RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00227

RNA: ASE_00227
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((.......(((((((.(.....).)))))))....(((.(((((.((........(((...(((.(((....(((((..((((((...)))))).)))))...))))))...)))......((((((((....((..((((((..((((...((((((....((((((.............((((((....))))))..((((....((((...((..((((((....((((((((((((............))))))))))))......))))))..)))))).....)))).....)))))).....))))))...((.....))...............))))))))))..))))))))))....)).)))))))).)))))))))
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((.(((((((((.....))))))))).............((((...........((((((((((.....))))).((((.....)))).......................((.(((((((((..........................)))).)))))..))...........((((((((....))))))))............))))).)))).............((((((.................))))))...............((((((((.....)))))))).........)))))))..................................................................))))))))
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((.........)))))))............((((((..............((((((.....))))))((((.....))))...........................................................................................(((....)))......................)))))).......................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((((.........)))))))....(((.((((((((((..............((((((.....))))))((((.....))))..((...(((((...........(((((((.((((((.......(((......)))...)))))).)..))))))................(((((.......))))).)))..)))).....))))).......((((((((((((............)))))))))))).........(((((((((((((.....)))))))).....(((.............))).(((..((((((.......))))))..))).)))))............))))))))....))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((((.((...)).))))))).....((.(((((.((.........((...(((.(((....(((((..((((((...)))))).)))))...))))))...)).......((((((((....((..(((((..........((((((....(((((((.......((((.((.(((((.......))))).)).)))))))))))..((((((((..((((((((((((.(........).))))))))))))..))..))))))..((((((((.....))))))))..........))))))...............(((((.......))))))))))..))))))))))....)).))))))).....))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(.((((((.....................................................(((((((((((...)))))).((((.....)))).........................(((.................)))............((((((..........))))))....(.((((((....)))))).)............))))).............(....((................).)..)...............................................(.((((((........))).))))...........))))....................................)))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....[[[..)))(((((((.........))))))).(((((((..(((...))).))).)))).]]].(((.....(((((..((((((...)))))).)))))[[[[[.)))........(((((..((((((.......((((....))))...))))))....)))))]]]]]...((((..((((((....))))))...[[[[))))..]]]]....((((((....((((((((((((.[[[[.......))))))))))))......))))))..((((((((.....))))))))...........]]]]..........(((..((((((.......))))))..)))(((((((......(((....)))......)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((.((...)).))))))).(((((((..((....))..))).))))..(((.(((....(((((..((((((...)))))).)))))...)))))).......((((((..((((((.......((((....))))...))))))....)))))).(((....)))..((((((....))))))((.((((......)))).)).((((((((..((((((((((((............))))))))))))..))..))))))..((((((((.....)))))))))))))....................(((..((((((.......))))))..)))(((((((..((..(((....)))..))..)))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((((.........)))))))....(((.(((((...........(((...(((.(((....(((((...((((.....))))..)))))...))))))...)))......((((((((....((..(((((....((....(((((.....(((((..............((((((....))))))((.((((......)))).)).((((((....((((((((((((............))))))))))))......))))))..((((((((.....)))))))))))))......)))))...............[[...........))]])))))..)))))))))).......))))))))....))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((((((((((((((.......)))))))).............((((...........(((((((((((...)))))))..(((....)))..........(((..........(((.((((.(((.((....))))).))))......................)).)......(((((...(((....)))))))..).))).......)).))))))....((...(...((.........................))..)..))......(.(((...............(((.....((.....))...)))))))...............))))))))...................................))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((((((((.((...)).))))))).(((((((..((....))..))).))))..(((.(((....(((((..((((((...)))))).)))))...)))))).......((((((..((((((.......((((....))))...))))))....)))))).(((....)))..((((((....))))))((.((((......)))).)).((((((((..((((((((((((............))))))))))))..))..))))))..((((((((.....)))))))))))))...........(((..(((((((..((((((.......))))))..)))...))))..))).(((....))).......))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((((.........)))))))........(((((............(((((...)))))...(((((..((((((...)))))).))))).....................((((((((........((((((..((((...((((((....(((((((............((((((....))))))...[[[[[....)))))))..((((((....((((((((((((............))))))))))))......))))))..((((((((.....))))))))..........))))))...(((...)))....))))....]]]]]..))))))....)))))))).......))))).......))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((((.((iii)).))))))).jjjjjjjjjjj(.{{.))...(([[[(mmmm((((((hh.hh))))))mmmmm.))MMMMMHH)MMMf(fff....f(.<<....)))))..eeeee(.F)...eeeeeeee.M]]]F).)EEEEE)}}JJJJJ.lllllllll.(((((((...EEEEEEEEggggggggg(.HH....aaaaaaa.FFFaaaa.aaaaaaaaaaaa.)))))))....AAAAAAAAAAAA.JJJJ.(((kkkkkkkk(((((ccc..))))III...)GGGGGG.AAAA......>>kkkkkkk.)))GGG.JJ.....))))))))KKKKKKKKLLLLLLLLL...AAAAAAACCC.KKKKKKK
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))...((((...........((((((((((.....)))))(((((.....)))).)((...(((((.((........((.(((((((..............................)).)))))..)).)).......(((((((((....)))))))))..)))..))))))))).))))(..((((.(....((((((.....((.....))...))))))...).)))))...(.((((((((.....))))))))).......))))))))..................................................((.(....).)..).)))))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))...((((...........((((((((((.....)))))(((((.....)))).)((...(((((.((........((.(((((((..............................)).)))))..)).)).......(((((((((....)))))))))..)))..))))))))).))))(..(((((.....((((((.....((.....))...))))))...).)))))...(.((((((((.....))))))))).......))))))))..................................................((.(....).)..).)))))))))
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((...((((((((((((.........))))))).(((((((............))).))))..(((.(((.((.(((((..((((((...)))))).))))).)))))))).......((((((((((((((.......((((....))))...)))))).)).)))))).(((....)))..((((((....))))))...((((......))))....(((((((((.((((((((((((............))))))))))))).))..))))))..((((((((.....)))))))))))))(((...)))..(((..(((((((..((((((.......))))))..)))...))))..))).(((....))).....))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((((.........)))))))........(((((............(((((...)))))...(((((..((((((...)))))).))))).....................((((((((........((((((.....(((((....((((((...(((((..........((((((....))))))...((((......))))....((((((....((((((((((((............))))))))))))......))))))..((((((((.....)))))))).................))))).)))))).....)))))........))))))....)))))))).......))))).......))))))
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((........(((((((.........))))))).((((.(((...((((((......((((....((((((.....))))))(((((...)))))..)))).((((((..........((((((..((((((.......((((....))))...))))))....)))))).............((((((....))))))....)))))).........))))))..)))..(((((((((((............)))))))))))..)))).))))).((((((((((.....)))).........((.....)).....))))))..)).((((((.......)))))).....(((((((..((..(((....)))..))..)))))))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((......(((((((...........)))))))...(((.((((((...((((((.(.(((((((.((((...((((((((((......).)))).))))).).)))))))(((((.((((((((((((((...(.((........)))....)))))).))).)))))...........)))))(((((......).))))))).......((.(((......)))))))))))).....((((((((((.(((..)).).)))))))(..(((.((.(((((((((...)))))))))))).)))(((........)))))).(((.((((((.((((((..))))))..(((..)))))))).))))).)))))))).)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................(....(....)......)............(((.)))...........((....................))....(((....))).............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((........(((((((.((...)).)))))))....(((.(((((.((........(((...(((.(((....(((((..((((((...)))))).)))))...))))))...)))......(((((((....(((..((((((...((....((((((....((((((.............((((((....)))))).............))))))..((((((....((((((((((((.(........).))))))))))))......))))))..((((((((.....))))))))..........))))))...(((...))).....))............))))))..))))))))))....)).))))))))..))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((.......(((((((.(.....).)))))))....(((.(((((.((........(((...(((.(((....(((((..((((((...)))))).)))))...))))))...)))......((((((((....((..((((((..((((...((((((....((((((.............((((((....))))))((.((((......)))).)).((((((....((((((((((((............))))))))))))......))))))...(((((((.....))))))))))))).....))))))...((.....))...............))))))))))..))))))))))....)).)))))))).)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.....))))...(((.........))).(((.((....)))))((((((......((((....((((((.....))))))((((.....))))..))))..(((.......(((..((((((...............((((....))))..(((....))).)))))).(((....))).))).(((....)))..))).((((......))))..)))))).....(((((..((((((.....)))))).(((((....)))))............((((((((.....))))))))..................))))).(((((.((((((.......)))))).(((......................))).....)))))..
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