RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00204

RNA: ASE_00204
Rfam family: RNaseP_bact_b

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((((((...))))))...((((((..(((((((............))))))).((((((((((............(((((((((.(((.......((((...(((((((..(((...((((...))))..)))...))))....)))........)))).(((((((....))))))).......)))......((.........))..))))))))).(((((......((((((((((.........)))))))))).......))))).))))))))))...)))))).......))).)))))....))))))).......((((((((((((....))))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((.)))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((.........)))))).((((((....)))))).....((((....((...(((.....)))..)).....))))....................((((((....))))))........................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((.....))))...........................))))))...............................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((((((...))))))............((((..((((((......))))))...((((((.........)))))).......(((((.........((((.(((((((....)))..))))..))))........)))))......((((..........(((((((....))))))).........))))........))))..........................(((((((((((.........)))))))))))((((.....))))........)))))))......................)))))))).......((((((((((((....))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.........)))..................((((((......))))))............((.(..........).))................................................................................((((((....))))))................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((((((...))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((...........................................(((((..(((...((((...))))..)))...))))).....((((........(.(((((((....))))))).).......)))).....))))))))))...(((...........)))....((((((((((.........))))))))))(((((.....)))).).........................))))))))...)))))))........((((((((((......)))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((...))))))...........((((((.((((((......))))))..(((((((.........)))))))..(((((((((.........((((.((((((((()))))..))))..))))........))))).)))).((((.(.....((.(((((((....))))))).))....).)))).......)))))).....((.............))...(((((((((((.........)))))))))))((((.....)))).......))))))))......................)))))))).......((((((((((((....))))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((((((...)))))).(((...)))....((((((((((......))))))..[[[[[[[)))).....]]]]]]].......(((.....[[[[[)))............]]]]]..(((((((..((((........))))...[[[[.)))))))..(((((((....))))))).........]]]]...........(((((..[[[...)))))...]]]...(((((((((((.........)))))))))))((((.....)))).......))))))))).......(((((...(((....)))...)))))...((((((((((((....))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((...)))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((((((((.........)))))).((((((...)).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..))).)))))))).......((((((((((((....))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((((((...))))))..................((((((......))))))................................................................................................(((..........(((((((....))))))).........))).......................................(((((((((((.........))))))))))).(((.....)))....................................)))))))))).......((((((((((((....))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((...))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((.........)))))).(((((.....).))))..(((.(((((((((...(((.....)))..))))).)))).......))).......(..((.((((....)))).))..)))))))..............)))))))................))))..(((((((.((.........)).))))))).((((.....)))).......))))))))......((.(..)..)............................).).))...............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((.((((((...)))))).(((...))).((((((.((((((......)))))).((.((((((.(.................)..(((((.....).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))........((((((((((.........)))))))))).((((.....))))........)))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((...)))))).....(((((...(((((((((((......))))))...((((((.........))))))(((((((((.(((.......((((.....((((((((((..........))))).......)))))..............)))).(((((((....))))))).......))).....................)))))))))..)))))....(((((((((((.........)))))))))))...)))))............)))))))))......................))))))).......(((((((((((((..)))))))))))))
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((((((((((...)))))).......(((...(((((..(((.((((.(((.....((.((((((......................((((((...)).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).......)))......))))))))))))..(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((...)))))).(((...))).((((((.((((((.(...)))))))....((((((((((((.........)))))..((((((...)).)))).....(((((..(((.(.((((...)))).))))...)))))......).)))))).....(((((((....)))))))....................))))))....(((.(.....))))........((((((((((.........))))))))))(((((.....)))).).....))))))))).(((.............)))..))))))).......((((((((((((....))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((...)))))).....(((((...(((((((((((......))))))..((((((((......................((((........)))).....((((((((((..........))))).......))))).....((((..........(((((((....))))))).........)))).....))))))))................)))))....(((((((((((.........)))))))))))...))))).((((...((((........))))..))))....))))).)))))))))).......((((((((((((....))))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((.(((((((.)))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((.........))))))...................((.((((....((................)).....)))).....((((...(...)...(((.((....)).)))..........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))..............)))....))))))).................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((((((((((...)))))).......(((...(((((..(((.((((.(((.....((.((((((......................(((((.....).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).......)))......))))))))))))..(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((...((.((((((...)))))).))..((.((((((((((..(((.((((.(((.....((.((((((......................((((........)))).....(((((..(((...((((...))))..)))...)))))........)))))).))..(((((((....))))))).......)))......)))))))))))).........(((((.(((((....((((((((((.........)))))))))).((((.....))))..............)))))...)))))))))))).))))))))).(((....)))(((((((((....)))))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((...)))))).......(((.(((((((((((((......)))))).((.((((((......................(((((.....).))))((.((.((((..(((...((((...))))..)))...))))))...))..)))))).))..(((((((....))))))).......))((......))..)))))....(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))).(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((((...)))))))...(((.((((((..(((((((((...).)))))).))((.(((((((((...........)))))((((((..(((((.(((..))).)..))))((.(.((((...)))).)))..))))))...((..)))))))).((..))(((((...).))))(((((...((((((((.(((((...((((((((((..))))))))..))....))((((((((((.......))))))))))..).))..)))))))))))))....(((.(......))))).)))))))))).))))))).......((((((((((((....))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................(.(.(((((....((...))............(..(.......).....)......(..(..............)..)..(((........)))......((.....(.....)...))..............(.(.....).)...................................)))))....(.(..................)....).......).)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((((...))))))...................(((((......)))))...........................................((((((..(((.......)))...((((...)))).....))))))..................((.(((((((....))))))).)).................................................((((((((((.........))))))))))...................................................)))))))).......((((((((((((....))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((((((((((...)))))).......(((.((((((.((((((......)))))).((.((((((......................(((((.....).))))......((((..(((...((((...))))..)))...)))).........)))))).))..(((((((....))))))).........((......)).))))))....(((........)))...)))..((((((((((.........)))))))))).((((.....)))).......))))))))..(((..((.....))..)))..))))))).......((((((((((((....))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))..(((((.....))))).......((((.((........)))))).(((.....))).((((.........))))..........((((........)))).....((((.(((((..........)))))......((((................)))).(((((((....)))))))................))))....(((((........)))))..........((((((((((.........)))))))))).((((.....))))...((((........))))....(((((................))))).....((((((((((....))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))..(((((.....)))))........(((.((.....[[[))))).((((]]]..))))..(((..............<<<<((((.{{{))))....}}})))...((((.(((((....>>>>..)))))......((((................)))).(((((((....)))))))................))))....(((((........)))))..........((((((((((.........)))))))))).((((.....))))...((((........))))....(((((................)))))...((((((((((((....))))))))))))

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