..((((((((....))))))))..))))))..)).......((((((((........)))))))).)).)))...))))..)))))........(((((..((((..((((......((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).)))))).....))))))))..(((((((((...)))))))))......)).)))))))))).....)).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))........................................................................................((((((.......)))))).................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((..................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((.....................................))))))...............((((((((.....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((..(((((....................))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..............)))))))))...(((......((((((......................((((.....))))..)))))).....))).......((((((((.....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.((...((((((.....((((((...)))))).((((....))))........................(((((..((((.((((((((....)))))))).)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))............(((.(((((((..((((......((((((..(((((((....)))))))((((((.....)))))))))))).....))))))))..(((((((((...))))))))).))).))).....)))))).....)).))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......(((((.....((((((...)))))).((((....))))........(((...............(((...((........................)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))................((((..((((......((((((.....................(((((.....))))).)))))).....))))))))..((((((((.....)))))))).............))))).........)))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..((((.((((((((....)))))))).)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)).)))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((((....)))))))((((((.....)))))))))))).....))))......(((((((((...)))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...(((((((....((((((...)))))).((((....))))........(((........)))..(((((..((((.((((((((....)))))))).)))))))..))((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))((((.(((((((..((((..((..((((((..(((((((....)))))))((((((.....))))))))))))..)).))))))))..((((((((((.)))))))))).))).)))..).))))))).....)).)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...(..........................).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................((((((.....................................))))))...............((.((((((...)))))).))................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((........(((.........))).........)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...(..................((((.....)))).))))))).....))))......((((((((.....))))))))...............((...))......))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]..(((.((((((...)))))).((((....))))..((((.((((..............(((((.((((.((((((((....)))))))).)))).....)))))....((((((.......))))))..(((((.........))))).))))....(((((((.(((((((..((((......((((((..(((((((....)))))))((((((.....)))))))))))).....))))))))..(((((((((...))))))))).))).)))..))))))))........)))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...(((((.(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))(((..(((.((((((((....)))))))).))))))...((((.....((((((.......))))))..((((((.((........)).)).))))..))))))))).((((..((((......((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).)))))).....))))))))..((((((((.....))))))))(((......)))..))))).....)).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((......(((((((....(((((.....))))).((((....))))........(((........)))....(((..((((.((((((((....)))))))).)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).(((((((..((...(((.((((..((((......((((((..(((((((....)))))))((((((.....)))))))))))).....)))))))).)))[[...)).)))))))]]..............)))))))........)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............((((........(((((((((((...)))))))(((......)))..........((...........(((((.....((((.(..............).))))...))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))........))))))))....(((......((((((.....((...(..............((...)))))..))))....)).))).....(.(((((.((.....)).)))))).............................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))........(((.............((((((((.....((((..........))))...))))))..)).......((((((.(...).))))))..(((((((....))).)))).)))................((((..((((((.(..(((((((.(((((........)))))...((((...))))..)))))))..)))))))))))..((((((((.....)))))))).................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.....(((.(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((..((((.((((((((....)))))))).))))))...((((.....((((((.......))))))..((((((.((........)).)).))))..))))))))).((((..((((......((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).)))))).....))))))))..((((((((.....))))))))((........))..))).......)).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((......(((((((....((((((...))))))((((((((........((((((................(((((......((((((((....))))))))...(((((..((((.....((((((.......)))))).((((((.[[[[....)))))).........)))).)))))((((..((((......((((((..((((((((..))))))))((((((]]]].)))))))))))).....)))))))).)))))....)))))).))))))))..........)))))))........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))...............................((((.((((((((....)))))))).)))).....((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))))..((((......((((((..((((......(((.....)))......))))....)))))).....))))......((((((((.....)))))))).((......)).(((((...)))))...))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.............(((((.....))))).((((....)))).............................................................((...((.......((((((.......)))))).(((.((((....))))..)))..........))))....)))))..((((..((..((((((.....................................))))))..)).))))......((((((((.....))))))))...........................(...).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((......................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....................(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((.....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((......................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....................((((((...)))))).))))))..)).)))).)..(.((((((((.....)))))))))......................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((......................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((.....................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((.....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((......................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....................(((((.....))))).))))))..)).)))).)..(.((((((((.....))))))))).......................(..(...))... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((......................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....................((((((...)))))).)))))).....)))).)..(.((((((((.....))))))))).......................(..(...))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))).((((..............(((((.((((.((((((((....)))))))).)))).....)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))....(((((((.(((((((..((((..((..((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).))))))..)).))))))))..((((((((.....)))))))).))).)))..)))).)))))................ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((([[[[[[(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))....((((.((((((((....)))))))).)))).....((((.....((((((.(....)))))))..((((((..............)).))))..))))))))).((((..((((......((((((..(((((((....)))))))((((((.....)))))))))))).....))))))))..(((((((((...)))))))))[[[.)))))]]].]]]]]]........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((.((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).))))).((((.............(((((..((((.((((((((....)))))))).))))..............((((((((........)))))))).............)))))..............((((.............))))...))))(((((((....)))))))))))...((((....))))..((((((..((((.....(((((((((...)))))))))......((((....)))).))))...)))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).............................................................................(((...((.....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((..............................................((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))......))))))))))............((((((....(............)....((((.....))))..)))))))))............((((((((.....))))))))))......................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))).((((..............(((((.((((.((((((((....)))))))).)))).....)))))....((((((.......)))))).((((((((....)).))))))))))....(((((((.(((((((..((((..((..((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).))))))..)).))))))))..((((((((.....)))))))).))).)))..)))).)))))................ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...(((((((.((....(((.....))).))....)))))))((((....)))).......((((..............(((((.((((.((((((((....)))))))).)))).....)))))....((((((.......)))))).((((((((....)).))))))))))....(((((((.(((((((..((((..((..((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).))))))..)).))))))))..((((((((.....)))))))).))).)))..)))).)))).((...........)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))).((((........((....(((((.((((.((((((((....)))))))).)))).....)))))....((((((.......))))))))(((((((....))).)))).))))....(((((((.(((((((..((((..((..((((((..(((((((....)))))))((((((.....))))))))))))..)).))))))))..((((((((.....)))))))).))).)))..)))).)))))................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((...))((((..........)).))(((.(.(((...).))(..(((((((((........))))((((((..((((.((((((((...).))))))).)))))))..))).......((.(......)))((((((...))))).).((((..((((.(((((((((..((.((((((((..((((.((..(((((((..((((((((..)))))))).((((.((..)))))).)))))))..)))))))))))))).).)..)))))))))))))(((..))))))).)))))..)))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................((.(((.....))))).............................(..((.))..)..........................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................(.(...).)........((......))...........................(......).........(..............................)....((...(((..(((.....)))..)))..))................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................((((((...)))))).((((....))))...............................((((.((((((((....)))))))).)))).....(((......((((((.......)))))).(((((.((....))..)))))((((((((.....(.(((.((((..((((...(..((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).))))))..)..)))))))).))).)......))))))))..))).........................)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))..(((((((((((...)))))).((((....))))........(((........))).(((((((..(((.((((((((....)))))))).)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((....)).))))).((((..((((......((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).)))))).....))))))))..((((((((.....))))))))(((......))).((((...))))...)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...(((((((....(((((.....))))).((((....))))..((((.(..(.((((...((.....(((..((((.((((((((....)))))))).)))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)).)))))).........))))..(((.((((..((((..((..((((((..(((((((....))))))).(((((.....))))).))))))..)).)))))))).))).))....)))).)..)))))...........))))))).....)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))......(((((.....))))).((((....))))...((((..((...............))...)))).((((((((....))))))))..(((((...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..((((.............)))).......(((((((....))))))).))))).((((....))))..((((((..((((.....((((((((.....))))))))......((((....)))).))))...)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.((((....)))).[[[[[(((((.....))))).((((....)))).)))))..((((..((...(((...)))]].........))..))))..(((((.(((........((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..((((.............))))....))).((((((....))))))..(((((.{{{{))))).(((...}}}}.)))...((((((.(((((.....))))).(((.....)))....]]]))))))....)))))..... |
