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CACAGGACAGGGUGGUGGCUAACGGCCACCCGGGGUGACCCGCGGGACAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCGCUACCCUCCAGGUAGCGGUAAGGGUGAAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGUCCUCGUGGUGACACGAGGAGCUAGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAGACAGCGUACGACGGUGUUAGUUCACUGGGAGGGCGGUCCGCCCGAGUGCGCGGGUAGGUUGCUAGAGGCCAUCGGCAACGAUGGUCCGAGAUGGAUGGUCGCCGACU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((..(((((......)))))..(((((.]]]]))))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((.(....).)))))))..(((((((...(((....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))...)))..((..((((..(((..((.((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..))))))..)).))))))).(.((((((((....))))))))).....))..)))))))...) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))........((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))............(((..((((.............(........((.....)).).........................)))))))...((((((((....))))))))..................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))..(((((((...(((...(((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))..)))))..(((.((((..(((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....)))..))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))...............((((((....................................))))))...............((((((((....))))))))..................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((.....)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))......((((.....((((((....................................)))))).....))))......((((((((....))))))))..................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))..(((((((..........................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((((....(((.....(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))...(((..((((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))..........))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((.......((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).............)))......((((.....(((((......................((((.....))))...))))).....))))......((((((((....))))))))..................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))).(((((.........(((((...(((((......)))))...((((.....))))...))))).......)))))...((((((((....))))))))..................... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(....).)))))))..((((((((())......................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((((....(((....((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))...(((..((((.(.(.((((((..(((((......)))))...((((((.))))))..)))))).).).))))))).(.((((((((....))))))))).........))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((.....(((((((...)))))).((((....))))..........................(((.................)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)....................(((((......................................)))))...............((((((((....))))))))...........)))..))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((.(((((.....))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((((((...(((........)))...................))))))...............((((((((....))))))))............).))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.[[[[[.....))).(((((((...))).)))).....]]]]]............(((((((((.....)))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[..........)))))..]]]..(((((....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).....[[[[[(((..((((((((....)))))))).....))).)))))..]]]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(...((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............((((((((((((...))))))))))..))........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...)))))))........(((...(.((((((.............(.......(((((...)))))).))))))..)..)))..((((.(.((((((....)))))).).)).)).........)..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))..(((((((............(.............(((((((((((.....)))))))))...))......((((((((.....((.....(((((((((....)))))))).)..))...))))))))...((((..(((..((.((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))(.....))..))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...)))))))...(((((((..((((......................(((((((((.....)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..)))).(((((.(((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).)))...)))))...((((((((....))))))))..........))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))...........((((..((.((((((..(((((...((((.......))))....))).)).))))))..)).))))......((((((((....))))))))((.(((.....)))..))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))......((((.(...((((((....................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).......(....).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))......((((..(..((((((.....................((((.....))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).......(....).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..(((((....((((((....................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).......(....).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((..((.((((((.....................((((.....))))..))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).......(....).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((.....((((((.....................((((.....))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))..........(....).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....))).((((((....)))).))......))))).(((........{{{{{{{{{)))..}}}}}}}}}..((((.....[[[[[[[[....)))).((((((((((((....)))))))).)).))...]]]]]]]](((.....(((((..((((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..))))))..........((...((((((((....))))))))..)).))..))))).)))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))..(((((((....................(((..((((((((((((.....)))))))))...))).......((((((...........((((((((((....)))))))).))......)))))).....{{{{..{{{.((((...[[[.....)))).)))........(((((...)))))..]]]........}}}}}}}...((((((((....))))))))..........))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))..(((((((..((((......................(((((((((.....)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))......((((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((.....))))).((((....))))...................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........)))...................................................................................(((...((....))...)))..................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((.....)))))))))..((.......((.(((.......))).))..((((((((....))))))))..........)).))))))................(((((....................................)))))................((((((((....))))))))...........(....).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(....).)))))))..(((((((...(((....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..((..(((((.(((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).)))...))))).(.((((((((....))))))))).....))..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((.(((.....))).((((((....)))).)).....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))....))))))..(((((.(((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).)))...)))))......(((((....))))))).((.(((.....)))..))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(....).)))))))(((....))).((((((....(((...........(((((((((((.....)))))))))..(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).((....)).)))))))(((((.(((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).)))...))))).(.((((((((....)))))))))....)))...))).)))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(..(((..((..(((((((.(((((((((((...))).)))).(...).(((..........(((((((((((.....)))))))))..)))))....(((((((.(((...((.(.(((((((((((..))))))))).))))).))))))))))(........).((........).)).)))))))))))))))..)(((((((.....((.((.............)).)).(((((((..((.((........)).)))))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................(...()...................................).................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................(.......).............(((........(.(((.(.........)....(.....)..........................................))).))).)...................................(((((.((....)).)))))..................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.(....).)))))))(((....))).((((((....................(((((((((.....)))))))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..................((....((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).....))..))....((((((((....))))))))...........))).)))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))).))))..(((..((((.....((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))..................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))..(((((((...(((....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..((..((((..(((..((.((((((..(((((......)))))...(((((...)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))......))..))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....))).((((((.....)).)))).....)))))............(((((((((.....)))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((.....((((((..(((((......)))))...((((.....))))..)))))).....((((......)))).(((....)))...(((.....))).))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....))).((((((....)))..))).....))))).........((((((((((((.....)))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......[[[[[....[[[[[[..(((((......)))))...[[[[)))..]]]]..]]]]]].(((.....))).....((((((....))))))(((.....)))]]]]]....... |
