RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00234

RNA: ASE_00234
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCCGAAAGACCAAACUUGCUGGAUAACGUCCAGUGCGAGCGAUCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAGAUACCGCCAAAACAAGUAAAAAGUAAAAAGCAAAAAAGCAAAAGAAACAAAAAUUUCUUUUUACUUUUGCCCUUUAACUUUUGCCUUUUUUUGGUAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGCGUCGAGAGGCGUUGGCUCGGUAAACCCCGGUUGGGAGCAAGGCCAGAGGAACUACGGUUGGUCUUUUACCAGUUCCGCGUAUGAGAGCCGCUAGAGGCUUUUGGUAACAACCGUCCCAGAUAGAUAACUGCCAUCAUGUAAAAUUUUUACAUAGAUAACAGAACCCGGCUUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	........(((.((((((((((.[[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((......)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((.....(((((..(((.]]]]]]].))))))))...........)))......((((((((....)))))))).................((((((((((...))))))).))).......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((...(((.((((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.(((..((((((.(((.((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))...(((...((((((..(((.........)))))))))......(((((((......))))))))))..........)).)))......(((..((((((((((...))))))).)))..)))...))..))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................((((((.....))))))((((....)))).........((...........................................................................................(((.......)))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......)))).........))..(((....(((................(...)..)))..........)))......(((..(((....)))..)))..........................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((.....((((((((((....(((...(((..(((.((..((((...((((....))))..))))..)))))....))).....(((((((.(((..(((((((((..((((((....((((((((......))))))))...))))))..)))).)))))..))).)))))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..)))).))))))))))...((((..((((((..(((.........))))))))).......((((((......)))))))))).....))))))...........(((..((((((((((...))))))).)))..)))..))).......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((...........((((((((...))))))))....................................(((((((............................................................................)))))))...........((((((.......))))))....................................)))))))).......................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((........................................................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).))))..........((((((.................))))))...................((((((((....))))))))...............)).........................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.............(((((.....((((......((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((((........................................................................)))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))).)))))..((((...((((((..(((((.....)))))))))))........).)))......((((((((....))))))))...............)).........................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))..............(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((((.(((..((((((.(((.((((((..(.((((((((......))))))))..)))))))..))).))))))..))).)))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))........................((((((((...........)))))))).................(((((((......)))))))..........................((..(((((((((.....)))))).)))..)).............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(.((..((((((..............(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((................................................................................)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)).)...(((((...((...........)).))))).................(.(((..(((....)))..))).)...............(((((((.........)))).))).................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((.(((..((((((.....(((((.....((((((((......))))))))....)))))......))))))..))).)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....((((((..(((.........))))))))).....((((((((......))))))))...((....))...............)))((((((((((...))))))).))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))...........((((((((((...)))))))((((....)))).................)))..((((((((((.(((..((((((.(((.((((((..(.((((((((......))))))))..)))))))..))).))))))..))).)))))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((......))((((((....((((((((.(......)..))))))))...))))..))......(((((((......)))))))(((....)))...............(((..((((((((((...))))))).)))..)))............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...........................((.(((((((((...)))))).((((....)))).........................(((..((...............(.............................................)..............))..)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))).))...............(((....................))).....................((((((((....))))))))..................................................))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......(((...(((((...............(((((((...)))))))((((....))))........((((...........(((((.(((.((......(........................................................)......)).))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))...........)))))..)))....((((((..(((((.....))))))))))).................(.((((((((....)))))))))................................................)).).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....[[[....)))))....]]]...(((((.(((.....((((...((((....))))..))))....)))........[[[[[[.....)))))............((((((....((((((((......))))))))...))))))(((((.(((((((((.......)))))))))..))))).]]]]]].((((...[[[[[((((((....)))))).))))...........]]]]]....(((((((..[[[[[[..[[[)))))))..]]]]]]]]](((...[[[[[[))).....]]]]]](((....)))(((.[[[...)))..]]]..((((((((((...))))))).))).................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((((.........(((.(((....((((((..(((((....))))).)))).))....))).))).(((((((((((.(((..(((((((((..((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).(((......))).)))))))).(((((...((((((..(((.........))))))))).......((((((......)))))).(((....)))...............(((..((((((((((...))))))).)))..))).....)))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((.............((((((((...))))))))(({{{...))..........................(((((((.(((..((((((((...(((((..((.((((((((......))))))))..)))))))...)).))))))..))).)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))}}}...............))))))..((((...[[[[[.......))))........]]]]]......(((((((......))))))).........................(((..((((((((((...))))))).)))..)))............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...((((..........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........(((((((((.....................................((............................................))..))))))..)).)......(((((.......))))).((.((.(((....))).)))..).))).......)))).))))....(((...((..((.((.((.......))...).))).......))))).....(.((((((((....)))))))))...............................................)).)))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((............((((((....((((.((.((.((((((...))))))..(((....))).........((((..........(((((((((.((...............................................................(.......))).))))))...)))......(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).)..)))).)))).))))))))))...(((...((((((..((((((...)))))))))))).......)..))...(.(.((((((((....)))))))).)..).............((((((.........)))).))........))..))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((((((.(((..(((((((((..((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).(((......))).)))))))).(((((...((((((..(((.........))))))))).......((((((......)))))).(((....)))...............(((..((((((((((...))))))).)))..))).....)))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((........(((((((((.[[[[[[[[[...((((((((...))))))))(((((.............((((..........((((((...........((((((((((((..........................))))))))))))..(((((.(((((((((.......)))))))))..))))).)))))).....))))...(((((((....))))))))))))...((((..))))))))))((((((...((((((....]]]]]]]]]....))))))(((.........)))....)))))).........)))))))............(((...(((((((...)))))))..............)))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...)))..(((((((.............((((((.....))))))((((....)))).....................(((((((((((.(((..(((((((((..((((((....(((((((........)))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).)))))))..(((....((((((..(((.........)))))))))..........)))......(((..(((....)))..)))............)).))((((((((((...))))))).))).................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.ffffff({{{{{{{{{{{([[[[[[[((((m(((((((...)))))))((((<<<.))))..((.aa.aa(....gg(.hhh..>>>......)))M..(((((.....)AA.......((((((((......))))))))lllllllll(eeeee)))))(((((((()HH)EEEEELLLL....((((((ccccc..)))))).jjjjjjj.)))))))).ddddddddddd.))))..)}}}}}}}...((((((((.)}}kk(()DDDDDDDDDDD]..}}FFJJJkkk..]]]]]].LLLLL.)))))))).....))KK))...KKK..AA.JJJJ.HGG(((((((bbb))))))).BBB........FFFFCCCCC
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((............................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(.((((((..(((((.....)))))))))))...)....).))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).........................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((((..........................................................................))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((...((((((..((((((...))))))))))))........).))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....))...........................((..(...)))..)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((............................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((..((((((..(((((.....)))))))))))...)....).))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).........................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((((..........................................................................))))))))..))((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))..))))..)))))))).)))))..((((...((((((..((((((...))))))))))))........).))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....))...........................((..(...)))..)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((........((((((((((..........................................................................))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))...))))))))).)))))..((((...((((((..((((((...))))))))))))........).))).((.(.((((((((....))))))))).))...........))...........................((..(...)))..)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......{{{{{))))).....(((......(((((((...)))))))..((((..((....))...(((((.............(((((((.(((..((((((.(((.((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))))....}}}}}((((((...[[[[[...((((((..(((.........)))))))))......(((((((......)))))))(((....))).))))))........(((..(((((((((.....)))))).)))..))).....]]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((((.........((((((((((...)))))))((((....)))).................))).(((((((((((.((((.(((((((((..((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))).))).)))))))...))))....((((((.(....))))))).((((((((....))))))).).(((......))).)))))))).(((((...((((((..(((.(......))))))))))......(((((((......)))))))(((....)))...............(((..((((((((((...))))))).)))..))).....)))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((.............(((((.....((((..(((((....))))).))))..((((.........(((((((((((...((((((..((((..((((((....((((((((......))))))))...))))))..))))..))))))....)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....)))))))))))).(((((.........(((((((.....................((((((((......))))))))....))))))).....................(((((((...)))))))..............)))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....)))).....................................................................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))..........................................................(((...((....))...)))...............)).........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.....))(((((((................(((((.....))))).((((....))))..((....((((..................................................................................................................((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....)).....)))))..........(((((.................)))))............)).)....((((.(((....))).))))...............))............................(....).......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((...(.((..((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.(.....).....(((((((.(((..((((((.(((.((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..)).)...((((((..(((.........)))))))))..((.((((((((......))))))))...))..))..)))..........(((..(((((((((.....)))))).)))..)))............
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((.....(((((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(((((.............(((((((.(((..((((((.(((.((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))...(((...((((((..(((.........)))))))))......(((((((......)))))))))).....)))))).....((....)).)).(((((((((...))))))).))..................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((.....(((((((((....((((......(((((((...)))))))((((....))))..((....((((.........((((((........((.(((((((((((((......))....((((......)))))))))))))))))(((((.(((((((((.......)))))))))..))))).)))))).((((((....))((((((....)))))).))))))))....))))))))))))...(((.(.((((((..(((.........))))))))).)....(((((((......)))))))))).....)))))))..........(((..(((((((((.....)))))).)))..)))..))).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.((((((..(..((((((((((((((((((((...)))))(((.((((((.(......))))))))))..(((((.((.(((((((((((..((((((((((..((((((..(((((((((((..)))))))))).)))))))..))))).)))))..)))))))))))))((((.....((((((((..)).))))))((((((((((..)))))))).))......))))...)))))).)))))(((........).)))))))))))...((..........))((((((......))))))....(((.(((.......).))))))(((.(((((((((((...))))))).))).))))).))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................(...............((.........)).......................................................................)...........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................(((.(.(...(.....)........(...)...((.....(..........(...).........................(.((.(..........((.((..................))...))..)....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))...)....).......))...((..(..(((....(.(.((...)).))...)).)...).........))....(((..(((....)))..))).........).).)).)...........................((.......))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((.....((......(((((((...))))))).(((((...(....)....(..((.............(((((((.(((..((((((.....((((((....((((((((......))))))))...))))))......))))))..))).)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........)).)))))))............................................(((((((......))))))).........................(((..((((((((((...))))))).)))..)))............
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((...)))..((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((((((.(((..((((((.....((((.......((((((........))))))......))))......))))))..))).)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))))))..(((....((((((..(((.........)))))))))..........)))......(((..(((....)))..))).................(((((((((.....)))))).))).......))).......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.(((..((((((.(((.((((((....((((((((......))))))))...))))))..))).))))))..))).)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........)))))))))).(((((...((....(((((((.....(((((.(.....)....(((((((......))))))))))))))))))).))..........(((..((((((((((...))))))).)))..))).....)))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))..........(((((..(((.....)))...((((....))))................................)))))............((((((....((((((((......))))))))...))))))...........((((.......)))).((((.....((((((.......))))))....(((((....))))).(((.(((......)))..(((((.....(((...........))).(((.....))).............((((((......)))))).(((....))).)))))...........)))...((((((.....))))))..........)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....{{{{{{.)))))...............}}}}}}...((((..(((((....))))).))))..(((((......................((((((((......[[[[[[..(((((((............))))))))]]]]]].......))))))).......))))).((((.....((((((.......))))))....(((((....))))).(((.(((......)))..(((((.....(((...<<<<<...)))((((.....))))>>>>>.......((((((......)))))).(((....))).)))))...........)))...((((((.....))))))..........)))).......

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