RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00194

RNA: ASE_00194
Rfam family: RNaseP_bact_b

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(((.(((((((...((((((.............(((.((((((((..........)))))))).((((((((....((((((((.....(((....((((..(((((.....(((.......)))...)))))..)).)))))..)))))))).((((((...........(((((((....))))))).........)))..))).))))))))....(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))...)))))).....))))))).)))))).)))))....))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((..........))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((.(....))))).....(.....((((...(((....)))..)))).....)......................((((((....))))))........................)))))...(((...........)))...(((((((((((.........))).))))))))((((((..))))))...........................))))))..................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))...........((((((((..........))))))))........................(((((((((......(((((.....(((.......)))...)))))........................(((...........(((((((....))))))).........)))...................)))))))))............((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))..............................)))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((..................))))..................((((((......))))))..........((((((..........))))))..............................................................................((((((....)))))).....................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((((((......))))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).((..(((.......))).))..............((((.............((.((...(((...(((....)))..)))....)).))...(((((...........(((((((....))))))).........)))..))..)))).)))))...(((...........)))....((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))...........................)))))))))))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))....(((((((((((((((.((....)).)))))))).))((((.......))))....(((((((((((..((..(((((.((..(((.......))))).)))))..)).........((.......(((((...........(((((((....))))))).........)))..)).......))......))))))))))).........(((((((((((..........)))))))))))((((((()))))))............))))).............)))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.((((((((..........)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...))))))......((((..(((....((....))...)))...)))).....................(((((((....))))))).......................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((..........)).))))))))(((((....)))))........)))))))....................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((((((......)))))))))).......((((.......[[[[[[))))..]]]]]]......(((.[[[[[[...)))....]]]]]]...((((.....))))..(((.[[[[[.)))...]]]]].......................((((........[[[(((((((....))))))).........))))..]]]......(((((..[[[...)))))...]]]...(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))..........(((.........)))..........)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))..........(((.........))).....)))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))............(((((((..........)))))))...((((((.................[[[[[[[[........(((.....(((.......)))...)))........................................(((((((....)))))))...................))))))......]]]]]]]]............(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))..............................)))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.(((((((((((((((..........))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........)))))).((((((...))))))..(((.(((((((((...(((....)))..))))).)))).......))))......(..(((.((((....)))).)).)))))))...............)))))))................)))).((((((((.((..........)).)))))))).((((....))))........))))))..........................................).(..)...))))...............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((..............(((.(((((.((..(((.......))))).))))).)))........))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))...........((.........))......)))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((((((......))))))))))........((((((((((([[[[[[....))))))...(((((((.......((((((((((((((((((.((((.(((((.....(((.......)))...)))))............(((((((...................(((((((....))))))).)))))))..........))))]]]]]]...)))))))))))...........)))))))....))))))).(((((((....((((((..)))))).............))))))).......)))))...)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((((((((((((..........)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((.(....))))).)(((((..(.((((...(((....)))..))))..).)).....).(((((.(...))...((((((....))))))..)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......))))))))......((.(....))...)...)))..........................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.((((((......))))))....((((((((..((((((((.......(((....(((.(((((.....(((.......)))...))))).))).....)))))))))))...)).))))))......(((((((....)))))))....................))))))....(((.((...))))).......(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))..............................)))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((((((......))))))))))........((((((((((((((((......))))))..((((((((....((((((((.............((((.....))))......(((((.......)))))............))))))))...((((...........(((((((....))))))).........)))).....))))))))................)))))....(((((((((((..........)))))))))))(((((....)))))...........................)))))...)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.((((((((..........))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))..................((.(.......((...............)).......)......((((...(...)....(((.((....)).)))..........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...)))))))...............)))....)))))))....................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((.((((((((((......))))))))))...((((((..((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))............))))))............)))).)))))))))........(((((((((((((.....)))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((.((((((((((......))))))))))...((((((..((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))............))))))............)))).)))))))).((...)).(((((((((((((.....)))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((((((......))))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).((.((((((((..((((((((.......(((..(((((.(((((.((..(((.......))))).))))).))).))..)))))))))))...))).))))).))...(((((((....))))))).......(.((......)).)..))))).........(((((.(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))..............)))))...))))))))))))))))))))))........(((((((((((((.....)))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((((((((......)))))))))))...(((.(((((((((((((......)))))))...(((((((((.((.(((((((.(.((........))....((..((((((.((.(((((.......)))))))))))))..)))))))))).))...(((((((((..)))))))))((..((.............))...))..)))))))))((.(((........))).))..(((..)))(((((((((..)))))))))(((..(.(((((..))))).)..)))....(((.(......))))).)))))))))).))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................(.(..)).....((...(......).....)).(.............)....(.......)......((((.....((.....(...)....)).....))))............................................................................(.....................).......................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((..((((((((((......))))))))))....(((((...(((((.((((((......)))))).((.(((((.((..((((((((..............(((.(((((.....(((.......)))...))))).)))........))))))))...))..))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))).....(((........)))........((((((((((..........)))))))))).(((((....)))))............)))))..............))).)))))))))........((((((((((((((...))))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((((((((((((((......)))))))))).......(((.((((((.((((((......)))))).((.((((((((..((((((((...(((((....(((((.((....)).).))))....)))))..(((....))).......))))))))...)).)))))).))...(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((....))))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))........(((((((((((((.....)))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....)))...((((((((((......))))))))))....((((....))))..((((((......))))))...(((....((((((..........))))))...((((.....))))..))).(((((.......))))).((((.......((((((............))))))..(((((((....))))))).........))))...........(((((........))))).........(((.(((((((..........)))))))....(((((....)))))...((((........))))..)))....(((((.............)))))...(((((((((((.....)))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((.....))))....(((......))).(((((........<<<<)))))..((((((>>>>..))))))..(((((...{{{{{{.)))))....}}}}}}...((((.....))))......(((((.......))))).((((.......((((((............))))))..(((((((....))))))).........))))...........(((((........))))).(((((....[[[.)))))..]]].....(((.....))).(((((....)))))...((((........))))...)))...(((((.............)))))..((((((((((((.....)))))))))))).

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