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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00187



RNA: ASE_00187
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).......(((((((..((.((((.........((((((.....)))))).((((....))))..((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...))))))...((((..((((....))))....))))......))))))).((((.........)))).(((((((...((....)).)))))))...))))))..((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).))))))...((..(((....)))..))))))).)))))))...)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((.....(((((((((......((((((..((((..(((((((.....((((.((...((....(((((..(((...((((((....))))))..)))...)))))..)).....(((((........((((....))))....((((....)))).......))))).....((..((((....))))))..))))))....)))))))......))))))))))...(((((((..........)))..))))....))))).(((((((.((((...)))).(((((((..(((....)))...))))))).)))))))...........)))).....))))).)))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((..........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((.......)))))(((((....))))).....((((.............(((((((((((...........................))))))))..)))........))))....)))))))))...((...(((((...............................))))).....))....................................................................................)))))))).)).)))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((.....((((....).......(((((..(((...(((((((..................((((((.....))))))(((((....))))).(((((..................(((...............))).........((....)))))))..................((((....))))..............))))))).......)))))))).((((...................................((((((..((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))........))))))).....))))).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((...........((((((....))))))................................((((((.....))))))(((((....)))))...........................((((((......((....((....)).....))))))))....................(((....))).............................................................................((((((..(((.....)))..(((((..((((....))))...)))))...))))))....................))))).)))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((...........((((((....))))))....(((.(((((((((..........(((((((((((.....))))))(((((....)))))((...(.((.............((((.((((((............((....)).......))))))...))))........)).)..))))))))))).............((((((..............))))))((((..(...((....))...)))))..........(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))........))))))))....))))).)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((.((((....)))).)).(((((..((((..(((((((.....(((..........((((((.....))))))(((((....))))).(((((.....((..........((((.((.........)).))))......))(((())))))))).............((((.((((....)))).)..))))))....)))))))......)))))))))(((((..((((((........((((......)))).....(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))).))))))))))))..))))).......))))).)))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((.........(((((......)))))......(..((((..............(((((.(((((.....))))).(((((....)))))............................((((.............((....))........))))......................................................................................................)))))....................(((....)))....................................)))).)...)).))))).)))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).......(((((((.((((..............(((((.....)))))((((((....))))))[[[[[[(((((((...(((....))).))))....)))......))))............]]]]]].....(((....((((..((((....))))....))))...)))))))))).(((....[[[[.)))..]]]].(((.[[[[[....)))...]]]]].)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))......(((....)))....))))).)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((.(((.((((....)))))))..(((((((.....(((((((.......((......)).((((((.....))))))(((((....))))).(((((((((((((...(((....))).))))....)))(((...((....))....))).)))))).....(((....((((..((((....))))....))))...))))))))))......)).))))).(((((..(((((((((.(((.((((......)))).(((.(((..((....)))))))).(((((((.((((....))))..))))))).))).)))))))))..))))).......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((....((((...((((((....)))))).......(((((((..................((((((.....))))))(((((....))))).((((((......................................((....))........))))))..................((((....))))..............)))))))................{{{{............................))))...((((((..((([[...)))(((<<<...<<<<.)))>>>>..]]>>>....))))))........}}}}........))))).)))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((..((((((.(((...((..((((((....)))))).)).(((.(((((................(((.(((((.....))))).(((((....)))))......(((.............(((.((((((((...........((....)..)....)))))).))..)))........))).....))..).......((((......(((((......................))..))).....))))....................................................................................)))))))).)))))))))..)).....).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((.((((....)))).))..(((((.(.....(((((((.......((......)).((((((.....))))))(((((....))))).(((((((..((((...(((....))).))))......)(((...((....))....))).)))))).....(((....((((..((((....))))....))))...))))))))))......)..))))).(((((..((((((........((((......)))).....((((((..((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))))))))..))))).......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...(((((((..))))))).......(((((((.(((([[[[[[........((((.....((((((((((((....))))))(((..)))..............))))))..........))))..))))...(((((..))))).....................((((....))))..............))))))).((((..]]]]]].)))).(((((((............)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))....................))))).)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((((...(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((.......)))))(((((....)))))((...((((.......((....(((((((((((............((....)).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((...(((((...............................))))).....)))(...)..)..)))))))............................................................((........)..).)).)))))))))........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((((...(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((.......)))))(((((....)))))((...((((.......((....(((((((((((............((....)).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((...(((((...............................))))).....)))(...)..)..)))))))............................................................((........)..).)).)))))))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((..((.((((.........((((((.....))))))(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...))))))...((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..(((((((....))))....((((((((.....(((((((..................((((((.....))))))(((((....))))).(((((((((((((...(((....))).))))....)))(((...............))).)))))).....(((....((((..((((....))))....))))...))))))))))......)).))))))[[[[[..[[[[[[........((((......)))).))).((((((..((((...)))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))]]]]]]..]]]]].......))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((.....((((..((((........)))).......((((((....))))))(((((((..((((..............))))....((((....))))............)))))))...)))).....((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((............)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))....................))))).)))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((..........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((.......)))))(((((....)))))......................(((((.(((((...........................))))).))..)))................)))))))))...((...(((((...............................))))).....))....................................................................................)))))))).)).))))).)))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((..((.((((.........((((((.....))))))(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...))))))...((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.(((((...((..((((((....)))))).......(((((((.....((((.........((((((.....))))))(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))...)))).....((((..((((....))))....))))......)))))))..))...))))).))))..(((((((...((....)).)))))))..((..((..(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..))....(((.((....)).))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((.(((...)))......((.(((((((........((((((....))))))(((((((((((((...(((....))).))))....)))(((...((....))....))).))))))..)))))))...((((..((((....))))....))))....)))))))))......))))((.....))(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(.(...)(.((((((((..)))))).)).)(((.(((((..(((((((((.((((........))))))))).))((((((..))))))....((((.((((((((((....((((((((..))(........).(..)(.(((((..))))).)...).)))))..((((.((((((....))))...((((((((.((((((..)))))).)))).)))).))))))))))))))))..(((((........))).))(((((((((...(((((...((((...........)))).)))..))....))).))))))))))))))))))))).)..)))))))))))).)..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................(.(..............(....)....(...............................)..............(.................)............).)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((...................................(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......((....((....)).....)).))))))............((((..((((....))))....))))......)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).((((((..((((...))))..((((((.((((....))))..))))))...))))))......(((....)))....))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((((..((((((...((((((....)))))).((((..(((((((..((((.((......))..((((..(.........(((((....))))).((((((...((((...(((....))).)))).......(((...((....))....))).))))))..)..))))....)))).((((....))))..............)))))))......)))).........(((((((...((....)).)))))))...)))))).(((((((.((((...)))).(((((((.((((....))))..))))))).)))))))..((..(((....)))..))))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..((((....))))..((((((....)))))).......))))......(((............((((((.....)))))).((((....)))).)))...(((.((((..............))))....(((......)))...)))...(((.((.......)))))...((((((.((((....)))).....((((..(((((((((..............))).)))))).((((....))))......)))).))))))........(((((((.((((.....)))).((((....))))..))))..(((((...........))))).)))..((((.......))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((......((((....))))..((((((....)))))).......{{{{{{{..((((aaaaa((((....bbbb))))..(((((((((((....)))))).(((.ccc.cccc.........)))))CCCC....[[[)))B..]]]...CCC...(((.((BBB....))))).....)))).((((....)))))))...........AAAAA}}.(((...}}}}}.)))(((((((((((.<<<<.)))).....>>>>..)))....((((((..(((.....))).(((((((.((((....))))..)))))))..))))))........))))......((((.......))))....