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CACCGAGCAGGGUGGUGGGUAACACCCACCCGGGGCGACCCGCGGGAAAGUGCCACAGAAAGCAAACCGCCCCGAGCCGUACGCGGCACGGGGUAAGGGUGAAACGGCGGUGUAAGAGACCACCAGCAUCCCGGGUGACCGGGAUGGCUAGGCAAACCCCACCCGGAGCAAGAUCAAGAAGGAUGCCCCCGGGCAUCCGCGGGAGCGUUCGAGGGCUGCUCGUCCGAGGCUCCCGGGUAGAUCGCACCAGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((....)))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....(((((((....)))))))..((((((...(((((((.]]]]))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((.((((((....)))).)).......................(((..(.(((......))).)..)))..)))))....((.(...........).))..((((((((....))))))))................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((.((((..(((((.((((.((....)).))))....(((........)))....((((((.((((....)))).))))))..)))))..)).((((((........))))..((((((((....)))))))).....))...))))))))...))..((((.....(((((((....))))))).(((((((.(((..((((.....))))))))))))))....)))).(((((((((((((....)))))))).....))).)).)))...(((((((....))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((....))))....................................................................................((((((((....))))))))................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))................................((((((......................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....)))).........((...............(((((((((........)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)).......)))).......((((.........................((((((......................)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((.((((....)))).))))))..))..........((((........))))((((((((((....)))))))).))..........)))))................(((((((....))))))).(((((((..((..((((.....)))))).)))))))(((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((((((....))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((.((((....)))).))))))..)).......((.(((.......))).))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....(((((((....))))))).(((((((......((((.....))))...)))))))....))))......((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...))))))(((((....))))..)......(((............((((((((.((((....)))).))))))..))..........((((........))))((((((((((....)))))))).)).)))......)))))................((((((((..)))))))).(((((((.(((..((((.....))))))))))))))(((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((((((....))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....))))........................((((((((.(((......))).))))))..))(......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).......)...)))).......((((.........................((((((......((((.....))))...)))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((...)))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......[[[[[))).....]]]]].((((.[[[[.....))))....]]]]..............((((((.((((....)))).))))))..(((((.......((((........))))..((((((((....))))))))[[[..........)))))..]]]........((((((((((....))))))).[[[[[[[.)))..((((.....))))...]]]]]]](((.[[[[[.))).((((((((....)))))))).........]]]]]....(((((((....))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((.((((....)))).))))))...))).....((.(((.......))).))((((((((((....))))))).))).))))..))).))))...))...........(((((((....))))))).(((((((.(((((.((....)).).)))))))))))(((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((((((....))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))..((((....))))........((((..............((((((.((((....)))).))))))..............((((........))))..((((((((....))))))))....))))....))))))................(((((((....))))))).(((((((.(((..((((.....))))))))))))))..............((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((((((((((...))))))).((......))..........(((...........((((((((((.(.(......)))))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......))..........(((.....(((((.((......((...................((...))))..))))..)...)).))).....(.((((((((....)))))))))........).....))............)))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............((((((((.((((....)))).))))))..))........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...)))))))........(((..((..((...((((......................(((((...))))).)).)).))..)).)))..(..(.((((((((....)))))))))..).....)).......................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))((((((....)))..)))....((((...........(((((((((.((((....)))).))))))...))).....((.(((.......))).)).(((((((((....)))))))).)..))))....))))))................(((((((....))))))).(((((((.(((((.((....)).)).))))))))))(((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((((((....))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((([[[[((((((...))))))((((((((...)))(((....((((......(((...((((((((.(((((..))))).)))))...........))).((((........))))..((((((((....))))))))))).))))..)))..))))).....[[[[.....((((((((..)))))))).[[[[[[[.[[[[....)))))))..]]]]]]]]]]]....]]]].]]]].((((((((.......(((((...))))).)))))))).((((((((..)))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......)))(((((((...)))))))((((....)))).(((.....(((...........(((((((((.((((....)))).))))))...))).....((.(((.......))).))..((((((((....))))))))....)))...))).(((((((((...........(((((..(((.......(((....))).....))).....)))))...)))).)))))..(((.((...((((((((....)))))))).....)))))........(((((((....))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(.......................((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...............((.(....).)..).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))..))))))))))))...((((.........................((((((.....((((((...))))))..)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))...................(.(....).)....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((........................((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...............((.(....).)..).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))..))))))))))))...((((.........................((((((.....(((((.....)))))..)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))...................(.(....).)....... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((.((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))...)))))))))))))(..((((.........................((((((.....((((((...))))))..)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)................(.(....).)....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((.((....(((((.((((((....)))).)).....(((........)))....((((((.((((....)))).))))))..)))))....((.(((.......))).))..((((((((....))))))))..........))))))))................(((((((....))))))).[[[[[[[))))).((((.....))))...]]]]]]](((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((((((....))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))).((((....))))........((((...........(((((((((.((((....)))).))))))...)))........(((.......)))...((((((((((....)))))))).)).)))).....)))))................(((((((....))))))).(((((((..((((..........)).)).)))))))(((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((((((....))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...)))))))((((....))))((((......................((((((.((((....)))).))))))..((((........((((........))))..((((((((....)))))))).........))))..))))......(((((....(((((((....))))))).(((((((......((((.....))))...)))))))..............((((((((....)))))))).........)))))....(((((((....))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...........(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).................................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((.((((((((((.....))))))((((....))))...........................(((((((..........)))))))...((((.....((.(((.......))).))((((((((((....)))))))).))......)))).))))...))...............................((((((......................)))))))).............((((((((....))))))))......................(....)......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((...((((((((.....))).((((((....)))).))......))))).....)).....((((((.((((....)))).))))))...))))....((((((...........((((((((((((....))))))).))).))......(((...((.((..((((.....(((((((....))))))).(((((((.((...((((.....)))))).)))))))....)))))).)).((((((((....)))))))).....)))...)))))).(((((((....))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((.((....(((((.((((((....)))).)).....(((........)))....((((((.((((....)))).))))))..)))))....((.(((.......))).))..((((((((....))))))))..........))))))))((.((..((((.....(((((((....))))))).(((((((.((...((((.....)))))).)))))))....)))))).)).....((((....)))).)).((.(((.....)))))..(((((((....))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((.((((....)))).))))))...))).....(((((((........))))..((((((((....))))))))))).))))...)))))))((.((..((((.....(((((((....))))))).(((((((.((...((((.....)))))).)))))))....)))))).)).((((((((....))))))))))...(((.......)))(((((((....))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))).((((((((((((((.(.(......)(((..))).((..((........))..))(((((((((((((..)))))))))))))))))))))).(((........)..)).(((((((((((((..))))))))).)).)).....))))))(........)((..)).((((((((..)))))))).(((((((.(((..(((((...)))))))))))))))(((.(((((((.(((((((((((..))))))))))..).)))..))))))).((((((((..)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................(..........(.......)...................).................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................(..(..(......).........).....................................(..)..................................(...........)...........(.((...........................)).)....(((((.(......).))))).........)........................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.....)))...((((....))))..........................((((((.((((....)))).))))))..............................((((((((((....)))))))).))...............((.((..((((.....(((((((....))))))).(((((((.((.((.((....)).)).)).)))))))....)))))).)).((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((.((((....)))).))))))...))).....((.(((.......))).)).(((((((((....)))))))).)..))))...))).)))...((..((((.....(((((((....))))))).(((((((......((((.....))))...)))))))....))))))....((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((...((((((((.....))).((((((....)))).))......))))).....)).....((((((.((((....)))).))))))...))))....((((((...........((((((((((((....))))))).))).))......(((...((.((..((((.....(((((((....))))))).(((((((.(..((.((....)).))..).)))))))....)))))).)).((((((((....)))))))).....)))...)))))).(((((((....))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....))).((((((.....)).)))).....)))))............((((((.((((....)))).))))))..((((........((((........))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((((...........(((((((....))))))).((((....)))).((((.....))))...))).))))))....(((.....))).(((....))).((((.......)))).......(((((((....))))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
