|
|
|
AACCGAAGGGCAGCUGACGGCCCAUUUUUGGGCUGAGGAAACUCCACCCAUCAUACAGAACCGCGGUGCCGUGAGGCAUCAGCUGAGAGGCUGGACCCUGGAGCAGAAACGACACGUCUUCUGGUGGAUGAUAAUGAAGCUUCACCCUUAAAGGAGCAGACUGACACCAGGAGGACCGGUGAAACGGCCAUUCCGCGGGAUGCAAGGACAAAUACUGCCUGUGAUUACUGUAGGAGGCAGAGGUAGUCCGCCGAGAUGAAUGCUGCCGAAACAGAAGGUGGGUUACUCUCGGCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((((((....)))))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............(((((.........))))).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..]]]]])))))))).....))))............)))))).........}}}}}}}}.)).))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....))..(((((.((((((....)))))).((....))..(((((((.(((((..((((((.(((....)))..(((((....)))))...(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))...(((.(........)))))))))....((((....(((((.....(((......))).....)))))...))))..))))))).....)))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((.......(((((((....))))))).......)))(((((((.(((((..((((((.(((((.(((..((((((....))))))..))).............((((((((((((((............(((((.........))))).......))))).))))))..)))..)))))....))))))...(((...........))))))))....((((....(((((..((..((.........)))).)))))...))))..))))))).....)))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..........((((........)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((........................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).)).))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((....)))))))((....)).................((((((((((....))))((((((....)))))).....................(((((((((((............(((((.........))))).......))))))))).))................)))))).......((((.....((((((..............)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((........))))(((....)))...((...........(((((.((((....))))((((((....))))))......................((((((((((............(((.............))).......))))))))))...................))))).......((((.....(((((................))))).....))))..............................))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((((....(((((((....))))))).......(((...((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............(((((.........))))).......))))))))))..)).........))).)))))))))))...)))......)))))).......((((.....)))).))).....(((((((......(((((.........))))).....))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.......(((((((....)))))))((....))...)))...........((((((((((....))))((((((....))))))..................((((((((((((((............(((((.........))))).......))))))))).)).).))...........)))))).......((((...(.((((((.(.((....)).).)))))).)...))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........(((((........)))))......(..((((............((((((((((....)))))(((((....)))))..........................(((((..............((..(.........)..)).........)))))......................)))))..................(((................)))......................................)))).)...)).)))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..[[[...)))).....((((..(((....)))..)))).....]]]......((((((....))))))........(((((...(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).[[[.........)))))..]]]((((................[[[[[[.......))))...]]]]]].((((((..[[[[[[[.....))))))...................]]]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((.((((..(((((((....))))))).))...))...))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....))........((((((....))))))(((....)))................((((((((((....))))((((((....)))))).........(((...........[[[[[[[[[............(((((.........)))))...))).]]]]]]]]]..(((......))).....)))))).......((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((...((..((((((......)))))).))..((.(((((............(((((.((((....)))).(((((....))))).....................((((((.((((.............((((((......).)))))........)))).))))..))...............))))).......((((.....(((((................))))).....))))...............(...).......)))))))..))))))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((.......(((((((....))))))).(((...))).))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((...(.....)(.(......).)..........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(((((.........))))))))..))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((...(((((((....))))))).......(((...((((........((((((.(((((......((((((....))))))...((((...............((((((((((............(((((.........))))).......)))))))))).))))....)))))....))))))))))...)))......((((((..............)))))).[[[[[[[[[[[.........)))))).........]]]]]]]]]]].)))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((((........)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((.............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))...((........)..).)).)))))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((((........)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((.............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))...((........)..).)).)))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....))..(((((.((((((....))))))(((....))).(((((((.(((((..((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))...((.((........)))))))))....((((....(((((.....(((......))).....)))))...))))..))))))).....))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.......(((((((....))))))).(((...))).)))...........((((((((((....))))((((((....))))))..(((((..(((..(((...))).....................(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...)))))).......((((.....((((((..............)))))).....))))((((((((.(((.(((((.........))))))))).))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((...(((((((....))))))).............((((........((((((.(((((......((((((....))))))..(((((.............(((((......)))))........(((((.........))))).........)))))............)))))....)))))).......((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...))))))...........((((.....))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..........((((........)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((........................................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))...........................)))))))).)).))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((((((...(((((((....))))))).((.....))...((((...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).....))))...)))))).........))).((......)).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((((((....))))((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......))((.((((((((....)))))).)).)..(((((..(........)...(((((..)))))(((.((((((((..))))))))))))))))...).(.(((..))).)((((((...............(((.(((......)..).).))))))))).(..)(((((..))))).(((........)))..)((((.((..(((((((.(........).)))))))...))))))(((((((((....((((((.......))))))...))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((....))))))(((....)))................((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((.((((........(((((......)))))........(((((.........)))))...))).).))))).((.(((......)))))...)))))).......((((.....((((((.(..........).)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((........((((((....))))))(((....)))..))).))...((...((((((.(((....))).((((((....))))))..(((((..(((........(((((......)))))........(((((.........)))))...)))...))))).((.(((......)))))...))))))..))...((((.....((((((...((....))...)))))).....))))(((((((..(((.(..((.........))..))))..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((........)))).....((((.((.........)))))).............))).(((....))).((((((....)))))).........(((((((.....)).)))))...............(((((.........))))).......((((.((....))))))...(((.(((((....)))))...((((.....((((((..............)))))).....)))).)))........((((((.........)))(((.....)))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((........)))).....((((.((((....)).)))))).............))).(((....))).((((((....)))))).(((.(((.((((.......[[[[[))))..]]]]]...(((..(((((.........))))).......((((.((....)))))).......))))))...(((((((.((.((.....))))))).....((((.....)))).....)))){{{{{{{........(((.........))))))....}}}}}}}. |