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CACAGGGCAAGGUGGUGGGUAACACCCACCCGGGGCAACCCGCGGGACAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCCCUGCGUGCAGGGGUAAGGGUGAAACGGCGGUGUAAGAGACCACCAGCGACCGGGGCGACCCGGCCGGCUCGGCAAACCCCACCUGGAGCAAGGUCAAGAAGUCCGGUGCUCUCACCGGACGCGCGCACGACUGAGGGCGGCCCGCCCGAGUGCGCGGGUAGACCGCUGGAGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((((....))))))))..((((((.....(((((.]]]]))))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((....)))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((..((((((((.....))))))((((....))))....))..))))..............(((((((....)))))))...(((((..(((((((.((...((((.((((((.(((((....))))).).))).))......((....)).....)))).....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))..)).)))))))..((((((((....))))))))............))))).(((....))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................(((((((....))))))).............................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((((()))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))......................................((((((.......((.......))...))))))...............((((((((....)))))))).............................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((..............((((((((()))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......)))).......((((..............................(.........((.......)).....)........))))......((((((((....)))))))).............................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((....)))))))..))..........((((........))))..((.(((((....))))).)).........................((((.....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....))))......((((((((....))))))))..................(((....))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((.(((.......))).))((((.(((((....))))).)).)).)))..))))))))))...............((((((((....)))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....((((......((((((((....))))))))..........))))...((((....)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....(((((((...)))))))((((....)))).........)))............((((((((((()))))))))..))..........((((........)))).(((.(((((....))))).)).)............((((......))))......((((((((....)))))))).(((((((..(...((((((.))))))).)))))))(((.((((((....((((((((....)))))))).......).))))))))((((....)))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))).......)))).......((((...........................((((((......((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((....)))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...(((.....((((((((((....)))))))...))).....((.(((.......))).))..((.(((((....))))).)).)))))))..))).((((......))))......((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))((((....)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....(((((((...)))))))((((....))))........((((...........((((((((((....)))))))...))).....((.(((.......))).))..((.(((((....))))).))....))))......((((......))))......((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....((((((((..((((((((....)))))))).....))).)))))))).(((....))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....((((((..((((((((((..((((.(((..)))....))))..............((((((((..))))))))..))))).......)))))....[[[[[[[[[[..(((((....)))))...[[[[.......))))))..]]]]..((((.....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....))))]]]]].((((((((....)))))))).........]]]]])))(((((..))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((............((((((((((....)))))))...))).....((.(((.......))).))..((.(((((....))))).)).....)))..))).))))..(((..((((.......((.((((.(((..(((..((.(((..........))))))))...))).)))).))..)))))))...((((((((....))))))))...........)))...((((....)))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((......))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))).........((.....))....................................................................((((((((....))))))))...................))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((...........................((((((.....((((((...)))))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)............(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..(((((..........................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((...........................((((((.....((((((...)))))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............(.......)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.((((((....))))))...)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((...........................((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............(.......)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...(((.....((((((((((....)))))))...)))........(((.......)))........(((((....)))))....)))))))..))).((((......))))......((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))(((.((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))((((....)))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).)).......................................................................................(((...((....))...))).............................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.((((((((((.....))))))((((....))))..((.....(((............((((((((((()))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).....))))))...)).................................((((((.....................)))))))..............((((((((....)))))))).............................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..((((((((.....))))))((((....))))....))..))))..............(((((((....)))))))...(((((..(((((((.((...((((.....((.(((((....))))).))((((((.........))..))))..)))).....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))..)).)))))))..((((((((....))))))))............))))).(((....))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((....)))))))...)))((..((((((((........))))......((((....))))))))..))))))...))))))).((.((.((((.....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....)))).(((..((((((((....)))))))).))).....)).)))))((((....)))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................(..............().......((......)).................................).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(.......(........).........((......)).....(.....................................((.(((.......))).))((((.(((((....))))).)).))...................)..((.(.........................(.(((((...(...(((((...)))))..))))))...).).)).(....((((((((....))))))))...).....).................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..(((((((((...)))))))((((....))))....))..))))..............(((((((....)))))))...(((((..(((((((.((...((((......(.(((((....))))).)..........................)))).....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))..)).)))))))..((((((((....))))))))............)))))((((....)))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.......(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((....)))))))...))).....((.(((.......))).)).(((.(((((....))))).)).)..))))...))).)))).(((..((((.....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....)))))))...((((((((....)))))))).............((((.......)))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..((((((((.....))))))((((....))))....))..))))..............(((((((....)))))))...(((((..(((((((.((...((((.....((.(((((....))))).))((((((.........))..))))..)))).....((((((((....)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))..)).)))))))..((((((((....))))))))............))))).(((....))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((.....)))))).(((....))).........))))..............((((((......))))))..((((........((((........)))).....(((((....)))))...)))).....(((..((((......))))......((((((((....))))))))..((((((......((((.....))))..)))))).))).....(((....)))((((....))))..((((......)))).....((((....)))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((.....)))))).(((....))).........))))..........(((((((((((....)))))))..((((........((((........)))).......(((....))).(((.{{{.)))..)))).((((......))))......((((((((....)))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))}}}....[[[[[[[[(((((((....)))))))...........))))......]]]]]]]].. |
