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GAGGAAAGUCCCGGCUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGUAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGUCGGUUCGACCAGUGAGCAACUUGUUGCGAACUUGCGUCGAAACGGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCUGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUACGCAAGUAAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAGCUUGAGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGGUCGCCACGCGAGUGGAUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((((((((....)))))))))))).)((...(((((...........((((((((((.(((((((((....)))))))))...)))))))))).........)))..)))))))))))))...((((......(((((((.((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......((((((.((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.((((((((((..((((....))))..)).)).))))))..................((((.((((((.....(((...))).((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)))))).......(((((..(....)..)))))...))))..))))).))).((((....))))...........)))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((...........)))))).((((((...))))))...(((...((((....))))....(((..........))).)))....(((((((((((((((((..((((....))))..((.(((((((.......)))..))))))....(((.((((.(((..((((......((((((..((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).)))))))...))))))).((((....)))).....))))).))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((...........))))))..........................................................................................................................................................(((((((...............................)))))))................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....................))))........................(((((((...................)))))...))...........................))))))))).............((((((.................................))))))...............((((((((....))))))))................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....................))))........................(((((((...................)))))...))...........................))))).......((((......((((((.................(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(........))))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....))))....................(((((((((((((((((..((((....))))(.........)................................(((..((((......(((((((.((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))...........))))))))((((....))))......)).))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(..................(((((.....))))).((((....(((......)))....))))...............................................................................................((...(((......((((((..................((((.....))))..)))))).....))).))..(.((((((((....)))))))))..................((((....)))).........).)).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((.((((((........((((((((((.....))))).((((....((((....))))....))))..((...(((((...........(((.((((((((((..((((....))))..))).).)))))).))).........)))..)))))))))))))...((((......(((((((.((((....))))...(((((.....)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...................((((....))))........)).))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).((((((...)))))).((((..(.((((....)))).)..))))....................(((((((((((((((((..((((....))))((.......)).......((...........))(((.......(((..((((...(..(((((((.((((....))))...((((((...)))))))))))))..)..))))))).(.((((((((....)))))))).).))).....))))))))((((....))))......)).))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((..................(((((((((((...)))))).((((.......))))......................(.((.....)...))..........((((((......))))))..(((((((....)))..)))).............))))).................(((((....................(((.....)))....)))))...............((((((((....))))))))............))))............................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((.((.(...))))))................((((....(((.((((....)))).(.....)..............................(((...(..((........))..).....))).................(......)..)))..(((..((((......((((((..................((((.....))))..)))))).....))))))).(.((((((((....)))))))))......................................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.[[[.......)))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).............]]]......(((.[[[[)))....]]]].(((((((.(((..[[[[.))).))))))).....((((..........)))).]]]]..........((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))((((......(((..((((((((....))))))))...)))......(((....((((....))))...))).))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.((((((((((..((((....))))..)).)).)))))).((.((...)).))......(((.((((.(((..((((......(((((((.((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).))))))).))))).))).((((....))))...........))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).(([[[[.....[[)).((((....((((....))))....)))).]].....]]]]........(((((((((((((((((..............................................................((((......((((((..((((....))))..((((((.....)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........))))))).((((....)))).....))).))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.......(((((((((((...))))))).(((............................)))...........((...........(((.((..................................))..)).).......))........))))........(((..((..((((((.................((((((...)))))).))))))..)).))).....(..((((.((....)).)))).)........).......(.((........)))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.(((.((........)).)).)........((........(..((((((((..(.............((((((...))))))((.(....)...).).................(((((.....).)).))....(.....................).)))))............((((((.................((((((...)))))).))))))...(...((.((((.((((((((....)))))))))..))).))...((((.....)))).).))))))).....)))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.((((((((((..((((....))))..))).).)))))).((.((...)).))......(((.((((.(((..((((......((((((..((((....))))...((((((...)))))).)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).))))))).))))).))).((((....))))...........))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((......((((.....((((((...)))))).))))...))))))...........(((..........))).....)))(((((((..((((((((.......((((((((.[[[[[[[[..............))))))))((((.((((((...............((((((....]]]]]]]]....(((((((...)))))))))))))..)))))).......((((((((....))))))))...))))....))))))))((((....)))).........))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...((((((.((......))))))))...((((...))))...........((((....))))....(((..........))).....(((((((..(((((.....))))).)))))))....(((((........))))).......((......)).....((((............))))...................((((.(((....))))))).((((((..((..(((..((((((((....))))))))...)))..))........))).)))...............))...... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(..((((((........((((((((((.....)))))...................((....)).........................................................................................)))))))))..........(((((((((...................(((.....)))...))))))...............((((((((....)))))))))))........................)).......))))).)).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....................)))).)((...(((((.((.........(((((((...................)))))...)).)).....(......)..)))..)))))))))))))(..((((.(....((((((.................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....................))))..((...((((..(..........((....(...................).......))..(............)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.................(.((((...)))).).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)...................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....................)))).)((...(((((.((.........(((((((...................)))))...)).)).....(......)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....................)))).)((...((((..(..........((....(...................).......))..(............)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.................(.((((...)))).).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)......................(........)...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....))))).((((....................))))..((...((((..(..........((....(...................).......))..(............)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((.................(.((((...)))).).)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))............................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.(((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.((((((((((..((((....))))..)).)).)))))).((.((...)).))....((((.((((((.....(((...))).((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)))))).......((((((((....))))))))...))))..))))).))).((((....))))...........))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.((((((((((..((((....))))..))).).))))))....................(((.((((.(((..((((......((((((..((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).))))))).))))).))).((((....))))...........))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((...........)))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....))))....................(((((((..((((((((..((((....))))....((((((.............))))))...((((............((((......((((((..((((....))))..(((((((...))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...))))....))))))))((((....)))).........))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((............................((((((...))))))..(((....((((....))))....(((..........)))..................................................................(((.......)))..................((((((.................................))))))...............((((((((....)))))))).........(((....))).......)))...............))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....................))))..........................................................(((........................))).....))).........................................................................(((...((....))...)))................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....................)))).......................................................................................)))))))))...((((..((..((((((.................(((((.....))))).))))))..)).))))......((((((((....)))))))).......................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.((((((((((..((((....))))..)).)).)))))).((.(.....).))....((((.((((((.(......)......((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)))))).......(((((..(....)..)))))...))))..))))).))).((((....))))...........))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((((.((......)))))))).((.((....((((.((((((....((((....))))....)))).....)).)))).......((..(((.((((((((((..((((....))))..)).)).)))))).))).))....)).))..((((.((((((.....(((...))).((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)))))).......((((((((....))))))))...)))).....)).((((((((....))))..........))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.(((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....((....))((((((((((((.(((.(((((((.(((.......))).))))))).....)).....((((.(((((((....).........((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)))))).......(((((..(....)..)))))...))))..).))))))).((((....)))).....))))).))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((..)))).))))).((((((((.((((((((..(((.((......)))))..)))))).))...)))..)))))..(((..)))..(((((((((((((((((..)))))))))).).))))))((((((..))).))))))))))....((((((...........).))).)).(((((..)))))((((.((.((((((.((((((..)))))))))...((..))(((((........))))).((...)).....((((((.((((....))))))))))).))).))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................(.......................)......((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.(.((...................)).).)...((.(......(.((......(..(((((.(.(...(...)...)................(..(..............(())..........).................)......).)))..(((.(.(((......((..........((.........((((((...)))))).))..)).)))...).))).(.((((((((....)))))))))............))..)..............)).....)....).)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).......(((((.....(((.(((((.(((((((.((..((((....))))..))..).)))))).((.(.....).))....((((..(((((...............((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)))))........(((((..(....)..)))))...))))..))))).))).((((....))))...........))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...(((((.(((......)))))))).((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((.......))............((..(((((((((..(((......)))..))).).)))))..))..........((......))...........((((......(((((((................((((((...))))))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))......(((....((((....))))...)))...))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....))))........((((.....(((.((((..((((((((((..((((....))))..)).)).)))))).((.(.....).))....((((.......(((..((((..((..((((((..((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))))))...(((((..(....)..)))))...))))...)))).))).((((....))))...........)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....))))........((((((........)).)))).(((((((..((((....)))).....(((((.............)))))....((((.......(((............)))(((..((((....))))...(((((.....))))).)))..(((((.....))))).((((((((....))))))))...))))....))))))).((((....))))................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((......)))))))).(((((.....))))).((((....((((....))))....)))).........(((.....[[[[.[[[)))..]]]......((((....)))).......]]]]....(((((.....((((..........)))).......(((.....((((((..((((....))))...(((((.....))))).)))))).(((.....)))))).(((((((....))))))).((((........))))...((((....)))).......)))))..... |
