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CGGGACGGGCAGACAGUCGCCGCGUAUCGCGUAAGGCAUACGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGUAGAAUGCCGGUUAACGGCCGGGCGCGGUAACGCGACGGAAAGUGGAACAGAAAGCAAAACCGCCGAUGGCUGCUUUGGCAGCACAGGCAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGGGCGCACCGCGCAUUUGGUAACAAUAUGCGGCAGGCCAAACCCCAUUCGGAGCAAGACCAAACAGAACGCAAUGACGCUGCCCGCCGAGCGUUCGGGUAGGUUGCUUGAGCAUACCGGCAACGGUAUGCCUAGAGGAAUGACUGUCCGAGACAGAACCCGGCUUACCGCCUGUCCGGUGUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...............................................((((((..........................................................................(((((....)))))...........................................................................))))))..................................................................................................................))))))))...... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((........))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((...((((((....))))))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))))))............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((..........))))))))............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))...........................(((...((((((....))))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((.....((((((.....(((.....)).).)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....((((....(((((..........)))))...............((((((..((((........((.......))(..((((....)))).).......................(((((..(((((((....))))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))....))))))..((((.....((((((..................)))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))........................))))....))))))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((.........((.(((..............))).))....(((.(((((.................(((((.....))))).((((....))))...........................(((....(((((....)))))...)))...........((((((.......)))))).((((.(((....)))..))))....................(((...(((.....((((((......((.....))...)))))).....))).))).(.((((((((....)))))))))............((.......))...))))))))...)))))))).).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(..((((.((.(((((.((.....))))))).))..........((((((((.(((((....(((((((.....))))).((((....)))).........................(((((..(((((((....))))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).))......))))..).))))))...........((((((.....((.....))....))))))(((((((((.((((.((((((((....)))))))).).))).)))..))))))..........))))))..).))))))))...... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......(.((.(((((..........))))).)).)..(((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)........................((((....(((((....)))))...)))..)((......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........)).))))))))))..((((.....((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))))...)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((.(.((.....)).))))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((............((((((((.................)))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))).))))....))).......))))))))....(((...(.((((((....(((((...))))).))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((((((((.......)...))))))).))...))))...((((.(((.......(.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.(...).)))))).((((((((....))))).)))....))))...)))))))))))..((.((......((((((.((..(((...)))))))))).).(((...........((((((((....))))))))..............(((...)))...))).))))....)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.........((.(((((.((.....))))))).)).((.(((.((((((((((..((((.....((((.....))))((..((((....)))).)).....................((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))....))))))...........((.(((..................))).))......(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..(((((...)))))...))))))).))))))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((((((.(((((((((((...(((((.(((((.(((...)))...))))).........)))))........[[[[[[))))))).)))).......((((..............)))).....((((((..)))))).(((((((.........((((((.......))))))(((..((((((.......((((((..)))..............)))..)))))).....))).......(((((((.........))))))).))))))).((((((((....)))))))).........))))))))..........]]]]]].....))))))))...... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....(((((.....................((((........)))).(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...((.....)).))))))))))..((((.....((((((..((.((.....)).)).)))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))....)))))....))))))))...... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((............................((.....))..(((((..........((((((((.....))))).((((....))))..........................)))......................((...((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))..)).)))))........................................................((((((((....))))))))..........))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((............))))))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..........((((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((.....(((.....)).).)))))).....)))).(....((((((((....))))))))...).....)))))))).......(.......).....)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((..........))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((.....(((.....)).).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((............))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(..........((((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((.((((((.....(((.....)).).))))))..)).)))).(....((((((((....))))))))...).....)))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((............)))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((...........((.((...((((........))))..))...)))).....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((.....(((.....)).).)))))).....)))).(....((((((((....))))))))...)......))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((...(((.((.(((((.((.....))))))).))......(((...((((((..((((.....(((.(((.((..(((..((((....)))).)))...))..))).....((...((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).)))...))))....))))))..)))...............))).)))))))..((((...(((((..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..(((((...))))).)))))))))[[[[))))..]]]]... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((............(((((.((.....))))))).......(((.((((((((((..((((......(((.....))).....((((....))))........................((((((..(((((((....))))).)))))...))).....((((((.(....))))))).((((((((....))).))))).........))))....))))))...........((((((..................))))))......(((.(((.(((((((((....)))))))).).))).)))..(((((...)))))...)))))))...)))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..........((((...))))...(((((.((((........)))).((((....))))...))))).......(((((((((((....)))).((((......................((((...(((((....)))))........(((((....((((((.......))))))...)))))............))))...........(((((....................(((((....(((((((.........))))))))))))....((((((((....))))))))......)))))....))))........)))))))....))))))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((............................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))........................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((..........))))).)).((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))...........................(((...(((((......)))))..)))..((((.....((((((.......)))))).(((((.((....))..))))).........))))))))))))))..((((.....((((((..................)))))).....))))......((((((((....)))))))).........)))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((.........((.(((((.((.....))))))).)).((.(((.((((((((.((.((((((....(((((.....)))))....(((...((..((((......................(((....(((((....)))))...)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..))...)))..................)))))))).)))).(((((..(((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..))..))))).......))))))).)))))))))).).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((((...((((((.(((((.((.....))))))).))......(((...((((((..((((.....(((.(((.((..(((..((((....)))).)))...))..))).....((...((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).)))...))))....))))))..)))..............)))).)))))))..((((...(((((..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..(((((...))))).)))))))))....)).((.....)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((.(((..((.((.(((((.((.....))))))).))..))..))).((((((((..((((.(..((((.(((.((..(((..((((....)))).)))...))..))).....((...((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......))))))))(((((((....))).))))))))..)...))))....))))))(((.((.....((((((......((.....))...))))))((((..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..(((((...))))).))))))))).)))))))))).).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...)(((((((....((.((.(((((.(((..)).))))))))))((((((.((((((.(((((........)).)))(((.(((((((((((((....(((((..)))))(((((........)))))(((((((.((((...).)))))))))).)).))).)))))).)).)))((((.((((((((((((((..)))).))))).).))).)).)))((((((.(((((.((.((((.((((((..................)))))))))))).)))))..((((((((((..))))))))))...).))))).(((((...)))))).)))))))))))..)))))))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(.........................................................................................................................................................................................................................................................................................(....)............................................................))....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((........................................................................................................................................((((.............).(.(....).).....................((....))..................(.............)...............................(.(.....).).......(...((((((((....))))))))..)......)...))........((.......)).....)).)))).).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.........((.(((((.((.....))))))).))....(((.((((.....................................(((...((..(((.......................(((....(((((....)))))...)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))................)))..))...))).................................((((..(((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..))..))))........)))))))...))))))))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(((((((.((.(((((.((.....))))))).)).(((...)))..((((((..((((......((((((...)))))).((((....))))........(((.............((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....))).))))....))))))..((((.....((((((......((.....))...)))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))....))))))).....................))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.........((.(((((.((.....))))))).)).((.(((.((((((((.((.((((((....(((((.....)))))....(((...((..((((......................(((....(((((....)))))...)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..))...)))..................)))))))).)))).(((((..(((((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..))..))))).......))))))).))))))))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.(((((.((.....)))))))..........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((..............)))).....(((((....))))).........)))))...((((((.......)))))).(((((...........)))))..(((((..((((.(((((..................)).))).(((((........)))))..)))).(((.......((((((((....))))))))............((((.....)))).))).)))))..((((.....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.......((((...(((((.((.....)))))))..........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((..............)))))))).(((((....)))))..{{{{..{{{{.....((((((.......)))))).(((((.((....))..))))).(((((........(((((.......[[[........)).)))(((((.<<<<<....)))))>>>>>.]]].))))).((((((((....))))))))............{{{{)))..}}}}.}}}}.}}}}..((((.....)))).. |
