RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00231

RNA: ASE_00231
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((((((((((....))))))))))))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....(((((((((....)))))))))..((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).....................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........((((.(((((.(((((((((((((....)))))))))))))....(((.((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))....(((...(((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..))))))))))..)))))))).((((((((....))))))))..........)))))))...)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(..((((((....)))).))......)................(((.....................................)))..(.(((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........))).)...((..((((.....(..........................(((......((((.....))))..)))..).....))))))....((((((((....)))))))).....................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((...(((((((((...)))).((((.((....)).)))).....)))))........((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))))..(((.((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))....((((..(((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))))))...((((((((....)))))))).....))).))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.........................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).....................((((((..........................((.......))...))))))...............((((((((....)))))))).....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.....))))))((((....))))..........................(((((((((.........................)))))))))...........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)............)))).......((((..........................................(((.....)))..............))))......((((((((....)))))))).....................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((...)))))))((((....))))..........................(((.((.(((((((((((((....))))))))))))))).)))..((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))..............(......(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..))))))).....)........((((((((....)))))))).....................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(............((((((.....))))))((((....))))..........(.............(((((.((...............................)).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)............)......((((.....((((((..........)))))).(((((((...(..((((.....))))).)))))))....))))......((((((((....)))))))).....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.((.(((((((((((((....))))))))))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))......((((((((....)))))))).....................
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.....(((((((...)))))))((((....)))).........)))((...........((((.((.(((((((((((((....))))))))))))))).)))).((((....(((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)....))))...))...((..((((.....(((((((((....))))))))).(((((((..((..((((.....)))))))))))))....))))))....((((((((....)))))))).....................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....................................)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).....................((((((........................................))))))...............((((((((....))))))))..............)))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((.(...((.(((................))).))..).)))..))(......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........)..)))))................((((((((......))))))))..................................................((((((((....))))))))..............)))..).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))............((((.....(((((((((((((....)))))))))))))))))....((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[.....))))......]]]]........((((((((((((....))))))))).[[[[[[[.)))..((((.....))))..]]]]]]](((.[[[[)))...((((((((....))))))))..........]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((..((.(((((((...)))))))))..)).(((((((((...((.((((...........((((.(((.((((((((((((....))))))))))))))).)))).((((.....((((((.......))))))((((((((((....))))))).)))......))))...)))).))....((.....)).(((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).)))))).)))..))))))))).(((.((((..((((((((....)))))))).........)))).)))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.....))))))((((....))))............................((((.(((((((((((((....)))))))))))))....(((.((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))..................(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))........))))..((((((((....)))))))).....................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......(.((((((((...)))))))(((......))).........(((...........((((((...................(.(((.(......))))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.((((....)))).)))....))).......)...........(((..((..((((((....(...(.......................((...))))...))))))..)).))).....(.(.((((((....)))))))).........)...))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.....(((((((...))))...((((....))))...........................(....................((((.(..(....)))))))...(((((.....(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).))..........)))))........(((...(.........................((((((......(((((...)))))..))))))..)..)))..((.(.((((((((....))))))))).)).......))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.....(((((((...)))))))((((....))))........(.((.............((((.((.(((((((((((((....))))))))))))))).)))).((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......)))).....)).)....))).....(((((((((....)))))))))..((((.((.((..((.((((((((........)))))))).)).((...((((((((....))))))))..))..)).)).)))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..(((((((...)))))))...(((.(((((((......................((((..))))((((((((((((....)))))))))))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((((((..))).......))))...))).....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..))))))).....))))))...((((((((....))))))))...........(((...))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((..(((((((...)))))))((((....)))).((.......)).............(((..((.(((((((((((((....)))))))))))))))..)))..........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........................((.....))..((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))..(((.(((...(((....)))...)))))).......)).)))...........(((...))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..bbbbbbb((((((((.<<))))))).ggg(..fffffffffff.)))(([(.........dd((((eeee((((((((((((({{{{)))))))))))))eeeeeeee.))))..)F((((((>>.....))))))..((((((((FF..))))))))((ccccc...)FFF..]))).))..(((((......((((((((((.ii.EEEEEEEE((...EEEEhh...))))))))))HH..FFFFFGGGB..BBBBBBII.aaaaaaaa))..AAAAAAAADD..}}}}.)))))CCCCC..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.............................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))......((((.(........((((((........................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(...)..(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((((.........................)))))))))..)).))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......))))))))))......((((..........((((((.........................(((((...)))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.............................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..(((((.........((((((........................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(...)..(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((((.........................)))))))))..)).))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......))))))))))......((((..........((((((.........................((((.....))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(...)..(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((((.........................)))))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))...(..((((..........((((((.........................((((.....))))..)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).)).................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........((((.(((((.(((((((((((((....))))))))))))).((.(((.((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))).))......((((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))).((((((((....))))))))..........)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.....(((((((...)))))))((((....))))..........((((...........((((.((.(((((((((((((....))))))))))))))).)))).((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))...))))......))).....(((((((((....))))))))).(((((.((((((....((((((((........))))))))....(((..((((((((....)))))))).))).)))))).)))).)...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((..(((((((...)))))))((((....))))..........((((..........((((.....(((((((((((((....)))))))))))))))))....((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))...))))..............(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..))))))).....))))))...((((((((....)))))))).....................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((..(((((.....))))).((((....)))).......................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).)).........................................................................................(((...((....))...))).....................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.((((((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........((((((((((((.........................)))))))))...))).....((.(((.......))).))..((((((((....))))))))....))))....))))))((.......))..............................................))))......................((.(.((((((((....))))))))).)).................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........((((.(((((.(((((((((((((....))))))))))))).((.(((.((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))).))......((((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))))).((((((((....))))))))..........)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((..((.(((((((...)))))))))..)).(((((((((...((.((((...........((((.(((.((((((((((((....))))))))))))))).)))).((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))...)))).))....((.....))..((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).))))))))....)))))))))......))...((((((((....)))))))))).(((.....))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........((((.(((((.(((((((((((((....))))))))))))).((.(((.((((...((((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))..))))))).)).(((...(((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..))))))))))..)))))))).((((((((....))))))))..........)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((((.(((((((...)))))))(((((..)))))((((.((((.((.(..(((((....(((..((((((((((((((((....))))))))))))).)))(((.((((.....((((((((...))))))))(((((((((((..))))))))).))......)))))))((((.((..)))))).((((((((((((..)))))))))))))))...))))))))))))))))((((..(..))))).).))))))))..((((((((..))))))))(........)((..(....)))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................((.............(...((...........((...)).......((....))...)).)..........(...).))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................(..((....(...............)....)).............((.......................((......)).......((...................................))..))...........((................))......(((..((((((((....)))))))).....))).)...........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((...(((((((((...)))).((((((....)))).))......)))))........((((.((((((..(((((((((((....)))))))))))...((.(((.((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))))).)).......(((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..))))))))))....)))))).((((((((....))))))))..........)))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.....(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............((((.(((.((((((((((((....))))))))))))))).))))..........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...)))......(((..((((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))))))...((((((((....))))))))..............)))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........((((.(((((((((((.......((((((((((.((((.(((.((((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))).....))))))).))))......((.....))..((((((((.((.(((..(((....)))..))).)).)))))))).)))).))))))))))))))))).((((((((....))))))))..........)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....((((((.....)))))).(((....))).........)))).............((((....(((((((((((((....)))))))))))))...)))).((((.....((((((.......)))))).))))....(((((((((((............))))......(((...(((.....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))).)))...((((((((....))))))))..........)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.((((((.....)))))).(((....))){{{{.....))).............}}}}...(((((((((((((((....)))))))))))).(((((............((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[........)).))).]]]]..(((((....(((((((((....))))))))).....(((......((((..<<<))))..(((...>>>..))).)))...((((((((....)))))))).........))))).)))...

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