RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00222

RNA: ASE_00222
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.....((..((((.(((((....))))).)))).)).((((((((.(((((((....)))))))..(.(((....))).).(((((....)))))...((((.(((.....((((.((((((((.....)))).)))).)).))..(((..((....))..)))..)))..(((((((((((((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).))))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).....)))).)))))))).))))))))......))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...)))))))...((((((((....(((((((.((((((((.....(((...((((((((((.......)).))))))))..........((((((((((((...((.....((((..(((.(((..((....))...)))..)))...))))..)).((((((((((((...((((((.......))))))...(((..((((((((..((((((...))))))))))).))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).)))))))))))).....)))))))..))).)).....))).....)))))..)))..(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).((((((.....)))))).)))))))..))))))))....))))).)))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..........((((..............)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((............................................................................................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((....................................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.........((((.((..........)).))))....((((((((....................((.(((....))).))(((((....)))))........................(((((((....................((...((....))...))........................................................................................................................................................)))))))..........................(((....(((((((((....................................))))))))).....)))....................)))))))).)).))))).)))....
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DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((..........(.(.((..........)).).).......(..((((..............(((((..((((....))))..(((((....)))))...............................................................(.....................)...................................................................................................................................................................)))))..................(((........).))........................................................)))).)...)).))))).)))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((...)))..((((.(((((....))))).))))....((((((((.(((((((....)))))))....(((....)))...(((((....)))))...((((.(((....(((...((((((((.....)))).))))))).....(((............)))..)))..(((((((((((((((((((((((...((((((.......))))))..((((..((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))))))))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....((((((((((((((.........)))(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).....)))).))))))))....))))).)))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......)))))..((((((...)))))).((.((((((((.(((((((....))))))).((.(((....))).)).((((....)))).(..((((...))))..).((.((((((((.....)))).)))).))((...(((..((....))..)))..)).(..(((..((((((((((((((.(((..((((((.......))))))..)))......(((((..((((((...)))))))))))((((.(((.((((((((((....)))))))....))).)))))))...)))))))))......((((.............))))...)))))..)))..)..(((((((((((((....))........((((((...)))))).))))))))))).((((((.....))))))..........)))))))).)).))))).)))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......)))))(([[[[[[)).]]]]]]....((((((((.((({{{{{{{.....))).((.(((....))).))(((((....)))))........................(((((((..........((((..((..(((..((....))..)))....))...)))).....((((((((((((...((((((.......))))))...((....(((((((..((((((...))))))))))).))..(((.((((((((((....)))))))..)))...))).)).)))))))))))).....)))))))..........................(((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).<<<<)))......>>>>.}}}}}}}..))))))))....))))).)))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....((..((((.((..........)).)))).))..((.(((((.................((.(((((....)))))..((((....))))......................((((...((((......................................................................................................((......))............................................................................)))).))....))................))..........((((..............................................))))............................)))))))..)))))))))))....)
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...))))))).(.((((((((....(((((((.(((((((.((...(((...((((((((.((......)).))))))))...............(((((((....(........)......(((..((....))..))).......(((.....)))((((((((((((...((((((.......))))))...((...((((((((..((((((...))))))))).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).))).)).)))))))))))).....)))))))..)))..)).............))))..)))..((((((((((.((....)).......(((((((...))))))).)))))))))).((((((.....)))))).)))))))..)))))))).)..))))).)))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.(((((.......))))).(((((((...)))))))...((((((((.(((([[[[[[[[[.))))............((((((((............))))))))............(((((((((...((((....((((((((........)))).................))))(((((((((((((((.....((((((.......))))))((((((..(((((.....((((((...))))))....))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))))))))))))))))......((((.............))))...)))))..))))....(((((((((((....]]]]]]]]]..(((((((...))))))))))))))))))............))))))))).......))))))))....))))).)))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((..............)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.........................)........))...........................................................................................................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((....................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((..............)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((.........................)........))...........................................................................................................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((....................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((.((((.(((((....))))).))))......(((((..(((((((....))))))).(((..(((...((((((((((....)))))....)))))..............((((((((...((.....((((..(((.(((..((....))..)))...)))...))))..)).((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))).)))))))))))).....)))))))).))).)))..((((..(((......)))....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))......)))))...)))....))))).....))))).)))....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..(((.((((.(((((....))))).))))......(((((..(((((((....))))))).(((..(((...((((((((((....)))))....)))))..............((((((((...((.....((((.((((.(((..((....))..)))...))).).))))..)).((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).)))))))))))).....)))))))).))).)))..((((..(((......)))....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))......)))))...)))....))))).....))))).)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((............(((.(((((....))))).)))(((..((((((((.(((((((....))))))).((.(((....))).))(((((....)))))...((((.(((.....((((.((((((((.....)))).)))).)).))..(((..((....))..)))..)))..(((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((....)))).)))))(((......)))........)))))))..((((.(((.((((((((((....)))))))..)))...)))))))))))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).....)))).)))))))).)))))))).)))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.(((.((((.((((((((((..)))))(........)((.(((((((((((((....)))))))((((((((..))))((((((...)))))).)))).((...))..(((((.(((((((((.((..))))).))..)))))))))(((......)))).))))).))..)))))))).(..(((((((((((...((((.((((((((((..))))).))))))))).((.(((((((...)))))))))..((((.((((((((((((((....)))))).).))))..))))))))))))))))))..).))))(((.((........)))))..(((((((.(((((.((((((((((((((.........((..))(((((((...)))))))))))))))))..)))))))).....((((...)))).))))))))...)))))))).)).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((............(((.(((((....))))).))).....((((((((....(((((((.........((.(((....))).))(((((....)))))...................................................(((..((....))..)))..................((((((((((((...((((((.......))))))...(((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))).)))))))))))).....................................((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..........)))))))..))))))))....))))).)))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.......((..((((.(((((....))))).)))).)).((((((((.(((((((....))))))).((.(((....))).)).((((....))))....((((.........((((.((((((((.....)))).)))).)).))..(((..((....))..)))...(((.(((((((((((((((((((((.....((((((.......)))))).(((((..(((((.((..((((((...)))))).)).))))).(((.((((((((((....)))))))....))).)))))))).))))))))))......((((.............))))...)))))..((((....(((((((((((((....)).......(((((((...)))))))))))))))))).....))))..))).))).))).)))).))))))))....))))).)))....

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