|
|
|
GAGAUUUUAUUGGUCAAUCGCUGUAUUUGAAAAAGAAUAUAGAGGAAACUCCACGCUUACACAAUCUGUGAUGAUUGUAGUGUUUAUGCUAAAUGAAAAAAUAAAUUUAGGCAGUAAUUAAUUACUGACGGCAUAACUAACCUAAGGCUUUGCUAUGGUGAUGUUAUAAAGUGCCACAGAGACGAAUAAAGAGAAAUCUUGAAAUGGAACGCGGUAAACCCCAUAAGUAAGAAACUCAAAUUUUGGUAGAGGAAUCUGAUUAAGAAAAUAAGAAUCAAAAUCAGAAGUUAUUAUUAACUAGAUAGAUGAUUGACGCUGAAAAGUACAAAACGUGGGUUAUAAAUAAAAUCUCAUCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((.((((((((......))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((...(((...)))..)))....))))...(((((...........(((((.....)))))...........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))(((((....)))))........))))))).((....)).......]]]]]]]].).)))))))))).....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.....((((((((......))))))))..))...((((((..(((.(((((......)))))(((((((..(((((((...........((((...((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....)))))........))))...(((...(((((..((((.............))))...)))))..)))....)))))))......(((((((..((.........))..))))))).((((((............)))))).)))))))....))).....)))))).....))))))))))).... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((......))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((...(((...)))..)).....)))).....................((((....))))..........................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))................((....)).......)))))).................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.......(.((((((((......)))))))).)......(((((.....((((((......)))))).....(((((((((((..........)))))(.((((((....)))))).).)))))).....................................................(((....))).......................................................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............................)))))......))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((..........))))))...............(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).(((((......))))).............................................................((((....))))............................................................................................................................................................ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((........((((((((......))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((...(((...)))..)))....))))...(((((.............((((....))))............)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................))))))).((((....))))................(((....)))......)))))))).).))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((...((.((((((((......)))))))).))....((((((((...((((((......))))))))...(((((((((((..........)))))(.(((((((()))))))).).))))))...............((.((((............((.(((............((((....))))....))).))..........))))..))..........................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............(((....)))......))))))..)).))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...))).(((....[[[[[[.)))..]]]]]].....(((((((...............[[[[[[((((((....))))))..)))))))....]]]]]].(((((...((((.............))))))))).........(((...(((((..((((..........[[[))))...)))))..))).......]]].......(((((((.................)))))))(((((....))))).......))))))))(((....))).................))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((..((......))..)))...))).....))))).......((((....(((...(((((..((((.....((....))))))...)))))..)))....))))..........((((((..((.........))..)))))).(((((....)))))........)))))))(((....)))....(((....)))...))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((..((((((((......))))))))((....))[[[[[.....((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............................................................((((....))))......................................................(((((((.................))))))).((((....))))..........))))).(((....)))......]]]]]......))))))))))).... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((((((((((((........)))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..(((.(((((((((...(((...)))..))))).))))......))).......(..(((((((....)))))))..))))))...............)))))))................)))).(((((((..((.........))..)))))))((((......)))).......))))))).((((())))).))))........................... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...)))).....))))...............(((...(((((..((((.....((....))))))...)))))..))).................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))........)))))))(((....)))....(((....)))...))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).......[[[[[[.....((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).(((((((..))))))).[[[[((((((.........(((((((((((((...........)))))..............(((...(((((..((((.....(((..)))))))...)))))..)))......))))))))...(((((((.................)))))))))))))................)))))))]]]]..]]]]]]....]]]]]].....))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..))..).)))))...).(((((.(...))....((((....))))....)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).((....)).((.(....))...)...)))............ |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..))..).)))))...).(((((.(...))....((((....))))....)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).((....)).((.(....))...).).)))............ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((.((..(((((((..((.........))..)))))))..)).)))))))....)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((.(.(((...))).))))...)))).....))))......(((((....(((...(((((..((((.............))))...)))))..)))....)))).).......(((((((.................)))))))(((((....))))).......))))))))(((....)))....(((....)))...))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.........((((((((......))))))))............(((((.((((((......)))))).((((((........................(((((((((..(((((((..((((.................)))).))))))))))))....)))).............((((....))))......))))))...........)))))....((((((..(((((...........(((((...........)))))...((((.....((((((.........)))))).....))))......)))))..))))))...))))))))))).... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((......))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((....((..............)).....))))....((((...(...).....(.((....)).)............))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...............)))....))))))).......................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((..(..(((((((..((.........))..)))))))..)..)))))))....)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((.((..(((((((..((.........))..)))))))..)).)))))))....)))).)))))))).((....))..................)))))))))...)). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((((...........(((....)))....(((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).......((....((((....))))....))))))))((......))....)))))....)))))).(((((((..(..(((((((..((.........))..)))))))..)..)))))))....)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((........)((((.(..((((((........).)).((((((((......)))))))).(.(((((((((((..)))).(((..)))((((((((....))))))))))))))))....)))..)))))((((((((.............))))))))..(........).((.((((...(((((((.......)))))))....)))).)).(((...))).((((((..(((((((..(((.......)))..)))))))..))))))....(((..))))))))))))((.(((((....)))))))........))))))))))).... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................(...)....(...(......)..).(...............).....(.......)..............(.......(...))..........(.....(....(.......)....)......)..............((..........))....(..........)....................... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((..((((...........(((....))).........((((((......)))))).................................(((((......)))))..((((.(((..(((...(((...)))..)))...)))......)))).............((((....))))...................................))))...............(((((((..(...........)..)))))))................)))).))))))))(((....))).................))))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(((((.((.((((............(((....))).(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).)))).)).....((((....))))..........)))))..)))............((((((..(((((.........(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............(((....))).)))))..))))))...))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....)))).....((((((((......))))))))..........(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((...((.......))...)))).((((.............))))............((((....))))...((((.............))))...(((((........)))))..(((....)))((((...........))))....((((..(((((((((.........))))).)))).))))............(((((.............))))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....)))).....((((((((......)))))))).........(((((((((((((((......))))))..(((((...{{{{{{....))))).}}}}}}.((((((....))))))..((((.............[[[[)))).((((.........]]]]))))............((((....))))...((((.............))))..)))))....(((.....))).(((....)))((((...........))))....((((..(((((((((.........))))).)))).))))...........)))).(((........)))....... |