RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00232

RNA: ASE_00232
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(......((((((((.....)).))))))(((((((((...(((....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))...)))..((.((((..((((..((.((((((......(((((...)))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))......))..)))))))))((((....))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................((((((....)))).)).......................((((((...........))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).((((..((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((..........)))))).((((((((...(((....((((...(((......(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...)))..(((((((..((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).....)))..))))))))(((((....))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((((((.......((.......))...))))))...............((((((((....)))))))).................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.....))))).((((....)))).........((...............(((((((((.....)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....))......)))))...((..((((.....((((((.....................)))))).....))))))....((((((((....)))))))).................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((...(.....)))))))..(((((((...........(((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))............((((..((((.(.(.((((((...((((.....)))).....)))))).).).))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...........)))))..((..((((.....((((((......((((.....))))..)))))).....))))))....((((((((....)))))))).................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((......((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((.....)).))))))..(((((((..((((....((((...(........(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.(....)))))))((((((((((....)))))))).))))))).......))))((((..((((.(.(.(((((((..((((.....))))..)..)))))).).).))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)........................(((((((.........)))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))))...((..((((.(...((((((.......(((.....)))...))))))...).))))))....((((((((....)))))))).................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...[[[[.)))))...((((....))))........]]]]..............(((((((((.....)))))))))..(((((....(((((.....[[[[)))))..((((((((....))))))))]]]].........))))).((((..[[[[[..........))))..((((((((..((((......))))..))))))))..((((((((....)))))))).........]]]]]...((((((....))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((.....)).))))))..(((((((((.(((....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))...)))...))((((..((((..((.((((((......(((((...)))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((..((((.....))))..((((....))))........((((............(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))......)))).((((..(((<<..<<((((((....(((.[[..)))]]{{..))))))}}....)))))))..((((((((....)))))))).....>>..>>......((((((....))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((((((((...)))))))(((......)))..........((...........((((((((((.((....)))))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))........))..........(((..((..((((((.....(((((...)))))..))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)..)...)........))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........(((((((((((.......))))))))..)).)......(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))......))))........((((.((.((((((......(((((...)))))..))))))..))))))..(...(((((((((....)))))))).)...)...........................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((.....))).))))).((((((((...(((....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).....((((..((((..((.((((((......(((((...)))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))..........))))))))(((((....))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((...)))))))...(((((((..((((....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).[[[[..))))((((..((((.....((((((......(((((...)))))..))))))]]]].))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.((((((((((((.....))))))((((....)))).(((.....(((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))...))).))))..(((..((((..((.((((((......(((((...)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).........)).))...((((((....))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((.(.(.((((((.....(((((.....))))).))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).............................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((...........))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((..((.((((((.....((((((...)))))).))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).............................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..(((((....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).............................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((...........))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((..((.((((((.....((((((...)))))).))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).............................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((...........))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((.....((((((.....((((((...)))))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..).............................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((.((......(((...((((....)))).)))....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....(((.((((....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))..))))))))...))..(((((..((............((((((((..((((......))))..))))))))..((((((((....)))))))).....))..)))))...((((((....))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((.....))).))))).((((((((...(((....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).....((((..((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).....)))))))).(((((((((....)))))))).)........))))))))(((((....))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((..(((((...((((....))))..........................(((((((((.....)))))))))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))).......)))))).((((..((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).................((((((....))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((..(((((.....))))).((((....))))...................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).)).................................................................(((...((....))...))).................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((.......))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))......((((.....((((((.....................)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((.((......(((...((((....)))).)))....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..))))))))...))..(((((..((.(..........((((((((..((((......))))..))))))))..((((((((....))))))))...).))..)))))...((((((....))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....((((((.((......(((...((((....)))).)))....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..)))))))).((((..((((..((.((((((......(((((...)))))..))))))..)).))))))))....)))).(((...(((...((.....))...))))))((((((....))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..............(((((((((.....)))))))))..((((.....(((.((((....)))))))..((((((((....))))))))))))))))...))))))).......(((((..((.(..........((((((((..((((......))))..))))))))..((((((((....))))))))...).))..))))))).((((((....))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(.(.(((((((((.(((...(((((.(((((((...))).))))).)))).((((...))).)..(((((((((((........))))).))))))((((((((((((..)).)))))).))))((((((((........))))))))..)))))))))).)))))(((((.(..((((((..((..(((((...)))))))))))))..)....((.((((.(((((((((..))))))).)).))).))))))))...(((((((..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................((...............................(.(......).)..........(.(...........))...))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((...)))))).((((....))))..((....((((.((.........((.((.(.(.........).).))...)).))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))...))))))).......((((....(((((((......(((((...)))))..))))))...).)))).((...(..(((((....))))).)...)).............................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((..((((.....))))..((((....))))........((((...(((........(((((((((.....)))))))))...........(((((.((....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))......)))).......(((((..((............((((((((..((((......))))..))))))))..((((((((....)))))))).....))..)))))...((((((....))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))).)))).((((..((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).................((((((....))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((.((......(((...((((....)))).)))....((((...(((.....((((((((((((.....)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..))))))))...))..(((((..((............((((((((..((((......))))..))))))))..((((((((....)))))))).....))..)))))...((((((....))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........))))).((((((....))).(((.....................)))((((((((.....))))))))...)))......((((((.......))))))...(((((((....))))))).((((((..........))).)))..(((((....(((..((((....)))).(((....)))))).(((((.....))))).((((((((....)))))))).........)))))....(((((....))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.....)))))).(((....)))((((.....................)))).((((((((((....)))))....)))))...((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[[[...))))...]].]]]]..(((((....(((..((((....)))).(((....)))))).(((((.....))))).((((((((....)))))))).........)))))...((((((....))))))

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