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GAAGCCGGUCAGACAGUCGCUGCCUGGUGACAGGGAGAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGAGCAGGAUGCCGGUUAACGGCCGGCCGCCGUGAGGUGAGGAACAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAAGAUCAAAUAGGCAGAUGAUGACGCUGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGAUCGCUCGAGCACACGGGUAACUGUAUGCCUAGAGGAAUGACUGUCCACGACAGAACCCGGCUUAUCGGCCGGCUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((......))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((....))))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.}}}}))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]].).))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((....)))).))..))..)))(((((((....((((((...((((((.....))))))..((....)).......((..(((...................(((((.(((...))).)))))((((....))))............)))...))......))))))...)))))))(((((...((.(((..(((.((((....)))).)))...)))))....(((((...))))).))))).......)))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((..((.((.((((....)))).))..))..))).))(((((........(((((((((((...)))))))((((....))))..((.....((....................................))....)).)))))))))............((((((...(..((.....)))..))))))................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((..((((((((((..(((...(((........)))..(((((........(((((..(((((..((((..(((((....)))..)).....))))..........((((................))))..)))))..))))))))))....)))...)))))).))))....((((((((.......)))))))).))....((((....(((((......)))))...((.....(((((...)))))...)).))))...)))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((...................................................................................................................................................................................................................................)))))))).....................)))))))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((....)))))..................))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))) |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((....)))))))............(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((....)))....................))))))))))..((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(((((((.((((....)))).))......((((..((((....)))).))))((((((.....)))))).(((....)))......................................................(((....)))((..((((....................(((((((.......)))))))))))))....(((.((((....)))).))).............................)))))..)))))))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((....)))).)).....((.(((((................((((((.....))))))((((....))))......................((((................))))................(((..((((......((((((......((.....))...)))))).....))))))).(.(((.((((....)))).))))...........((((.....))))..)))))))....)))))))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((......((.((((....)))).))....(((.(((((((((........((((((((((.....))))))((((....)))).(((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......(((((.......((.....))....))))).....)))).(((.((((.((((....)))).)).)).))).....................)))))))).))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(((((((.((((....)))).))......((((..((((....)))).))))(((((((...)))))))((((....)))).((.......))...................(((((.(.......).)))))((((....))))(..((((.........(.........)(((((((.......))))))))))))(((..(((.((((....)))).)))...)))......(((((...)))))....)))))..)))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))......................((........))...((..))............))))).................(((((......((.......))...)))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............(.....).)))))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.......(.((.(((((..))))).)).)..(((.(((((.(((........(((((((((((...)))))).((((....))))....................................((((...))))........))))))))((..((((......((((((....((((.....)))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))..........................))))))))...))))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............((((....)))).........((((..((((....)))).))))(((((...(((((.[[[[)))))..............]]]].......((((((......(((((.(((...))).)))))((((....))))..........[[[[[[..........((((((((.......))))))))..)))))).....((((....)))).]]]]]]..(((....[[[)))....]]]...))))).....)))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(((((((.((((....)))).))......((((..((((....)))).))))(((((((...)))))))((((((....((.((.......)).))...))).)))......(((((.(((...))).)))))((((....))))((..(((.........)))..))...((((((((.......)))))))).((.(((..(((.((((....)))).)))...)))))....(((((...)))))....)))))..)))))))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((....)))).)).......((({{((((....)))).))).((((((.....))))))((((....))))...................(((((.......(((((...........)))))((((....))))...........[[[[...........((((((((.......))))))))...)))))...................]]]]..........((((.....))))...}}........)))))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((((((((((....))))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(.(...)......).........))).......))))))))....(((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..))).....(..(((((((....))))))).)........)))))))).....................))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(((((((....)))))))..))..))))..(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((...............................)))).......))))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).(((......((((.((((((((....)))))))))..)))......((((.(..))))).))).))))....)))))))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(..(((((((.((((....)))).)).......(((..((((....)))).))).(((((((...)))))))((((....))))..(.......)........((((((......(((((.(((...))).)))))((((....))))....(.............).......((((((((.......))))))))..)))))).(((.((((....)))).)))............(((((...)))))....)))))...))))))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((..((((((..................))))))...((((........[[[[[....((((..))))(((((..(((...........))).....((((((......(((((...........)))))((((....))))..........................((((((((.......))))))))..))))))....)))))....))))...(((..)))..))))))))...........]]]]].....)))))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((.((((....)))).))......((((...(((....)))..))))(((((((...)))))))((((....)))).((.......))......((....)).....(((((.(((...))).))))).........((((..((((......((((((..(((......)))....)))))).....))))))))..(((.((((....)))).)))............(((((...)))))....)))))....)))))))))) |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((((............................(.((((...(..).((((((((((.....)))))....................................(......................)........))))))))))..(((.......((((......................))))......)))))....((((((((....))))))))..........)))))))..........((.))......))))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((....)))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((........))).))....())))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((.....)))..))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((......)))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((...(.........(((........)))..).....).....))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((.....)))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).....(.(....).)......)))))))))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((....)))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((........))).))....())))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((.....)))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((......))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((...(.........(((........)))..).....).....))))))))))))))..((((..((..((((((.....(((.....)))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).....(.(....).)......)))))))))) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((......))).)).(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((...(.........(((........)))..).....).....)))))))))))))(..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))......))))))).....(.(....).)......)))))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.....((.((((....)))).)).((...((((..((((....)))).)))).)).)))...((((((.((((....)))).((.((((..((...(((.(((((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))...........((((((((.......)))))))).))))))..(((.((((....)))).))).....)).....))))))..........))))))....)))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(((((...((((....)))).........((((..((((....)))).))))(((((((...)))))))((((....))))...................((((((......(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((.........))).......((((((((.......))))))))..))))))((((.((((....)))).))).)..........(((((...)))))....)))))..)))))))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............((((....))))..((((...((((..((((....)))).....(((((((...)))))))((((....)))).......))))...........((((................)))).....))))...((((............((((((..........((((((((.......))))))))...(((((......))))).......)))))).........(((((...)))))...))))......)))))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((....................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...................................(((...............))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.......((.((.((((....)))).)).)).(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......((...((.................................))..))..)))))))))...((((..((..((((((..................))))))..)).))))......((((((((....))))))))...........................))))))))....))))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.....((.((((....)))).)).((...((((..((((....)))).)))).)).)))...((((((.((((....)))).(((.(((..((...(((.(((((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))...........((((((((.......)))))))).))))))..(((.((((....)))).))).....)).....))))))..........))))))....)))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((.((.((((....)))).)).((...((((..((((....)))).))))((((((.....))))))((((....))))..........)).....))).((((......(((((.(((...))).)))))((((....))))............(((((.((....)))))))))))..))))...(((((..(((((..(((.((((....)))).)))...)))......(((((...)))))....))..))))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((....)))).))..))..)))(((((((....((((((...((((((.....))))))((((....)))).....((..(((...................(((((.(((...))).)))))((((....))))............)))...))......))))))...)))))))(((((...((.(((..(((.((((....)))).)))...)))))....(((((...))))).))))).......)))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((.((((((....))))))))........(((.((((((.((.(((..(((((((..(((((.((((((((((((...........)).))).))((......))(((((......))).)).)).).)).)))))..))))).(((((((.(((.............))).)))))))..))...))).)).((..((.((((.(((..((((..))))..)).).))))))..))(((((...)))))).))))))))..).))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...................................................................................................................................................................................(............................................................................((.......))....).....)))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........................................................................................................................................(((.....)).....(........).......................(.((((.)).).).)...........................(..).................)....(...........)............)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((....)))).)).............................((((((.....))))))((((....))))...............................(((((.((.....)).)))))((((....))))..........................((((((((.......)))))))).........(((.((((....)))).)))............(((((...))))).............)))))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).(((...)))..((((....)))).((..(((((((...)))))))((((....)))).(((.....(((...........((((......)))).........)))....)))..)).((((..((((......((((((......((.....))...)))))).....))))))))..(((.((((....)))).)))..........)))))))..((........)).......)))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((....)))).))..))..)))..((((((........))).))).......((((((.((((....)))).(((.(((..((...(((.(((((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))...........((((((((.......)))))))).))))))..(((.((((....)))).))).....)).....))))))..........))))))....)))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.........))).((((....))))..........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....)))........((((.....((((...((((......))))........((((...((((....))))............(((((.((....))))))).)))).)))).(((((.....))))).....((((....))))..))))..........((((.....))))...((((((....)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.........))).((((....))))..((((....(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....)))........((((.((((......((((.....[[[[[......)))).]]]]]((((....))))....((((.....<<<<.))))....>>>>.(((...{{{{)))...}}}}.(((((......)))))..))))..))))..........((((.....))))...((((((....)))))))))) |
