RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00198

RNA: ASE_00198
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCACCGCAGAGCAGGAUGGUGGACAACAUCCACCCGGGGCGACCCGCGGGCCAGUGCCACAGAGAGAAGACCGCCUCCGCGCCGCUGCGCGGCGGUAAGGGUGAAAGGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCGGCCCCGGUGACGGGGCCGGCUCGGUAAACCCCAUCCGGUGCAAGGCCGAACAGGACGCGUCACGAGGGCGGCUCGCCCCAGCGUCCGGGUUGGCCGCUCGAGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGCACAGAAUCCGGCUUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((....))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....((((((.....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((.......((((.((((((.((...(((.((((((....(.((((...(((....)))..............(((.((((((....)))))).)))..)))))...)))))))))........(((((((((((((....))))))).))).)))...)))))))).......((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))))))..((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))).......)))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................((((((.....))))))((((....)))).(((.....(((............(((((.(((..........))).)))...))......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))....))).....(.((..((((......(...........(...(.....).).......).....)))))).)..((((((((....)))))))).............................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..(((.((((..........((((((.....)))))).(((....)))))))))).(((((...........((((((...((((....))))))))))..((((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))...((((.....(((((.((.((..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))))....((((((((....)))))))))).)))))...))))))))))((((((........)))))).))))).......)))))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((...............................................................................................................................................................)))))).............................................................................................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((((((((.....))))))((((....))))..........................(((.((((((....)))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))...(((.....((((((.......((((.....))))..)))))).....))).......((((((((....)))))))).............................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.........((((....(((((((.....)))))(((((....)))...........................(((.((((((....)))))).)))..........))(((((.......))))))).((((((((....)))))))))))).........(((((...((..((((((.(.((((((.......(((((...)))))..)))))).).))))))))..(.((((((((....)))))))).)....))))).......(((((((((.(....).))))))))).........))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((............((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((((........)))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............)))((..((((.....((((((.......((((.....))))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))).................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.(((((......))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....((((((.......((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((........((((....(((((((.....)))))(((((....)))().(((....)))............(((((.((((((....)))))).)))..))......))(((((.......))))))).((((((((....)))))))))))).(......(((((((..((..((((((.(.((((((.......(((((...)))))..)))))).).))))))))(((.((((((((....)))))))).).)))))))))).(...(((((((((.(....).)))))))))..).....))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((((............))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((((((......................))))))...............((((((((....))))))))..........................................................)..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...........(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((......)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))..((((.....((((((......................)))))).....))))......((((((((....)))))))).........................................................))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.....[[[[......))))((((((.....)))))).(((....)))]]]]....(((((.....(((...[[[[[)))..(((......)))]]]]]..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..[[[[...))))...]]]].....(((......[[[[[[)))....(((((...)))))..]]]]]](((..[[[[[)))..((((((((....)))))))).........]]]]]....(((.[[[[[)))...]]]]]....)))))..............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((..((((.....((((((.....))))))((((....))))..(((....)))...........((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))).............))))))..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........)))))))))........)))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.................((((((.....))))))((((....))))........................(((...((((((....)))))))))............((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........................((((((...((((((.......[[[((...))[[[..))))))]]])))))).]]]..((((((((....))))))))..................(((((((((........)))))))))........)))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((............))))))..)).)......(((((.......))))).(.((((((((....))))))))..).))).......)))))))))...(((...(.((((((......((((((...))))).)))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))............................................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..((((((...((..((((.((((((...)))))).((((....)))).........(((...........(((((((((((........))))))))..)).)......(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..)))..))))..))))))))...(((((.(.((((((......((((((...))))).)))))))..)))))).....(.((((((((....)))))))).)..................(((((((((....)))))))))...................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...........((((((.....))))))((((....))))..((.....(((...........((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))....))....))))))..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........)))))))))........)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((..((((....((((((.......((((((((((((.(((..))).....................))))))..((((((...))))))............)))))).........)))))).((((((((....))))))))))))(((..))).....))))))..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........)))))))))........)))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((............((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((((((....)))))).)))..))......((((((.((.....(((.....((((((((....))))))))....)))..)).)))))))))))..((((((...((((((....((((.....)))).....))))))...))))))......((((((((....))))))))..((..((((....((..(((((((((........))))))))).))...))))..))...
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(...((((((......(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.(((((......))))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((.((((((.......((((.....))))..))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))...............................................(....).......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((......(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.(((((......))))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((.((((((.......((((.....))))..))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))...........(...................................(....))......
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.((.(((((......))))).))...)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((.......(((.......)))..)))))).....))))....(.((((((((....))))))))).............................................(.(....).).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((((..........((((((.....)))))).(((....)))))))))).(((((...........((((((...((((....))))))))))..((((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))...((((.....(((((.((.....((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))......((((((((....)))))))))).)))))...))))))))))((((((......))))))...)))))......))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...........((((((.....))))))((((....))))........((((...(((.....((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).........))))))..((((((.(.((((((.......(((((...)))))..))))))..)))))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........)))))))))........)))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((.((((((((((.....))))))((((....))))(((((..(((((...........((((((..((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).....)))))..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))))))).((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........)))))))))......)))).))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((.((((((....)))))).)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))...........((((((......................)))))))))............((((((((....))))))))................................................(....).......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((((..........((((((.....)))))).(((....)))))))))).(((((..............(((.((((((....)))))).)))..((((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))...((((.....(((((.((.....((((((...((((((.....(.(((((...)))))).))))))...))))))......((((((((....)))))))))).)))))...))))))))))((((((.(....).)))))).)))))......))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.(((((((.((........))..((((((.....)))))).(((((((.((((.((((.(((((..............(((.((((((....)))))).)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).....)))))..))))......((....))......)))).)))))))...)))))))))(((((..((.((((((((....)))))))).....))..)))))....))).(((((......)))))...((((..........))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((((..........((((((.....)))))).(((....)))))))))).(((((.....(((...((((((.((((((....)))))).)))..(((((...(((((((.......)))(((((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))))....((((((...((((((.....(.(((((...)))))).))))))...)))))).)))(.((((((((....)))))))).).(((((....)))))...(((((((.(....).))))))))))))......))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((.(..((...))..).((((((.(((((.(((((((((....(((..))).(.............).....(((((.((((((((...))))))).).))))))))))))))..).))).)))))))((((((((....).(((((((((((((....((.............)).(.......).((((...(.(((((...)))))).))))))))))))))).))...((((((((....))))))))(((..)))).))))))..(((((((((........)))))))))......).)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................(.........................................................................(((.(....).)))..)......((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................(.(...).)........((..(............)..........(...................(.......................)......................).)).......................................(.((.....)).)........((......................)).................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((((..........((((((.....)))))).(((....)))))))))).(((((...........(((((...(((((....))))))))))..((((((...((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).(((.......(((((.......((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))......((((((((....))))))))......))))).)))))))))((((((.(....).)))))).)))))......))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..((((((...........((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))...))))))..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))......((((((((....))))))))..................(((((((((........))))))))).................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((((..........((((((.....)))))).(((....)))))))))).(((((...........((((((...((((....))))))))))..((((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))...((((.....(((((.((.((..((((((...((((((.......(((((...)))))..))))))...))))))))....((((((((....)))))))))).)))))...))))))))))((((((......))))))...)))))......))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((.........(((((........))))).((((((.....)).))))...)))))...........((((((...((((....))))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))....((((.....))))....((((((.......((((.....))))..)))))).....(((((.....((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........))))))))).........)))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..(((......[[[[.(((((<<<<....))))).[[[(((....)))..((((..((>>>...........)).))))>)))((((((....))))))..]]]......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...(((..aaaaa...))).(((..{{{{......{{{)))......((((}}}}.))))....}}}.AAAAA....]]]]..((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((........)))))))))..........)))))..

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