RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00214

RNA: ASE_00214
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCAGAGGGCAGGGUGCUGGCUAACGGCCAGUCGAGGCGACUCGCAGGAAAGUGCCACAGAAAACAGACCGCCCGUUCCGAAAGGGGCGGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUCCGGGGUGACUCGGACGGCUCGGUAAACCCCGCCUGGAGCAAGAGCCAAUAGGAGCGCGUCCUCGCCGUACGGAGGACAGGGAUGGCCCGUCCCAUGCGUUCGGGUUGCUCGCUGAUGAGGCCCCUGGGCAACCAGGGCCCUUAGAUGAAUGUUCACCGCCCAUCCCGAAAGGGGUGGGAACAGAAUCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((((((..((....))))))).(((((.]]]])))))..)))))).....))))........((((((((......)))))))).................(((((((((....)))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.((((((((((...(((.((((((((((.....))))))...((((..((....))...)))).......((.....(((((((((....)))))))))..((((....(((((((.......)))))))((((((((....)))))))))))).))..)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))..)))...))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(((((((...)))))))((((....))))..........................(((((((((....)))))))))..(((((...(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).............))))).......((((......((((((.....................(((.........)))..)))))).....))))........((((.((((....)))))))).......................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((...(((.(((((((((((...)))))))((((.....((((.((......))............(((((((((((....)))))))))..))))))..(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).))))....)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))..(((....)))...((((((((....))))))))..)))...))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((......................................)))))).................((.((((((....)))))).))................).....................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((....)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))............((((((......................(((.......)))...)))))).................((.((((((....)))))).))................).....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((...(((.(((((((((((...)))))))((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((..(....))))))).(((((.....)))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))........))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................(((..(((((((((((...)))))))((((....)))).......(.((.............(((((((((((....)))))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....)))))))))).).....................((((.((...((((((((((((........)))))).(((((.....)))))..))))))...))))))........((.((((((....)))))).)).................))))..)))............................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((((........)))))).(((((.....)))))..)))))).....))))((....((((.((((((....)))))).))))........))......((((((((....)))))))).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((((((...(((.(((((((((((...)))))))((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..))(.....(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).).......)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((..((())))))))).((((((...))))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).)))))........(((....((((((((....))))))))....))).))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((((................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.((..........)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((........................................))))).................((.((((((....)))))).))................................................))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((......(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((((......))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))(..((((......((((((......................((((.....))))...)))))).....))))).......((.((((((....)))))).))....................((((........)))).........)))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((((..((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))...........((((((((((((....)))))))))..[[[[....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))..]]]]...)))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..)))))))((((.(((((.((((((....)))))).)))))(((...(((((.....(((((((....))))))))))))..)))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((((((((....)))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).((((...(((((.(((....)))))))).))))......((((....((((((((....))))))))....))))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.((((((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).(((((.....)))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).))))).......((((....((((((((....))))))))....))))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((((........)))))))..)).).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))).......))))))))....(((..((..(((((((.....................(((((...)))))..)))))))..)).))).......(.((((.((((....)))))))))..................(((((((......)))))))................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............(((((((((((....)))))))))..))..(...(((((((.(...).)))))))((((((((....)))))))).)..))))...))))))))))))..(((((.((..(((((((.....(...............(((((...))))).))))))))..)))))))......(.((.((((((....)))))).)).)...............(((((..((....)))..))))...............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.(((((((((((...)))))))((((....))))..........((...........((((((((((((....)))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))...)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).)))))........(((....((((((((....))))))))....))).))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((......((((..((((..[[[[[.(((((...)))))...........))))..........((((((((((((....))))))))...........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...))))..))))...)))))))..((((......((((((((((((]]]]]...)))))).((((((...))))))..)))))).....)))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))..)))...))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((..........(((((((...)))))))((((....))))..((.....(((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).....))..)))))))..(((.((((..((((((.(((((........)))))..((((((...))))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))........))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(......((((...(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))....((..(............((((..............))))..((((.....((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).........)))).....)..)).............................................................))))...............((((.(((....)))))))............................................(....)).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....................(((((.....)))))..))))))...).)))).(....(.((.((((((....)))))).)))..).....)......)......................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((..........))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..(...((((((.....................(((((.....)))))..))))))...).)))).(....(.((.((((((....)))))).)))..)............)..(......................(....)).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(....((((((.....................(((((.....)))))..))))))...).)))))(....(.((.((((((....)))))).)))..).....)......)......................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((..........))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..(...((((((.....................(((((.....)))))..))))))...).))))......(.((.((((((....)))))).)))...............)..(......................(....)).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((.........((.(((((..........)))))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))...)))))))))))))(..((((......((((((......................((((.....))))...)))))).....))))).....(.((.((((((....)))))).)))...............).......................(.(....).)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((.((((((((((.....))))))((((....))))........((((...........((((((((..((....))..)))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..(((.((((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))..)))...))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.(((((((((((...)))))))((((....))))........((((...........((((((((((((....)))))))))...)))....(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(((..(((((((((((((.....).)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).))))).......((((....((((((((....))))))))....))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..(((((....((((.(((((((((((...)))))))((((....))))..........................(((((((((....)))))))))..........(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........)))).)))).......))))).....(((((.((((((........)))))).((((((...))))))............))))).....(((((.((((((....)))))).))))).......((((....((((((((....))))))))....))))..))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))......................................................................................................................).....................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))).............((((((......................................)))))).................((.((((((....)))))).)).............................................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.((((((((((.....))))))((((....))))........((((...........((((((((((((....)))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))..)))...))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......((.(((((((...((.(((((((((((...)))))))((((....))))........((((...........((((((((((((....)))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).....))..((((.(((....))))))).))).(((...((((.....((((((((....))))))))))))..))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((.(((...((..(((((.....))).(.((((....))))).....))..))...........((((((((..((....))..)))))..((((....(((((((.......)))))))((((((((....)))))))))))))))....)))..)))))))..(((.((((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))..)))...))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((..))((((.(((((((((((...)))))((((.((((.(((.(((((...((.(......).))((((((((((((((..))))))))))..))))...((((((((((..)).))))))).((((((((..))))))))(((......).)))).)))))))....))))...))))....((((((..((..))))))))....)).))))))))((((.(..((((...))))).))))(((.(((((((..))))))))))(......).(((((.((((((((((..))))))))))))))).).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................(.(((....))).((...((...........................(.)......))))...................................)......................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................(...((.(.....................(.(...).)...........(((....)))......(..(........(...........)..).....................)...(...............................(((.).))..)..(..((.((((((....))))))))...)......).))......).....................((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.(((((((((((...)))))))((((....))))........((((..............(((((..((....))..)))))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).....(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))........))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((...((((.((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((((((((....)))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(....((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))....)))))......((((.((((((....)))))).))))................((((((((....))))))))................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...(((.((((((((((.....))))))((((....))))........((((...........((((((((..((....))..)))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).)))).)))))))))..((((.(((..((((((((((((........)))))).((((((...))))))..))))))..))))))).(((.(((((.((((((....)))))).)))))...............((((((((....))))))))..)))...))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....)))..........(((..............(((((((((....)))))))))...(((....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).))).))).(((((..((((.............)))).((((((((((........)))))..(((((.....))))).)))))..))))).((((....))))..((((((....)))))).............((((....((((((((....))))))))....))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).((([[[.))).........]]]...........(((((((((((((....)))))))))..aaa((....((((((....<<<)))))).((((((((....)))))))){{{{.........>>>)).}}}}............(((((((.((((bbb.....))))...(((((BBB..))))).))))))).)))).AAA((((.((((((((.(((....)))))).))))).......((((....((((((((....))))))))....)))).))))...

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