RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00237

RNA: ASE_00237
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......(((((((((((((((....(((.((((((..((((((.....((....))..))).))))))))).))).....(((((...(((...((((((((.....)))))).))..)))..(((((..((..((....))..))..)))))..)))))...((.(((((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))..(((....(((((((.......)))))))........((((((((................))))))))..)))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((...(((((....((((.........(((((.....))))).........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((...................................................................................................)))))))))))..................)))))((((((.....))))))....................))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......(((((((((((((((............(((((((.((.........(((((((.....................)))))))((((((......))))..)))).)))))))..............................................((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))).........(((((((.......))))))).............(((((.....))))).................))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((........................(((((.....)))))...................(((((((..................(((.....)))..(((((.......)))))(((((((...................................................................................................)))))))...........................((((((.....))))))........)))))))....)))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...((((...((((((((((((.((.(((((.....))))).))((.((((..(((......((((.............((((((.((((.((((......))))...)))).)))))).....)))).........)))..))))..))................(.(((((....(((....)))....))))).).))))))))))))(((((......(((((((.......))))))).........))))).))))...)))))....)))......((......)).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......((((((((((((((((((((((((...(((((((.((.........(((((((....(..............).)))))))((((((......))))..)))).)))))))..)))((.......))................))))))........((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))).........(((((((.......)))))))........((((((((((.....))))).......))))).....))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((............................(((((.....))))).........................................................((((((.....))))))................................................................................................................................................(.(...).).......................)))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((........((((((((((((((...((((.[[[[[[))))........(((((....)))))....]]]]]]......(((((..(((((((((......))))..)))))..))))).........................(((((((((((...))))).....[[[[[[[))))))........]]]]]]]..))))))))))))))..(((((...(((((((.......)))))))........[[[[[[[[........)))))...]]]]]]]].....))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.((((....((((((((((((((.((.(((.((((((..((((((..((.((...)))).))).))))))))).)))...(((((.(((((((((......))))..))))).))))).((((.((.......)).).)))...(((((((((....((......))....)).))))))).((((.....)))))).))))))))))))))))))......((((..((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....))).................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.<<<<<<...(((.(((((((((((((((....(((.(((((..[[((((..........{{{{{{{)).))..))))).)))..(((}}}}}}}..((((......)))).........]])))..............................................((.(((((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))..........((((((....bbb)))))).......BBBaaaaaa))).............))AAAAAA......>>>>>>
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(....((((..........(((((((........(((((.....)))))........))))))).....(((((((..(((((((......)))))))........(((((((...))))))).........................................((......(.(((.(.(((...(......))).)).))))...))......................................................(((((((.()))))))).......)))))))..))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((..(((....((((((((((((((....(((.((((((..((((((..((.((...)))).))).))))))))).)))..((((((.(((((((((......))))..))))).)))))).......((((..((..((....))..))..))))...........((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))))).......((((..((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....))).................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((((((((((((((.......((((((((((((.......(((((((((((((((...)))............))))))...)))))).(((((((...))))))).))))))..........))))))......(((((((..............[[[[[[[..))))))).((((.....))))...))))))))))))))...............]]]]]]]...))))))))......((((((((................)))))))).....))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..........(((((.........(((((.....))))).........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((..........(((........................................................................))).)))...))))))))))).........((............((((((.....)))))).)).)...))))))).))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..........(((((.........(((((.....))))).........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((..........(((........................................................................))).)))...))))))))))).........((............((((((.....)))))).)).)...)))))))..)))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((...)))..((.....)).)))))))).((((......))))....)))))).)))))).)))........((((...((((.(((((((((...)))))...))))...))))))))...)))))).....)).)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...))))).[[[)))..]]]............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((.((((....((((((((((((((....(((.((((((..((((((..((.((...)))).))).))))))))).)))..((((((.(((((((((.(...)))))..))))).))))))......(((((....................)))))..........((.(((((((..(((....)))..)))))))))))))))))))))))))))......((((..((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....))).................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........(((((((((((((((...(((((.....)))))........(((((....)))))..(((((((.......((((((.(((((((((......))))..))))).))))))...(((((.............)))))..)))))))..............(((((((..............)))))))..))))))))))))))).........((((.(((((.((((((.......)))))).)))))))))...)))))........................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((...........((((.................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....)))))..................................................................................................................))))...........................................................)))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((...)))..((.....)).)))))))).((((......))))....)))))).)))))).)))........((((...((((.((((..(((.(....)))).))))...))))))))...)))))).....)).)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))....))).................
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((...((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((((((.....(((((((((((((((((...)))..((.....)).)))))))).((((......))))....)))))).)))))).)))........((((...((((.(((((((((...)))))...))))...))))))))...)))))).....)).)))))))))))))))..((....)).....((((.((((((.......)))))).)))).))))...)))))..........)).((....))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((((((((((((((.(.((((((...(((((((.(((......((((((((((((...)))..((.....)).)))))))))((((......))))...))).)))))))..))))(((((..((..((....))..))..))))).(....)...)).(((((((..(((....)))..)))))))).))))))))))))))(((((....)).....)))......))))))))...((.((((((((.((.(.......).)))))))))).))..))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(..)...((((((((((((((((((((((...(((((((((.(.(((((((.((((((..))))))))).))))))))))))))(((((((((((((((((..(..)))))..))))))))))))).(((((((...........)))))))(((.((((.....)))))))(((((((((.(..........).)))))))))))))))))))))))..(...).((((((..))))))...))))))))..(((.(((((((((..)...(((..))).)))))))).).))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................(...............).(..............................)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((...((((..(((((((((((((.........(((((................................)))))......(((((..(((((((((......))))..)))))..)))))..............................................(((.((((((..(((....)))..))))))))).)))))))))))))...((....))......(((.((((((.......)))))).)))..))))...)))))....))).................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((.........))).)))))))((.....((((((((((..((...(((((..(((((((((......))))..)))))..)))))..))........((..(....)..))..))))))...)))).....)).(((((((..(((....)))..)))))))..))))))))))))))(((((....)).....)))......))))))))...((.((((((((.((...........)))))))))).))..))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...((((....))))..........(((((.....)))))..((((.....))))....(((((((.......((((...(((..........))).((((((.....)))))).((((..((((.....(((((....))))).....((((.....)))).....(((((((...((....))...)))))))...))))..)))).)))).(((.....((((((.......)))))).(((.....))).((((((.....))))))...)))..))))))).))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((bbbbbb..)))).....(((((.........(((((.....)))))..((((..[[[))))....]]].................aaaa.))))).((((...eee)))).((((..EEE...AAAA..))))((((..((((((.((((.....cccc)))).CCCC.....<<<<<((((.....((((.....))))ddd.))))...DDD.)))))).......((((((.>>>>>.)))))).(((..{{{))).((((((..}}}))))))......))))......BBBBBB

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