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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00209



RNA: ASE_00209
Rfam family: RNaseP_arch

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........((((........)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((........................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).)).))))).
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((...((((((....(((((((....))))))).......(((...((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............(((((.........))))).......))))))))))..)).........))).)))))))))))...)))......)))))).......((((.....)))).))).....(((((((......(((((.........))))).....))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.......(((((((....)))))))((....))...)))...........((((((((((....))))((((((....))))))..................((((((((((((((............(((((.........))))).......))))))))).)).).))...........)))))).......((((...(.((((((.(.((....)).).)))))).)...))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........(((((........)))))......(..((((............((((((((((....)))))(((((....)))))..........................(((((..............((..(.........)..)).........)))))......................)))))..................(((................)))......................................)))).)...)).))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((..[[[...)))).....((((..(((....)))..)))).....]]]......((((((....))))))........(((((...(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).[[[.........)))))..]]]((((................[[[[[[.......))))...]]]]]].((((((..[[[[[[[.....))))))...................]]]]]]].
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((.......(((((((....))))))).(((...))).))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((...(.....)(.(......).)..........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((...(((((((....))))))).......(((...((((........((((((.(((((......((((((....))))))...((((...............((((((((((............(((((.........))))).......)))))))))).))))....)))))....))))))))))...)))......((((((..............)))))).[[[[[[[[[[[.........)))))).........]]]]]]]]]]].))))..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((....))..(((((.((((((....))))))(((....))).(((((((.(((((..((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))...((.((........)))))))))....((((....(((((.....(((......))).....)))))...))))..))))))).....))))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((...(((((((....))))))).............((((........((((((.(((((......((((((....))))))..(((((.............(((((......)))))........(((((.........))))).........)))))............)))))....)))))).......((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...))))))...........((((.....))))...
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....((((((...(((((((....))))))).((.....))...((((...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).....))))...)))))).........))).((......))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((((((....))))((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((......))((.((((((((....)))))).)).)..(((((..(........)...(((((..)))))(((.((((((((..))))))))))))))))...).(.(((..))).)((((((...............(((.(((......)..).).))))))))).(..)(((((..))))).(((........)))..)((((.((..(((((((.(........).)))))))...))))))(((((((((....((((((.......))))))...))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((....))))))(((....)))................((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...)))))).......((((.....((((((.(..........).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..((((........)))).....((((.((.........)))))).............))).(((....))).((((((....)))))).........(((((((.....)).)))))...............(((((.........))))).......((((.((....))))))...(((.(((((....)))))...((((.....((((((..............)))))).....)))).)))........((((((.........)))(((.....)))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..((((........)))).....((((.((((....)).)))))).............))).(((....))).((((((....)))))).(((.(((.((((.......[[[[[))))..]]]]]...(((..(((((.........))))).......((((.((....)))))).......))))))...(((((((.((.((.....))))))).....((((.....)))).....)))){{{{{{{........(((.........))))))....}}}}}}}.