RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00192

RNA: ASE_00192
Rfam family: RNaseP_bact_b

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(..(((((((((......((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).((((((((......(((((...((((((((......)))))).)).......((((((.......))))))...............(((..(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........))))))))).....)))....)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))....))))))))..)))))))))..........(((.((....)))))..(((((((((....)))))))))))
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((((........................................))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.......)))))).(...).....((((...........(((....))).......))))........................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((.........................)))))).........................))))))....................................
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................((((((......))))))..........((((((.......)))))).....................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((................((((((((((((.((.((((....)))))).))))))))))))...........(((.(((((...(((((((...........)))))))(((((((((((.......))))))........((...(((((...........((((((((((((......................................)))))))))))).........)))..)))))))))........(((...........)))...(((((.((((((........)))))))))))(((((((((.....(........)....))))))))).........................))))))))....)))).((((((((((....)))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((.(((....)))))).)))))))))))).))))))........(((((..(((((((((......)...))))))))....((((((.......)))))).((.........))...............((((((((((((.....................(((...........)))))))))))))))......)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))....))))))))).......))))))))).....................))))(((((((((((....)))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))).))))))).(((....(((((..(((((((((......))))))..........((((((.......)))))))))..............((((((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))......)))...))))).....)))....(((((((.[[[...)))))))..]]]..(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))..............)))))))))..........(((.........)))(((((((((((....)))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.((((((((((((((((((.((((.........)))).))))))))))).)))))))........(((((....(((...((.((.(((((...(((((...(((((((.......)))).)))...))).))...))))))).)).....((((((((((((((((((.............)))))).............)))))))))))))))...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))...............))))))))..........(((.((....))))).((((((((((....)))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((.((((((((((((((((((.(((.((......))))).)))))))))))).))))))........(((((......(((((......)))))...........((((((.......)))))).............................(((((((((((........................................)))))))))))......)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))((((((.(((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))....)))))))))........)))))))).....................))))(((((((((((....)))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((((((((..........(...(.........................))..))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......))))))...(((....).)).....(((...(((.....(((....))))))...)).........).......(...(((((((....))))).))..))))))...............)))))))................))))..((((.(((.((........))).))))))............(((.....)))............)...)))))).(((.....))).)).)...........................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((((((((.((((((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).))))))........(((((.....((((((......))))))...(((....((((((.......)))))).....)))............(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))............)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))((((((.(((((........))))))))))).(((((((((((((.....)))))))))....)))).........))))))))..............(......)))).((((((((((....)))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((......((((((((((((...((((((..))))))..)))))))))))).((((((((......(((((..((((((((...........))))))))....((((((.......)))))).................(((.........((((((((((.(((((((.............)))))))....[[[[[[[[[[)))))))))))))...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..]]]]]]]]]].....)))))))...(((((((((((.....)))))))))))....))))))))..))))))))).....................))))(((((((((((....)))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((((((((((((((........................................)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.......))))))((...).)((((((((..(.......(((....)))....).)))))...).(((((.(.......))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((...........................))))).......))))))))....((.(....))...)...)))............................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......((.((((((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).)))))).)).(((.(((((.....((((((......)))))).(((((...((((.((((((....(((.((((((...((....((((..(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))...............))))...))..))))))....(((........)))..)))..(((((.((((((........)))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).....))))))...)))).....)))))....))))))))....)))).((((((((((....)))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.(((((....)))))).)))))))))))).))))))........(((((.....((((((......)))))).((((([[[(((((((.......)))))).)...))).)).........(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))......]]]...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))((((((.(((((........)))))))))))((((((((((((((.....)))))))))....))))).......)))))))))((((............)))).))))(((((((((((....)))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.((((((((........................................))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.......))))))........((.((((............................))))........................(((((.((....)).)))))................))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))......................................)))....)))))))....................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......((.((((((((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))).))))))).)).(((.(((((.....((((((......)))))).((((.((.((..(((((((....(((.((((((...((....((((..(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))...............))))...))..))))))....(((........)))..)))..(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).....))))))......)..))))))))....))))))))....)))).((((((((((....)))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((......((((((((((((((((((....((((....))))...))))))))))).))))))).(((...)))..))).((.(((((......)))))..((((((.(((..((((.......(((.((((((...((....((((..(((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))...............))))...))..))))))....(((........)))..)))..(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))...................))))...))))))))).))......))).(((((((((((....)))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((((((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))........((.....))((....))..)))))))))).......((((((.((((.((((.......(((.((((((........((..((((((((.(((.(((.....))).))).))))).....(((((((((...........)))))))))......)))..))..((......)).))))))....(((........)))..)))..(((((.((((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))...................)))).).))))))))))))))....))))(((((((((((....)))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.(.((((..(((((((((((.(((((((((..))))))))))))))))))))...))))))))(((.((((((((((((((((......)))))).))((((((((((((.(......))))))(((((....).))))..((((...((..))(((((((((.((((((...............))))))..............)))))))))))))((.........))..)))))))))((((((..))))))(((......)))(((((..)....((((((((((..(..))))))))))).((((.....)))).((((.............)))).)))).(((...)))).))))))))))).))))((((((((((......))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................((.........(........)...(.....((.............)).......).(.........)....(...)..(...(..........).....).............(...(..(....(......).....).)...)...........................))...............................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......((((((((.((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))............................))))))))........((((((.................(((..(((((................((((.((..(((.....)))..)).))))......(((((((((...........)))))))))..........................))))).....(((........)))..)))..((((((.(((((........)))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).............................)))))).........))))(((((((((((....)))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((.......((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))).((((((((......(((((.....((((((......)))))).(((((...(((((((.......)))).)))...))).))....(((..(((((.((..(((.....)))..)).))))).....(((((((((...........))))))))).....)))....)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))...(((((((((((.....)))))))))))....))))))))...))))))))((((.((.......)))))).)))).((((((((((....)))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.....(((((.......)))))..(((((....))))).......))))))....(((.....))).(((((.....((((((......)))))).....(((...(((((.......))))).((((.......))))......((((..................))))..(((((......))))).............((((.....)))).)))..)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((.((((........)))))))))))..((((..(((((....))))).(((.........)))...)))).....(((((((.((.......)))))))))....(((((((((....)))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((((((.(((((..<<<<.)))))..(((((....)))))...((((>>>>..))))(((.....)))..((((...[[[[[[[.)))).(((..]]]]]]]))).(((((((.......))))..((((.......)))).....{{{))).((((((((.....))).((((((((((......))))).....cccc...)))....CCCC.aaaa.....))))).........))}}}....AAAA......ddd...))))).DDD...)))....((((((((((......))))))))))..(((.bbb.))).(((......BBB))).............((((((.((.......))))))))))).((((((((((....)))))))))).

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