RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00205

RNA: ASE_00205
Rfam family: RNaseP_arch

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..((((((...))))))..)))))..((((((..(((((....)))))..(((((..(((((......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))))))).........)))).....(((.(((......))))))...)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((..........((....)).....(((.((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((............(((((((((((.......................................................)))))))))))........))))...)))))..)))...((..(((((...............))))).....))...........................))))))))...)))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((....(..(((((..((((((...))))))..)))))....((....(((((....)))))((((((((((.(........((((..........(((((((((((((.(...((........)).....((((((((....))))))))...........).)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))..((((...........))))........).))))))))))))...............)...)))))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((...................(....).(((((................(((((....)))))(((((.....))))).....((((...(......(((((((((((((......................((((((((....)))))))).............)))))))))))))....).))))..(((((((.........)))))))......................................................))))).....))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((.(((......(((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((..........(((((((((((((...............((((...((((((((....))))))))..)))).......)))))))))))))............(((((((.........)))))))...((((...........)))).....)))).......))))))......))).)))))))).)))))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((..((((.(((((..((((((...))))))..)))))..((((....(((((....)))))((((((((((.((.((....((((.(.(......(((((((((((((.(...(((......)))(((..((((((((....)))))))).))).......).)))))))))))))....)))))).((((((((.........))))))))..((((...........))))....)).)).))))))))))))..((......)))))))).)))))))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((.........((((()))))......(..((((..........(((((.(((((....)))))(((((....)))))..............................(((((.............(..................)..................)))))........................)))))..............((..((........)).)).....................................)))).)...))..))))).)))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((..(((....))).(((...))).)))))..((((.(((((((((((....)))))(((((((..(((((......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......)))))).(((......)))))))..)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((..((((.(((((..(((((.....)))))..)))))....(((((((((((....)))))(((((((..(((((......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......)))))).(((......))).)))).)))))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((........(((...(((((.....)))))...))).....(((((.(((((....)))))((([[[[[[[[[))).....((((..........(((((((((((((......................((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))..(((((((.........)))))))......]]........................]]]]]]])))))...................)))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((.(((((.(((...((..((((..)))).))..((.(((((..........(((.((.((((....)))).(((((.....))))).......((............((.((((((((......................(.((((((....)))))))..............)))))))).))........)).....)).))).......(.((..(((...............)))......)))...........................)))))))..))))).))).)))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((....(((((..((((((...))))))..)))))[[[[[.....(((((....)))))[[[[[[[[[[[[[[......((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))....))))).]]]]]..((((((((...............))))))))..........]]]]]]]]].............]]]]].....)))))))))))))
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((....)))((((...)))...(((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((...(((((((((((...............(((...............)............)).......))))))))))).(...))))))).)))))))..)))(..((..(((((...............))))).....)))(...).....)))))))...((........)..)...)))))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((....((.(((....)))))..(((.(((((.(((......(((((((((((....)))))(((((((..(((.((.....((((..........((((..(((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......))))))......))).)))))))).)))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..((((((...))))))..)))))..(((((((((((((....))))((((((.....))))))....((((..........(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))......))))..))))))))).....(((((((((...............)))))))).).......)))).....(((.(((......))))))...)))))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.......(((((..((((((...))))))..)))))....(((((((((((....)))))(((((((..(((((....................(((((((((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))))))...........((((((((.........))))))))...)))))...)))))))...................))))))...................)))))))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((..........((....)).....(((.((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....................(((((.(((((.......................................................))))).)))))...............)))))..)))...((..(((((...............))))).....))...........................))))))))...))))))).)))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..(((((....).))))..)))))..((((((..(((((....)))))..(((((..(((.((.....((((..........((((..(((((((.(..((....))..((((...(((((((((....)))))))).)...))))..).)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))))))).........)))).....((((.((......))))))...)))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((...(((....)))((....))))...((((((..((((((..(((((....)))))..(((((..(((((......((((..........((((..(((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...)))))))))))...)).))))))((((((....(((......))))))))))))))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((..(((....)))((....))...)))))).((((.(((((((((((....)))))(((((((..(((.((.....((((..........((((..(((((((.(((((((......))))))..((((((((....))))))))...........).)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))).(((.....))).......)))))).(((......)))))))...))))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.(((((.(((.(.((((((...))))))..((((.((..))))))(((((...).))))((((((((((.(((..(((((((..)))))))))...(((((.(..((((((((.(((((..)))))....)))))))).((..).(((((....(((....((((((...................(((((((...((..)))))))))))))))...)))...))))))....))))))))))))).))))(..)...).)).).)))))))))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((........((((..((((.......))))..))))...........(((((....)))))..(((((..(((........((((..........((((..(((((((.....................(((((((((....)))))))).)...........)))))))..))))......)))).((((((((.........)))))))).....)))...))))).............................(........).......)))))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.((((..(((((..(((((....).))))..)))))..((((((..(((((....)))))..(((((..(((((......((((..........((((..(((((((..((((((......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))..))))......)))).((((((((.........))))))))...)))))...))))))))))).........)))).....((((.((......))))))...)))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....))).......((((........(((((.....))))).(((((.......))))).(((....))).((((((.....))))))...((((((.............)))))).)))).(((((......)))))...((((((((....)))))))).((((.......)))).((((........))))....((((((((.........)))))))).(((((...........))))).......(((((((((..((((.((......)))))).....)))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....))))...(((((((..((((..(((((.....))))).(((((.....))))).(((((....)))))(((.....<<<<)))....(((>>>>..........{{{..)))}}}..((((((......))))))..((((((((....)))))))).((((.......)))).((((........))))......))))....((((..(((((((([[[.[[[[.......)))))))).........]]]].]]].((((.((......))))))....)))).))).)))).

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