RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00185

RNA: ASE_00185
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCACCAUAGGACAGGGUGGUGGGUAACGCCCACCGGCCGUAAGGUUAGGGAAAGUGCCACAGAAAAUACACCGCCUAAGGGGAGCUGUUAGCGUUUGGCCUUUAGCUCUUAGCCAGACAAUCGUCUGGCUAAUGGCUGACCGCUAAUAGCUAACAGCUUGCCCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGGCGAGGUGACUCGCCUGGCUCGGUAAACCCCGCCCGGUGCAAGACCAAGCGGAGAGCAUGAGCCGGUCCGGCUCGCUACGACUCUCGGGUAGGUCGCUAGAGGCCGCGGGCAACCGUGGUCGUAGAGGAAUGAUCGCCAAAUCGCUUCGGCGGAUACAGAAUCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((..((((((.]]]]))))))......))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((....))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((((((........((.(((((((.....))))))).))....(((..(((....((((..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))).)))))..(.(((((((((((((.(((((((...)))))))....).))))).(((.((((((((..((((((((....)))))))).))).....))))))))....))))).)))...........))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................((((((.....))))))((((....))))............................................................................................(((((....((((...))))......))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((.(((((.........((((((((((...))))))).)))....(((..(((....((((.............(((((..((((((((((((((..(((((..((((((..(((((((((....)))))))))..))))))..)))))..))))))))))).))).....)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))).))).)))))....((((((((((((..(((((((...)))))))......))))).(((.(((((((...((((((((....)))))))).....))..))))))))....))))).)))))))......)))......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................((((....))))...................................................................................................................................((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...(((...............................................................................))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))............((((((.......................))))))...............((((((((....)))))))).................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((...(((...............................................................................))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))...........((((((.......................))))))...............((((((((....)))))))).........................................))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((..............((((((((...))))))))(((....))).......................((((......((((((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)))......))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...........)))))).....((((.....(((((..(((((((...)))))))......))))).....))))......((((((((....))))))))...............((..........))(((((.....))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((............(((((((...)))))))((((....))))........................(((((........................................................................................)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............)))((..((((.....(((((......((.....))..........))))).....))))))....((((((((....)))))))).................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))))..((....))...(((...(((((............(((((...((((((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((....((((.....))))........))))).....))))......((((((((....))))))))....................((((....))))........)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((..............((((((((...))))))))(((....)))..((.......((..........(((((((...((((((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))......)))))))).....((((...(.(((((..((((((((.))))))))......))))).)...)))).(((..((((((((....)))))))).)))...........((..(....)..))(((((.....))))).....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....................((.((((((((...)))))).((((....))))..........................(((........................................................................................)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))).)................((((..(...(((.....))).........)))))...............((((((((....))))))))...........................(.......)....)))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((............((((((......((((....................................................................))))....))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......)))))))))....(((....((((.........(((..)).)........)))).......))).......((((((((....))))))))........................................)))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.[[[[[....))))....((((((((...))))))))(((....)))........]]]]]..........(((((((...((((((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).))))))...))))....(((((.....[[[[)))))..((((((((....))))))))]]]](((.....[[[[..........)))..]]]].((((.[[[[[[[[....))))....(((...)))(((.((((((((..((((((((....)))))))).))).....))))))))...((((....)))).........]]]]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((.((((((((...)))))))).))....(((..(((....((((..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).))))...)))))).)))))..((((.....(((((..(((((((...)))))))......))))).....)))).(((..((((((((....)))))))).)))........(((((..........))))).........))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((([[[.............((((((.....))))))((((....)))).........(((..........((((......((((((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)))......))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))........))))]]]...((((.....((((....((((((...))))))........)))).....))))......((((((((....)))))))).....................(((....)))..................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........((((((((.((.........................................(((((...))))))).((......))..........(((..........((((((.......................((.(..........................)))..)))..)).)......(((((.......)))))..(.((.((((....)))).)))....)))...................(((.....((((((((.....((((.......))))))))))...)).))).....(.(((((.((....)).))))))........)))))))).........................)))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((...(.((..((..((((((...))))))..(((....)))...........)).....................................................................((.....................(......).....))...((((......(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).))......)))).))).)))))...(((...(.((((((.....(((((..(...)))))).))))))..)..))).......((((((((....))))))))....................(((((..))))).................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((((........((.((((((((...)))))))).))....(((..(((....((((..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))..))).))).)))))..((((.....(.(((..(((((((...)))))))......))).).....)))).(((..((((((((....)))))))).))).........((((..........))))..........))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((((..........(((((((((((((((..[[[[[[.)))..............))))..........))))))))......(((((((((((.((((((........((((((((((....)))))))))).)))))).))))))))))).......)))))))....(((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((((((..)))((((]]]]]].........)))).)))).(((((((...)))))))((((((((((.............)))).((((((....))))))))))))........)))))......))))..(((((.....))))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((.....(((..((((((((((...))))))).))).....))).......)))))..........(((((.....((((.(((...)))(((((((............)))))))...(((((.(((...(((((...(((...)))...))))).....)))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........))))...)))))...((((.....(((((..((((((.....))))))......))))).....)))).(((..((((((((....)))))))).)))........(((((.((....)).)))))..........)))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((..((...................................................................................(((((.....))))).(((.(....))))...................................................((...((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........))))..))...................................................................((((((((....))))))))...............)).......................)))))..).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((..mm(..(((....((((((((...))))))))ccccc(.aaaa...((..((ddd(kk......)).ffffff(.jjjjjjjjjjjjjj)))eeeeeeeeeee))((((((((((..gg)))))))))))KKDDD.lllll..)JJJJJJJJJJJJ)))))))C..hhhhh...((((((iii....))))))..(((((((()LL.)))))))))))CCCC...JJF.((((((.bb..bbb(.LLLEE.{{{(.[[[[[[[[[[[.[[[[(<<<<<<<<.)))))).)BBBEEEEEEEEEMM)>>>>AAAABB>>>>]]]].]]]((GGHHHHH...(()]]].FFFFF.III.))))]]]]]}}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(...................................................................................))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(...((((((..(((((.....)))))......))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(...................................................................................))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((..(((((.....)))))......)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).........................(.(....).)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(...................................................................................))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((..(((((.....)))))......))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(...................................................................................))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((..(((((.....)))))......)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).........................(........)....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((.........(((((...(...................................................................................))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..))...)))))))))))))(..((((.....((((((..((((.......))))......)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))...............................(.(....).)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((...(((((........((.(((((((.....))))))).))....(((..(((....((((..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))).)))))..)))...((.....)).[[[[[[[[)))(((...((((((((........))))).))).((((((((....))))))))..............)))...((((....)))).........]]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.....((.((.((((((((...)))))))).))))..(((..(((....((((..........(((((((......((((((((((((.(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))).)))))))))))....)))...))))....((((((.(....)))))))((((((((((....)))))))).)).))))..))).))).)))))..((((.....((((...(((((((...))))))).......)))).....)))).(((..((((((((....)))))))).))).........((((..........))))..........))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..(((((.........(((((........)))))...((((....)))).......)))))............(((((......(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..)))))))))))...((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))((((...((((.....(((((..(((((((...)))))))......))))).....))))......((((((((....)))))))).............))))..))))....)))))...........))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................................................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))..............................................................(((...((....))...))).................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((............(((((...(((...............................................................................))))))..)).......((.(((.......))).))..((((((((....))))))))....))))...)))))))))))............((((((.......................))))))...............((((((((....))))))))........................................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((.(((((((.....))))))).))....(((..(((....((((..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))).)))))..((((.(.(.((((((.(((((((...)))))))....).))))).).).)))).(((..((((((((....)))))))).))).((........))...((((....)))).........))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((..........)))).((.((((((((...)))))))).))......)).((((...((((..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))....((((..(((.....)))..))))..(((..((((((...))))))))).....)))).(((.((((((((..((((((((....)))))))).))).....))))))))......))).(((((((.....)))).)))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......(((..(((((........((.(((((((.....))))))).))....((...(((....((((...........((((.....((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))))))...)))..)))))))..((((.(.(.((((((.(((((((...)))))))....).))))).).).)))).(((..((((((((....)))))))).))).)))....))(((.....((....))((((.....)))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((........))))).((((((((((((((.(((.(.(((((..))))))))))))..)))..........))))))))((((((((((((((((((((((.(...(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))))))))))))))).)))))..((((.((((.((((((((..)).))))))(((((((((((..))))))))).))....))))))))..(........).((.((....).).))(((((((.(((((((((.(((...))))))))))))(...((((((((((..))))))))))...((((.(........).)).))...((..))....)).))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(()..).......(.......................)..............((.......))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................(((.(((.......................))).)))..(.(.(((.....................(((.)))(............)...(........(..........(.(......(.....).....)...)...)....((..........))........)(...(.....)......)...............(((.((...((((((((....))))))))..))......)))...(....................)....)))).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((.((((((((...)))))))).))....(((.........((((..........(((((((......(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..)))))))))))....)))...))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))......))).)))))..((((.(.(.((((((.(((((((...)))))))....).))))).).).)))).(((..((((((((....)))))))).)))................((((....)))).................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((...(((.(((((((...))))))).(((....)))..((.......))..........(((((((...((.(((((((((((..(((((..((((((.((((((((((....)))))))))).))))))..)))))..))))))))))).)).)))...))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)........)))...)))))))..((((.....(((((..(((((((...)))))))......))))).....)))).((...((((((((....))))))))..)).........((((..........))))..........))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........(((((((((.....)))))).)))....(((..(((....((((..........(((((((...((((((((((((((..(((((..(((((..((((((((((....))))))))))..)))))..)))))..))))))))))).))))))...))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))).)))))....((((((((((((..(((((((...)))))))......))))).(((.((((((((..((((((((....)))))))).))).....))))))))....))))).))............))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........)))).....((((((.....)))))).(((....))).(((........................)))..((((.(((..........)))...(((((..(((((((((....))))))))).((((.....))))..)))))..((((.((((.....)))).....((((((.......))))))....((((((....)))))).)))).......)))).((((.(((...............))).(((((.....)))))...........))))..((((......)))).(((....))).((((((......))))))......((((....)))).................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.<<<<<....))))..(((((((((.....)))))).(((....))).(((....>>>>>..........{{{{{))).....((((.......)))).))).....(((((((((((((....))))))))).((((.....))))..(((.....))).((((.....)))).....[[[[[[...))))]]]]]]..((((((((....))))))))............((((.}}}}}.........)))).((((.((((((..aaa))))))...((((.((.AAA.)))))).....((((((((....))))))))...((((...(((......))).))))...((((.....)))).)))).

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