RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00195

RNA: ASE_00195
Rfam family: -

			UGCACAAGUCAAUUGCAGAUAUAAUUAAAUAUAAUAAUUUUUUUAUAAUUGUUAUAUUUAACAAAUUUAUAUUUGAGGAAAGUCCGCGCUAGCACUACCUGAGAUGGUAGUAGUGUUCAUGUUGGAUCUAAUAAAUCCAAGCUUUAGACGACCAGUGCCACAGAGACGAGUUUAUUUAUUAAUUUGUUUAUAUUAAAAAAUAGUUUAGAAUUUUUAAAUUAAUAAAUAAGGUGAAACGCGGUAAACUCCAUGAGCUAGAAACCUAAAUUUUGGUAAGGGAGCCCAAUUUCGGGAAACAAACUUUAAUUGGGAAGUUCUAUUAUAAUAUUUUUAUAAAGAACUUAGAUAAAUGAUUGAUUAAUACAGAACGCGGCUUAUUAGUGCAAAAAAAACAGCGAAUCUGAACGCUGUUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.........))))))))))))))....)).)))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((.......))))))((....).)((...(((((...........(((((((((((((((((((..((((.....)))))))))).......))))))))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))........)))))))..........]]]]]]]].).))))))((((((.(((((........)))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((((.((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))........(((((...((((((((......)))))).)).(((((.((((((.......))))))((((.......................))))(((((((((((((((......(((((......)))))......))))))))))))))).))))).)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..((........))..)))))))(((((((.(((((.......))))))))))))........)))))))(((((.((.......)))))))))))).(((((((((((........)))))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))........(((((..(((((((((......)...))))))))....((((((.......))))))..............................((((((((((((((((............................))))))))))))))))...............((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........................))))).......))))..(((((((((((........)))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................((((((......))))))...........(((((.......))))).................................................................................................................................................((....................))............................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...................(((((((((((((((.......)))))))))))))))(((((....)))))....(((.(((((...(((((((...........)))))))(((((((((((.......)))))).........((...(((((...........((((((((((((((...........((((((........)))))).)))))))))))))).........)))..)))))))))........(((...........)))...(((((((..((........))..)))))))(((((((..................))))))).........................))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....))))))))).....((.(((((..(((((((((......)...))))))))....((((((.......)))))).................((...........((((((((((((((((........((........))........)))))))))))))))).........))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........................))))))).....))))).(((((((((((........)))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....))))))))).(((...)))(((((...((((((......))))))...(((....((((((.......))))))......)))....)))))............((((((((((((((((............................))))))))))))))))......((((.............(((((((.[[[...)))))))..]]]..(((((((..(((.......))).)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........................))))........))))).(((((((((((........)))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....))))))))).(((...)))((....))((((((......)))))).((((((.(((.((((.......))))............(((.((..(((.........((((((((((((((((...((.(((((......))))).))...)))))))))))))))))))..))..)))...((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))...................))))))))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....))))))))).....((.(((((.....((((((......))))))..........((((((.......))))))..............................((((((((((((((((........((........))........))))))))))))))))...............((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........................))))))).....))))).(((((((((((........)))))))))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....))))))))).((.....))((......((((((......))))))...(......((((((.......))))))...........((.(...(((.........((((((((((((((((...((.(((((......))))).))...)))))))))))))))))))...)..))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........................))).........)))))..((((((((((........)))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))........(((((..((((((((...........))))))))....((((((.......))))))..................(((.........(((((((((((((((..........((((((........))))))))))))))))))))))))...)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((................)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).......))))))))).....................))))).(((((((((((........)))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))....(((.((((....((((((((......)))))).))((((.(((..((((.......(((.(((((..((..(((.((..(((.........((((((((((((((((...((.(((((......))))).))...)))))))))))))))))))..))..)))....))...)))))....(((........)))...))).(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))............))))...))))))))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....))))))))).(((...)))(((.....((((((......))))))....(((.((((((((.[[[...)))))).).]]]....(((.....(((.........((((((((((((((((......(((((......)))))......)))))))))))))))))))......)))...((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((................)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).....(((.....))).....))))))).........))))).(((((((((((........)))))))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))....(((.((((....((((((((......)))))).))((((.(((..((((.......(((.(((((..((..(((.((..(((.........((((((((((((((((...((.(((((......))))).))...)))))))))))))))))))..))..)))....))...)))))....(((........)))...))).(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))............))))...))))))))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((....)).((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))....(((.(((((.....((((((......)))))).(((((...((((.(((((.....(((.(((((..((..(((.((..(((.........((((((((((((((((...((.(((((......))))).))...)))))))))))))))))))..))..)))....))...)))))....(((........)))...))).(((((((..((........))..))))))).((((((.((((((.....)))))))))))))))))...)))).....)))))....))))))))....)))).((((((.(((((........)))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...((.....((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))..))(((.((((....((((((((......)))))).))((((.(((..((((.......(((.(((((..((..(((.((..(((.........((((((((((((((((...((.(((((......))))).))...)))))))))))))))))))..))..)))....))...)))))....(((........)))...))).(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))............))))...))))))))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..))...(((((((.((.(((((........))))).)))))))))...)((((......))))....(((.((((((.(((((((((......)))))).)))..((...))...(((.(((...(((((((((.(((.((.((((((((...((..))((((((((((((((..........(((((((......))))))))))))))))))))))))).).))))).).))(((.((((((.((((((..)))))))))))))))((((((((.((((((..)).))))))))))))((((((.((((((.....))))))))))))....)))).))))).))).)))..).))))))))))).))))).((((((((((((......))))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))....(((.(((((.....((((((......))))))............................(((((......(((.((..(((..........(((((((((((((((......(((((......)))))......))))))))))))))).)))..))..))).........)))))....(((........))).......(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....))))))))))))).........................))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((((((((((((((((((((((.......))))))))))))))).....)))))))))....(((.((((....((((((((......)))))).))((((.(((..((((.......(((.(((((..((..(((.((..(((.........((((((((((((((((......(((((......)))))......)))))))))))))))))))..))..)))....))...)))))....(((........)))...))).(((((((..((........))..)))))))(((((((.((((((.....)))))))))))))............))))...))))))))))))))....))))).(((((((((((........)))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........)))..((((......)))).((((.....))))..((((((....)))))).((((....))))......((((((((..((((((......))))))..........((((((.......))))))....))).........(((....(((((((((........))))))))).((((....)))).((((.((((....))))..))))...)))....)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((................))))))).((((((.((((((.....))))))))))))..............(((((((.((.......)))))))))......(((((((((........)))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........))))..(((((..((((......))))..))))).((((((....)))))).((((....))))......((((((((..(((((([[[[..))))))....]]]]..((((((.......))))))....))).........(((....(((((((((........))))))))).((((....)))).((((.((((....))))..))))...)))....)))))....((((....(((((((.......)))))))...))))(((((((................)))))))..(((((.((((((.....))))))))))).(((............)))...(((.....................{{{{{{{{{{...)))..}}}}}}}}}}.

---