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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00189



RNA: ASE_00189
Rfam family: RNaseP_bact_b

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.....((((((((......))))))))..))...((((((..(((.(((((......)))))(((((((..(((((((...........((((...((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....)))))........))))...(((...(((((..((((.............))))...)))))..)))....)))))))......(((((((..((.........))..))))))).((((((............)))))).)))))))....))).....)))))).....)))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((......))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((...(((...)))..)).....)))).....................((((....))))..........................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....)))))................((....)).......))))))....................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......(.((((((((......)))))))).)......(((((.....((((((......)))))).....(((((((((((..........)))))(.((((((....)))))).).)))))).....................................................(((....))).......................................................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............................)))))......)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((..........))))))...............(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).(((((......))))).............................................................((((....))))............................................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((........((((((((......))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((...(((...)))..)))....))))...(((((.............((((....))))............)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................))))))).((((....))))................(((....)))......)))))))).).)))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((...((.((((((((......)))))))).))....((((((((...((((((......))))))))...(((((((((((..........)))))(.(((((((()))))))).).))))))...............((.((((............((.(((............((((....))))....))).))..........))))..))..........................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............(((....)))......))))))..)).)))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...))).(((....[[[[[[.)))..]]]]]].....(((((((...............[[[[[[((((((....))))))..)))))))....]]]]]].(((((...((((.............))))))))).........(((...(((((..((((..........[[[))))...)))))..))).......]]].......(((((((.................)))))))(((((....))))).......))))))))(((....))).................)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((..((......))..)))...))).....))))).......((((....(((...(((((..((((.....((....))))))...)))))..)))....))))..........((((((..((.........))..)))))).(((((....)))))........)))))))(((....)))....(((....)))...)))))))))))....
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.((((((((((((((........)))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..(((.(((((((((...(((...)))..))))).))))......))).......(..(((((((....)))))))..))))))...............)))))))................)))).(((((((..((.........))..)))))))((((......)))).......))))))).((((())))).))))...........................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...)))).....))))...............(((...(((((..((((.....((....))))))...)))))..))).................(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))........)))))))(((....)))....(((....)))...)))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((.((((((((......)))))))).......[[[[[[.....((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).(((((((..))))))).[[[[((((((.........(((((((((((((...........)))))..............(((...(((((..((((.....(((..)))))))...)))))..)))......))))))))...(((((((.................)))))))))))))................)))))))]]]]..]]]]]]....]]]]]].....)))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..))..).)))))...).(((((.(...))....((((....))))....)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).((....)).((.(....))...)...)))............
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((.((..(((((((..((.........))..)))))))..)).)))))))....)))).))))))))(((....))).................)))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((.(.(((...))).))))...)))).....))))......(((((....(((...(((((..((((.............))))...)))))..)))....)))).).......(((((((.................)))))))(((((....))))).......))))))))(((....)))....(((....)))...)))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.........((((((((......))))))))............(((((.((((((......)))))).((((((........................(((((((((..(((((((..((((.................)))).))))))))))))....)))).............((((....))))......))))))...........)))))....((((((..(((((...........(((((...........)))))...((((.....((((((.........)))))).....))))......)))))..))))))...)))))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((.((((((((......))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((....((..............)).....))))....((((...(...).....(.((....)).)............))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...............)))....)))))))..........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((..(..(((((((..((.........))..)))))))..)..)))))))....)))).))))))))(((....))).................)))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((.(((((...........(((....)))....(((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).............((((....))))......))))))..............)))))....)))))..(((((((.((..(((((((..((.........))..)))))))..)).)))))))....)))).)))))))).((....))..................)))))))))...)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((((((((...........(((....)))....(((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).......((....((((....))))....))))))))((......))....)))))....)))))).(((((((..(..(((((((..((.........))..)))))))..)..)))))))....)))).))))))))(((....))).................)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((........)((((.(..((((((........).)).((((((((......)))))))).(.(((((((((((..)))).(((..)))((((((((....))))))))))))))))....)))..)))))((((((((.............))))))))..(........).((.((((...(((((((.......)))))))....)))).)).(((...))).((((((..(((((((..(((.......)))..)))))))..))))))....(((..))))))))))))((.(((((....)))))))........)))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................(...)....(...(......)..).(...............).....(.......)..............(.......(...))..........(.....(....(.......)....)......)..............((..........))....(..........).......................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((((((((..((((...........(((....))).........((((((......)))))).................................(((((......)))))..((((.(((..(((...(((...)))..)))...)))......)))).............((((....))))...................................))))...............(((((((..(...........)..)))))))................)))).))))))))(((....))).................)))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..(((((.((.((((............(((....))).(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((((((..(((...(((...)))..)))...))).....))))).)))).)).....((((....))))..........)))))..)))............((((((..(((((.........(((((((..((.........))..)))))))(((((....)))))...............(((....))).)))))..))))))...)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....)))).....((((((((......))))))))..........(((((...((((((......))))))))))).....((((((..........)))))).((((((....))))))..((((...((.......))...)))).((((.............))))............((((....))))...((((.............))))...(((((........)))))..(((....)))((((...........))))....((((..(((((((((.........))))).)))).))))............(((((.............)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....)))).....((((((((......)))))))).........(((((((((((((((......))))))..(((((...{{{{{{....))))).}}}}}}.((((((....))))))..((((.............[[[[)))).((((.........]]]]))))............((((....))))...((((.............))))..)))))....(((.....))).(((....)))((((...........))))....((((..(((((((((.........))))).)))).))))...........)))).(((........))).......