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CGGACGAGUUGGCCGGGCGGCCGCGGCUCGUAUCCCGAGUCGAGGAAAGUCCGGACUUCACAGAGCAGGGUGAUUGCUAACGGCAAUCCGAGGUGACUCGCGGGAAAGUGCCACAGAAAACAGACCGCCACCCUCGCGGUGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCACCCCGGGUGACCGGGGUGGCUCGGCAAACCCCACCCGAAGCAAGGCCAAGAAGGCCGUGCCGCCGGCACGGCCGCGCAGGCGUCCGAGGGUUGCUCGCCCGAGCCUGCGGGUAGGCCGCUCGAGGCACCCGGUGACGGUGUGUCCAGAUGGAUGGUCGCCGCCGCGCCGCCGGUUUUCCGGCGGCGCGGAACAGAAUCCGGCUUACAGGCCAACUCGUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((((.....))))))).............................(((((((...))))))).................................................................................................................................................................................................................................................))))))))...............................................)))))))))))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(..((((((((((((.....))))))).(..(((((())))))..)......(((((((((((...)))))))((((....)))).((.....((((............((((((((.....))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))....))))))..(((..((((.....((((((((((.)))))))))).(((((((.((...((((.....)))))))))))))....))))))).....((((((....))).)))(((....))).........((((((((((((....)))))))))))).........)))))..).)))))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((......((.(((((((.....))))))).)).(((.(((((.(((............(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((................((((((.((....)).))))))....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).))))...))).(((((.((..((((.....(((((((((...))))))))).(((((((.((...((((.....)))))))))))))....))))))))).))....(((((((.((.(((....))).)).)))))))((((((((((((....))))))))))))....)))))))))))...)))))))))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((([[...(((((((.....)))))))......))))..........((((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..............((((((.....))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))))))).........((.....(((((((((...))))))))).(((((((.((...((((.....)))))))))))))....))]]))))..((((((((....))).))))).................((((((((((((....))))))))))))..................)))))))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.(((((((((((((((.....)))))))........(((.(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............((((((((.....))))))..))........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...))))))))))))...(((......((((......................((.....((((((...)))))).)))))).....))).....(.((((((((....))).))))))...))).))))))))...((((((((((....))))))))))....................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((.(((((((.....)))))))......(((((.........((((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..............((((((.....))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))))))...))))))).......((((.....(((((((((...))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))(.((((((((....))).))))))...))))))))))))(((((((((((((....))))))))))(((......)))))).....)))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((.(........)))))))).)))))(..)((......))..(((((((((((...)))))))(......)((.((((.....((.(......).))..))))(((((((........)))))))....((((((((..)).))))))(((((((((((..))))))))).)).))...))))..((........)).(..)(((((((((((...)))))))))))((....))(((((((...((((..)))))))))))((((((((((((..((((((....).))))).((((..)))).....(.(.(((((((((((((..)))))))))))))).)))))..))))))))))))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((.(((((((.(((((((.....))))))).(((...)))...............(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((.....))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))..))).))))..(((..((((.....(((((((((...))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))))))(..((((((((....))).)))))..)......))))))).((((((((((((....))))))))))))..................))))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((.(((((((.....)))))))......(((((.........((((.(((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((................((((((..(....)..))))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))).))).......((((.....(((((((((...))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))..((((((((....))).)))))....)))))))))))).((((((((((((....))))))))))))..................)))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....((((....)))).(((((((.....)))))))......))))((((.((((..[[[[..)))).]]]]...((((...((((....))))........))))..............((((((.....))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..((((..aaaaa...)))).....((((.....))))..((((((((.....))).)).)))......AAAAA<<<<))))>>>>...((((..{{{{.))))..((((.((....)))))).(((....))).}}}}....((((((((((((....))))))))))))..........((((....)))).....)))). |
