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CGGACGAGUUGGCUGGGCGGCCGCGGCUCGUGUCGGUCUGAAAGGCCCGGUAACGAGUCGAGGAAAGUCCGGACUUCACAGAGCAGGGUGAUUGCUAACAGCAAUCCGAGGUGACUCGCGGGAUAGUGCCACAGAAAACAAACCGCCAUCCUCGCGGUGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAUCCCGGGUGACCGGGAUGGCUUGGUAAACCCCACCCGAAGCAAGGUCAAGAAGGCUGCACUACAAGUGCGGCCGCGCAGGCGUUCGAGAGCUGCUCGCCCGAGCCUGCGGGUAGGCCGCUUGAGGCACCCGGCAACGGUGUGUCCAGAUGGAUGGUCGCCGCCGCGCCACCGUAGGCAAUGCCUGCGUUGGCGGGGAACAGAAUCCGGCUUAUAGGCCAACUCGCCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((((....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))......................................................)))))))))))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((((((((((.(..(((..((.(......).))..).))..).)).............((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((.(........)..))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))....(((............................((((((...(..((((.....))))).)))))).....))).......((((((((....))).)))))........))))))))......................................................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((.(((((((.((((((((..(((..........)))...))))))))......(((((.........((((.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((........))))))...(((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))))))...))))))).......((((.....(((((((((...))))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....))))))))..((((((((....))).)))))....))))))))))))(((.(((((.(((((((...))))))).))))).(((......)))))).....)))))))))).))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((....(((((((((((((.(((((((...))).))))..)))))))).(((...))).(((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((.((............((((((.((....)).))))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..))).))))......))))).....(((((((((...))))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))(((.(((((((((.((((((((....))).)))))))...)).)))))))).((.(((((.(((((((...))))))).))))).)).........)))))....)))))))))).))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((((((([[[[[[.(((((((((((((.((....)).))))).))))))))........))...............(((.(((((((...)))))))((((....))))..........((.................................{{{......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))....}}}..)))................(((((((((...))))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....]]]]]]....((((((((....))).))))).................((.(((((.(((((((...))))))).))))).))..................)))))))))).))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((.(((((((.((((((((((((((((...)))).)))).)))))))).(((...))).(((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((.(........((((((........))))))...........((((((.(....))))))).(((((((((....)))))))).)))))))..))).))))......))))).....(((((((((...))))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....))))))).(.((((((((....))).))))))...(((((...........(((((.(((((((...))))))).))))).........))))).......)))))))))).))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((.(((((((.((((((((..(((.((....)).)))..).)))))))......(((((.........((((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((........))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))))))...))))))).......((((.....((((((((.....)))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....))))))))(.((((((((....))).))))))...))))))))))))(((.(((((.(((((((...))))))).))))).(((......)))))).....)))))))))).))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((((((((((((((((((((((..((((((..)).)))..)..))))))))))).))))))(((((((((((((((..(((((((.((..))))))).))..)).)))).)))).))).))......(((((((((((........))))))))))).((...((((((((..)).))))))....))(((((((.(((((.((((.(....))..))))))).(((..((((..)))))))...((.((((..(((((((((((((((((..)))).)((((..)))))))))..)).)))))))))))))))))))...(((((((.(((..)))...))))))).(((((((((((((((...)))))))))))))).)(((.......))).....)))))))))).))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................................................((.(....((..((....(.....)..................................................................................))..))...................................).)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................(....(((....(((((...(............).......(.(.........(((.(((......)))......(.....(.............(.........)...................).....))))..).)...................((((((((....))).)))))........).))))...((...........................................)).......)))....)..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((((..((.((((((((..(((.((....)).)))..).))))))).))...))))..........((((.(((((((((((...)))))))...((((((..........................((((((........))))))..(((((....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)...........)))))................(((((((((...))))))))).(((((((.....................)))))))............(.((((((((....))).)))))).........)))))).((.(((((.(((((((...))))))).))))).))......)))).))))...)))))))))).))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((((((.(((((((.((((((((.((((((.....)).))))..)))))))).(((...)))...............(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........(((((((((.....))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))...)))))...))))))).((((..((((.....(((((((((...))))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....))))))))..((((((((....))).))))).........))))))).((.(((((.(((((((...))))))).))))).))..................)))))))))).)). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((((..((.((((((((..(((.((....)).)))..).))))))).))...))))..........((((.((((((((((.....))))))...(((((((.(((((((..(((............((((((........))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...)))..))).....((((((((.....)))))))).(((((((...((((.....)))).....)))))))......)))).((.((((((((....))).))))))).......))))))).((.(((((.(((((((...))))))).))))).))......)))).))))...)))))))))).))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((((....)))).((((....)))).))))...((((.(((........[[[[[.(((<<<.)))((((........)))).(((.....)))...((((....))))>>>......)))............((((..]]]]]))))......((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))aaaaaa...))))...AA.AAAA....(((((..((((((((.....))))))))..(((.((........)))))..(((((.bbb..))))).BBB..))))).((((.((....)))))).(((....))).(((.((....)))))...(((((.....))))){{{{{{(((........))))))).....}}}}}}....... |
