|
|
|
CACAGAGCAGGGCGGUGGGUAACACCCACCCGGGGCAACCCGCGGGACAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCUCCCGAAUCCAGCGCCACCGGACGACGGAGGUAAGGGUGAAACGGUGGAGCAAGAGACCACCAGCAUGCCGGGCGACCGGCGUGGCUAGGCAAACCCCGCCCGGAGCAAGAUCAGACAGCACACGCAGGUUCCGACCGGAAGGGCUGCUCGCCCGAGUGUGCGGGUAGAUCGCUGGAGGCCGUCGGCAACGGCGGUCGUAGAUGGAUGGUCGCCCCUCCUCCCGCAAGGGCGGAGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...................((.....)).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((...(((....)))..((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((....)))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((.((((....(((...((((((....)))).))....)))))))........(((((((((.....(((((((((.(((.....))).)))..(((((....(((((.........)))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((..((.((((((.....((((....))))((((.....))))..))))))..)).))))))))))((((((((....))))))))...)).)).))))))))).(((.(((....))).))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((.((((((....)))).)).......................((((((...........(.....).....))))))..)))))....(((((.........)))))..((((((((....))))))))........................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(((((((...))))))).(((((.((((((.((......)).......(((....((((((((..(((.........)))))..))))))..(((((....(((((.........)))))..((((((((....))))))))....((((..(((((..((((((.....................))))))..)))..))..)))))))))...))))))))).((((((((..((((((((....)))))))).....))).)))))))))).))).((((....))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................((((((.......................))))))...........(((((.........)))))..((((((((....))))))))........................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((((((..................((.......))...))))))...............((((((((....))))))))....................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....)))).(((.....(((..............(((((((((.................)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))....)))))))................((((((.................((((.....))))..))))))...............((((((((....))))))))....................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...)))))))((((....))))..........................((((((....(((.........)))....))))))...........(((((.........))))).(((((((((....)))))))).)..................(((..((((...(.((((((.(....(((....))).((((.....))))).)))))).)...)))))))...((((((((....)))))))).................(((((.(((....))).))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((............((((((((.......................))))))..)).......(((((.........)))))((((((((((....)))))))).)).))).......)))))..((..((((.....((((((.................((((.....))))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))....................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))))((((....)))).(((...(((((............((((((((....(((.........)))....))))))..)).......(((((.........)))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((.....((((....))))((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((.(((....))).))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((......((............((((((((....(((.(.....).)))....))))))..)).......(((((.........)))))((((((((((....)))))))).)).)).....)))))))..(((..((((.(.(.((((((.(...((((....))))((((.....))))).)))))).).).)))))))...((((((((....)))))))).................(((((.(((....))).))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....................(((((((((...................)..))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).........))))))).......((((......(((((.................((((.....))))..)))))......))))......((((((((....))))))))...................(((.(((....))).))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((...)))))))((((....))))[[[[[....))).................]]]]]..(((((((((.(((.....))).)))..(((((....(((((.........)))))..((((((((....))))))))[[[..........)))))..]]]..((((.....((((((.....((((....))))((((.....))))..)))))).....))))))))))((((((((....)))))))).................(((((.(((....))).))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....))))(((((..(((...............))).)))))...(..((.((((((....((..........))....)))))).))..).((((((((.((((((((....))))))))(((.(((.......)))...)))..((((..((.((((((......(((....))).((((.....))))..))))))..)).)))).(((..((((((((....)))))))).))).))).)))))))))((((.(((....))).)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..............((((((....((([[[......)))....))))))...........(((((.........)))))..((((((((....))))))))....))))...))))))).......((((.....((((((......(((....))).((((.....))))..)))))).....))))]]]...((((((((....)))))))).................(((((.(((....))).))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......((.((((((((...))))))).((......))..........(((...........(((((((............(((.(......))))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......)...........(((.....((((((....................((...)).....))))....)).))).....(.((((((((....)))))))))........)...)..................))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........(((((((((.(..(.....(......)...))))))))...)))......(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...)))))))........(((..((.((((((.................(((((...)))))..))))))..)).)))..((((.((((((((....))))))))))))..............((((.)).)).....)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....))))(((((..(((...............))).)))))......((.((((((....((..........))....)))))).))....((((((((.((((((((....)))))))).(..(((.......)))....)...((((..((.((((((......(((....))).((((.....))))..))))))..)).)))).(....((((((((....))))))))...).))).)))))))))((((.(((....))).)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....))))(((((.................[[[[[[[)))))..(((((((...((((.............((((.....(((((.........)))))..((((((((....)))))))).........))))...))))..............((((((.....(((((..)))))((((.....))))..))))))........)))))))(((((((......]]]]]]].......)))))))))))..(((((.........))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((.....(((...........(((((((((....(((.........)))....))))))...))).....(((((.........)))))..((((((((....))))))))....)))...))).))))...))..((((..((.((((((...((...(((.(((.....))).))).))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))).................(((((.(((....))).))))) |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....(((....((((((.....))))))((((....))))........)))...............(((((.........................)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).......(((((...........................((((.....)))).......(((.....))).....((((((((....)))))))).........)))))...................)).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((.i((.(((((((.bb)))))))hhhhh..hhhhhh(..jj.BBjjjj(........[[[[[[[.)))...fffffff<(((((..cccccc.cc(..dddddd..)))))).((......{()DD.{(.ggg(aaaaaaaaa))>JJJJ..)AAA..((eeeeeeeeee.....eee..((((....)A.))(((((..)))))..)))I.DDDDCC..))))HHHHHH....AAAAAGG))CCCCCC}}...]]]]]]]JJ...EEE.G)FFFFFFFEEEEHHHHH...EEEEEE... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..((((.(.(.((((((................(((((.....))))).))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......................((....)..)... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((...(((((((..........(((((((((.....................)))))))..)))))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......))))))))).......((((.....((((((................(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).............((.......))...(....)...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..(((((....((((((................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......................((....)..)... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((...(((((((..........(((((((((.....................)))))))..)))))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......)))))))))....(..((((.....((((((................(((((.....))))).)))))).....))))).....((((((((....))))))))..............(.......)....(....)...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((...(((((((..........(((((((((.....................)))))))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))....(..((((.....((((((................(((((.....))))).)))))).....))))).....((((((((....)))))))).............((.......))...(....)...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((.(((((((((.....))).((((((....)))).))....................))))))..(((..(((((((((.(((.....))).)))..(((((....(((((.........)))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((..((.((((((.....((((....))))((((.....))))..))))))..)).))))))))))((((((((....)))))))).....))).)).))...(((((.(((....))).))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....))))(((((..(((...............))).)))))..((((............................................[[[[[[[[(((((((((....)))))))).)..(((.......)))........((((.....((((((.....((((....))))((((.....))))..)))))).....))))..))))((((((((....)))))))).....]]].]]]]]))))((((.(((....))).)))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((((((...))))))).(((((.....(((((....((((..............((((((.......................))))))...........(((((.........)))))..((((((((....))))))))....))))...))))).........(((((..((((....((((.((((....))))...))))..(((((......))))).....))))..((((((((....)))))))).........)))))))))))))).((((....))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..(((((.....))))).((((....))))...............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).))............................................................................(((...((....))...)))....................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....)))).(((....(((.............((.(((((((...................)))))))...))((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))...)))...)))))))...((...........((((((.................((((.....))))..)))))).(((..)))))....((((((((....))))))))....................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((.....))))))((((....)))).........)))..........(((((((((.....(((((((((.(((.....))).)))..(((((....(((((.........)))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((..((.((((((.....((((....))))((((.....))))..))))))..)).))))))))))((((((((....))))))))...)).)).)))))...(((((.(((....))).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.((((((.(((.....))).((((((....)))).)).....((((............(((((......((((...(((.(((.....))).)))..)))).....)))))..............((((((((((....))))))).))).))))....))))))...))...(((..((.((((((.....((((....))))((((.....))))..))))))..)).)))..))...((((((((....)))))))))).(((.....)))...(((((.(((....))).))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((((((((.....))))))((((....)))).........)))..........(((((((((.....(((((((((.(((.....))).)))..(((((....(((((.........)))))((((((((((....)))))))).))..........))))).......((((..((.((((((.(...((((....))))((((.....))))).))))))..)).))))))))))((((((((....))))))))...)).)).))))))).(((((.(((....))).))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.............))(((((((.(((.((((((..)))))((((((.(((((.(..((.(((..((((((..(....(((((((((((((.(.((..))).))).))).).))))))...)..)).(((.((...)).).))..).)))..))))))))))))))))).((((..(..((((.(.((((((((.(((..(((..((..)))))))).(((..)))))))))).).))))))))))((((((((((..))))))))))..).))).)))).)))(((((..(((..)))..))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................(.....).....().......(.......)..........................(................).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.((.........((.(.(..(.....(..........).....)).)....)).))....(((((.........)))))((((((((((....)))))))).)).))))...))))))).......((......((((((..(...............((((.....))))..))))))...)...)).(((..((((((((....)))))))).....)))...)).(..........)............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.....)))..(((((....)))).)....................(((((.........((((((..............................(((((.........)))))((((((((((....)))))))).))......................((((...(.((((((......(((....))).((((.....))))..))))))..)..))))))))))((((((((....)))))))).........)))))...(((((.(((....))).))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((....(((.........)))....))))))...))).....(((((.........))))).(((((((((....)))))))).)..))))...))))))).......((((..((.((((((.................((((.....))))..))))))..)).)))).((...((((((((....))))))))..)).............(((((.(((....))).))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((....(((...((((((....)))).))....)))))))........(((((((((.....(((((((((.(((.....))).)))..(((((....(((((.........)))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((..((.((((((.....((((....))))((((.....))))..))))))..)).))))))))))((((((((....))))))))...)).)).)))))))))((((.(((....))).)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....)))))).(((....))).((((..((.((...............))))))))..(((((((.((((..((.......))...))))....(((((.........)))))..((((((((....)))))))).........((((.((((........(((..............)))(((....))).)))).((((....))))....))))....))))))).(((((((....)))))))(((......))).((((((............))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....)))))).(((....))).<<<<......................))))>>>>.(((((....((((.......{{{{{....))))....(((((.........))))).....(((((....))))).(((...........))).((((.....((((.....(((((((((..((((....))))[[[[)))..]]]]..)))))).....)))).)))).((((((((....)))))))).....)))))....((((..}}}}}.....))))..... |
