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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00210



RNA: ASE_00210
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....(((((...((((.((.........)).))))....(((((..((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..((....))....(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))..(((....((((((....))))))((((............)))).))).)))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........(((()))).....(((.(((((((((......(((((...(((((....)))))......((((............(((((((((((...............................))))))))..)))........)))).....))))).))))...((....))..............................))))))))..))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........((....))(((....)))(((.(((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((((((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((((((((.....)))).))))...(............)))).....)))))))).
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.....((.(((....))).))..((.((((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((.(((((((((.......(((...........))).....)))))))))...))........)))))))))))))))))))...(((((.((.....))..))))...).............)))))))...))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.......)((..))((((....))))((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((((((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((((((((.....))).)))))((((............)))))))..)))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........(((()))).......(..((((...........(((((...((((....)))).............................((((...........((.(........))).......))))........................)))))..........(.(()).).............................)))).)...))))).)))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...............((((....))))((((........((((((..................(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))((((...((((((((.....))).)))))))))...............))))..)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((.(((....)))))..(((.((((((((((.....(((((...(((((....))))).(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((((((((.....)))).))))................)))))))).)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((................((((....))))((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((............((.(((((((((......((((....[[[....)))).]]])))))))))...))........)))))))))))))))))))...((((((((.....))).))))).(((............))).)))...))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((....((..(.......).))..((.(((((..............((..(((((....))))).......(((............((((((.((((..............((......)).......)))).)))..)))........))).....))..................................................)))))))..))).)))))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.......(((....)))....(((.((((((((((.....(((((.(((((((....)))))))((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))).))))))))))...((((((((.....)))).))))................)))))))).)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...............((((....))))((((((((.....(((((..((((((....))))))(((((((((..........(((..(((((((((..............(((.........)))))))))))).....))).....)))))))))))))))))))......(((((.....)))))....((((............)))))))..)))))))).
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.......(((....)))....(((.((((((((((.....(((((.(((((((....)))))))((((((((.......(((.....(((((((((......((((....[[[....)))).]]])))))))))..)))........)))))))).))))))))))...((((((((.....)))).))))................)))))))).)))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...............((((....))))...((((.....(((((..(((((((....)))))))......)))))............(((((((((......((((...........))))....)))))))))....))))....(((((..(((((....((((......(((((.....)))))....)))).......)))))...))))).)))))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.........(((()))).....(((.(((((((((......(((((...(((((....)))))......................(((((.(((((...............................))))).))..))).................))))).))))...((....))..............................))))))))..))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((.(((....))).)).(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((.........((((....))))...(((((.....((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))))))))..))))).......(((((......((((............))))))))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...............((((....))))((((.((.....((((((..((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((.(....).......(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))))((((...((((((((.....))))).)))))))............)).))))..)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((..(((.(((........)))))).((((((((((.....(((((..(((((((..)))))))(((((((((..(((((((((...((((((((((..............((((.......))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))(((((......)))))(((((.(........).)..)))).)))))...))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(...((....))...).(((.(((((..........(((((..((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........)))))))))))))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.......(((.....)))...(((.((((((((((.....(((((.(((((((....))))))).(((((((.......(.......(((((((((.............................)))))))))....)........)))))))..))))))))))....(((((((.....))))).)).................)))))))).)))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((.(((....)))))..(((.(((((..........((((...((((((....))))))(((((((((.......(((.....(((((((((..............(((.........))))))))))))..)))........))))))))).)))).((((...((((((((.....)))).))))))))............)))))))).)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.(((.........))).((((....))))))))...((((........(((((((....)))))))..((((((..............)))))).....)))).((((...........))))....(((.....((((.((..........)))))).(((....))).))).(((((.....))))).....(((............)))((((....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((.........))).((((....))))(((((((((((..[[[[[.(((((((....)))))))..((((((..............)))))).....)))).((((...........))))....((((....)))).)))).....((((.....]]]]]))))....((((((((.....)))).)))).(((............))).)))...))))))).