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AGCAUUGGCUAACAGCUGCUUGAAAGAGUAGAGGAAAGUCCACGCUAGCACAACCUGCGAUGGUUGUAGUGAUCAUGCUAGGCCCAAUAAGCCUAGGCUUAGACGACUAGUGCCACAGAGACGAGAAUUGUGAAACGCGGUAAACUCCAUGAGUUAGAAACCCAAAUAUUGGUAGGGGAACUUUUCAACGGAAAUUGAACCAAAGAAAAGAGUUGAUUAAUCAACUAGAUAAAUUGUUAGCACCUGAGAGGGUACAAAACGUGGCUUAUAAAUGCUAAAACACUUGCGCGAGCAGGCGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((....))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)((...(((((........................)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((....))))))........)))))))((((....))))......]]]]]]]].)).)))))(((((((((((....)))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(((((((.((((((....))))))......(((....(((((((((((......)))))).........)))))..((..(((((....)))))....(((((((.(((((.........)))))....(.(((.(((((...)))))....))))...))))))).))....((((((...((........))...))))))((((((....)))))).)))....)))))))..((....))..........((((........)))).(((.(((((....))))).))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((........)))).((....(.(((....((((((((......)))))).)).......((((((.......))))))........(.(....).).........(....)))).)....((....)))).......................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((..((((((....)))))).(((...)))..(((((((...((((((((((((....(((((((((((((((...........)))))))......((((((......((((...)))).......)))..))).))))).)))..)))).....))).)))))....((((((...((........))...))))))((((((....))))))........)))))))((((....)))).......))))))....))))))(((((..((((....))))..))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....))))))...............................................................................................((((((...))))))....................................................................................................((((....))))................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).(...)..................................................)))))...(((...........)))...(((((((.(((........))).)))))))((((((....))))))................(((....))).......))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....)))))).....((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).(...)..................................................)))))...(((...........)))...(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))................(((....))).......))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....((((((....)))))).....)))).........((((((......))))))..........((((((.......))))))..................((.............)).............................(((...........)))...((((((...((........))...))))))((((((....))))))...............((((....)))).......................(((((.(((((....))))).))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((......)))))................((((((((......)))))).)).......((((((.......))))))......................................................................................((((....(........)....)))).............................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(..((((((....))))))..).(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))........((...(((((........(.......).......)))..)))))))))........(((...........)))...((((((..................))))))((((((....)))))).........))))).((((....))))......)))))))).).))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...((((.....((((((....)))))).....))))...))....((((((......)))))).........(((((......((((((())))))).....)))))..((((...........))))..........(((((...))))).....(((...........)))...((((((...((........))...))))))(((((((()))))))).............(.((((....)))).)........(..........).(((((.(((((....))))).))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((.).))))))....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).............................(..).......................)))))...(((...........)))...(((((((..((........)).).))))))((((........))))............................(...)))))))))................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.((....)).)))....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......))))))..((((....))))..((((.............))))...................)))))...(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((....)))))).................................))))))))................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((....)))))).....))))..(((....[[[[[[.)))..]]]]]].(((.[[[[(((((......(((((....))))).....)))))..))).............]]]].........(((((...))))).....(((.....[[[[[.))).....((((....))))....]]]]].......((((((....)))))).......((((.[[[((((....))))))))......]]]....))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....))))))..................((((((......))))))..........((((((.......))))))................................................................(((...........)))...((((((...((........))...))))))((((((....))))))...............((((....)))).................))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((((((((....)..))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......))))))........((......)).......(.........))))))...............)))))))................))))..((((((.(((........))).))))))....((......))..........))))))).(((......))).))))............................................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..(((((((((((((....))))))...........(((((((((((((......))))))..(((((((.((((((.......))))))..................))................)))))...............)))))))......................((((((.(((........))).))))))...((((....)).))........)))))))......(((.((.((........))))))))).......)...................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((.((((((....)))))).(((...))).((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))((((((....)))).)).............((((((...)))))).(((((...))))).....(((............)))..((((((...((........))...))))))((((((....))))))........)))))))........((.(((.....))).))....)))))).((((.(((((....))))).)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((.............(((...))).((((((.((((((......))))))..........(((((((..[[[[[[[..)))))))....)))))).(((((.........)))))....))))).(((((...))))).....(((...........)))...((((((..................))))))(((((((..)))))))........)))))))((((....)))).........]]]]]]].))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.................(((...)))......((((((((......)))))).))........(((((.......)))))(((((((....)))).)))............((((((...))))))...((((((.(((.............))).)).))))..((((((..................))))))(((((......))))).......))))))))((((....))))................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........(((....))).........(....)....................))))))))....(((.....)))...........................................................................................................................))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((([[[[[[[...(((a...((....ggg.((((((.((((((<<<<<.)))))).bbb.bbbbb(((((((..ccccccccc)))))))....))))))))((....fff....fff(eeeeeeeeee..))A)BBBBB.((((...(((...{{{{{{{.)))...ddddddd..GGG..))))}}}}}.......(((((((CC)))))))...}}..))))))))EEEDDDDDDD)E)EEE..EEECCCCCCC.))))))....BBB>>>>>]]]]]]]FFFFFF) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..).(((((.(...)).......)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).((.(....))...)...)))............................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((((......))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..((.((((.(...).......)))).)))..(....))))))))))))))..(((..((....)).)))...(((((((..((........))..)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).......(...)......)))............................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..).(((((.(...)).......)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).((.(....))...).).)))............................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((((......))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((..((.((((.(...).......)))).)))..(....))))))))))))))..(((..((....)).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((......))))).......)))))))).(((....))).......(...)......)))............................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((.(((((......))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)(((....)((((.(...).......))))..(...).....))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))(((((......)))))........))))))).(((....))).......(...)......)))............................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((....)))))).....))))..((((...((((((......)))))))))).....(((((......(((((....))))).....)))))(((((...(((((...((((.......(((....(((.((((..((...(((...........)))...)).))))..)))......))).........((((((....))))))..)))).)))))...((((....)))).......))))).....))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((((....)))))).(((...))).((((...((((((......))))))))))...(((((((((.......))))))((((((....)))).)).............((((((...)))))).[[[[[)))]]]]].....(((............)))..((((((..................))))))((((((....)))))).......)))))))).......(((.(((.....))).)))...))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....)))))).....((((..((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))........))))...(((((...(((((..((((((...)))))).........(((((......((((...))))......)))))(((((......)))))...........((((((....)))))).......)))))...((((....)))).......))))).....))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((....))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........((....((((...(...)................))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))..))))))).................)))....)))))))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........((...((.((((.............)))).))..((....)))).)))))))).............(((((.....(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........)))))..................))))))))................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((...(..((((((....))))))..)..((((..((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))........))))...))))............((((((..(((((((..(((((.(.(((((...(((..((....))..)))..((((((...((........))...)))))).(((((....)))))...........))))).).)).)))..)))....))))..)))))).))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....((((((....)))))).....))))(((......((((((......)))))).)))....(((((((((...........))))))).))..((..(((((...(((((...((((.......(((....(((.((((..((...(((...........)))...)).))))..)))......))).........((((((....))))))..)))).)))))...((((....)))).......)))))...))))))).(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(..((((((....))))))..).(((.((((((((((((((((......))))))....(((........(((..(((((....)))))....(((((((.(((((.........)))))....(.(((.(((((...)))))....))))...))))))).)))...((((((...((........))...))))))((((((....)))))).))).....))))))((((....)))).......)))))))...))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..)))((((((......))))))...(((.(((((...((((((((......)))))).)).((((((((((((......).))))((((...(((.((.(((((((.............))).).))))).).))..(..)))))..((.(((...........)))..))(((((((((((((..))))))))))))).)))))))....((((((..)).))))..(...((((..))))....)..))))))))...))))))(((((.(((((...).)))).))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................(......((.......))........(.........).((...(........).)).....(...).....................................................)......(((((..(.(..........).).))))).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................(..............).(....(.......)....(((.......)))....(((........))).................(...((.............)).)...(..........).....((..........))....(...(.........(...........).....)....).........)... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....))))))...................(((((......)))))............(((((.......))))).................................................((.....))....................................((........)).........((((((....))))))...............((((....)))).................))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((....)))))).(((...)))...(((((((((((......))))))..........((((((.......))))))((.............)).........................((......))....)))))...(((..(......)..)))..((((((...((........))...))))))((((((....))))))........))))))).(((....)))..........(((........))).........((....))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.........((((((....))))))....(((.(((((((((((...(((((..((((..((((..((..(((((((.......))))).))...))..))))..)))).......................(((.(((((...)))))....))).........)))))....((((((...((........))...))))))((((((....))))))........)))))))((((....)))).......)))))))...))))))(((((.(((((....))))).))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((((....))))))...........((((...((((((......))))))))))......((((((.......))))))...(((....)))..))))...........(((((.....))))).((((.....)))).............(((((.(((....))).(((......))).))))).......((((((....)))))).........(((...((((....))))........((((........)))).))).(((((....)))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((((....))))))......(((.........((((((......)))))).((......)).((((.......)))).))).(((....)))..))))...........(((((.....))))).((((.....))))......(((.....)))...........(((((......)))))...........((((((....)))))).(((.....)))...((((....))))..((((((((((........)))........(((....))).))))))) |
