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GGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCCAAAAGGCCAAGCUUGCUGGGUAACGCCCAGUGCGAGCGAUCGCGAGGAUAGUGCCACAGAAAUAUACCGCCCUCUAGAUAGAAGAUUUCUCCUGUUUAGUGGGGUAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGUGUCGUGAGGCACUGGCUAGGUAAACCCCGGCUGGGAGCAAGGUCGGAGGAAUCAUGGUUGGUCUUUUUCCAGUUCCGUCGCACUAUAGGUAAAUCUAUGGUGUUAGGUGUACCGCAAGAGGUGUCUGGUAACAGGCAUCCCAGAUAGAUAACUGCCCUCUUAACUGGUUUCAGCUAAGGGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((...........................................................................................................................................................................))))))).............................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..............(((((.....((((......((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((((..................)))).)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))).)))))..((((......((((((..........................................)))))).....))))......((((((((....))))))))...............))........................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((........)))..(((((((....(((.......((((((...)))))).((((....))))..((......)).........(((((((((((((((((.((....)).)))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..((.....)).)))))))))).(((((((.(((((...((...........)).)))))...(((((((((......)))))))))..(......)......((((((((....))))))))............(((..((((((.(((....))).))))))..)))...))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.((((((((((((((....(((((((...)))))))((((....))))((((.......................)))).........(((((((((.......((((((...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))))).[[[[[[........)))))))))....)))))))))).((((((.....(((((((((((..)))))))))))..(((..)))..((((((((((((....))))))]]]]]]............))))))))))))..........))))......))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((...(((...(((((.....(((........(((((.....))))).((((....)))).........................)))....................................((((.....((((((.......))))))..(((((.(....).))))).........))))......)))))..)))............................................................................((((((((....))))))))))........................(....)................)))...... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((......................)).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))).)))))..((((......((((((.............................(((((..))))).)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....))...........................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((......................)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.....((((((.............................(((((..))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).........................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(........((((((((((......................)).)))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))).)))))..((((......((((((.............................(((((..))))).)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....))...........................((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))..................................................................................(((...((....))...)))...............))........................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((.....(((........(((((.....))))).((((....))))..((....((((..........((((((..((......................))...)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....)).))).)))))..(((.......((((((..........................................))))))......)))......((((((((....)))))))).................................................))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.((..((((((((((.(..((((((.....))))))((((....))))...(((..((((.........(((((((((((((((((.((....)).)))))))).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))..((((((((........)))))).)).)))..).))))))))))....(((((...((((((((((....))))))))))(((.((.((((.((((((.(((((....)))))....(((........))).))))))...))))..)).)))..))))).)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((.(((((((((((((.((((((((((...)))))(((.((((((.(......))))))))))......(((((((((((((((..(((((..)))))..))))).))))................)))))).(((.(((((((((((((...).)))))).)).))).))))((((((.((...))))))))...)..)).)))))))))))))))....((..((((((((((......))))))))).)))(((.(((..)).(((((((((..))))))).))((((((..))))))..((((((((((....)))))))))))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................(......................(........).....)........................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((...)))..((((((....((((.......((((((...)))))).((((....))))..((......)).........(((((((((((((((((.((....)).)))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..(.......).)))))))))).....(((.(((((..(((...........)))))))).)))((((((((......)))))))).................((((((((....)))))))).................((((((.(((....))).)))))).......)))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((........)))..(((((((....(((..((((((((((.....))))..))))))........((....((((.........(((((((((((((((((.((....)).)))))))).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))...)).)))))))))).(((((((.((((....((.....))..)))).(((((...((((((((((....))))))))))(((.((.((((.((((((.(((((....)))))....(((........))).))))))...))))..)).)))..))))).....))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((.......))))......((((((.....))))))((((....))))..))))...(((............((((((...(((.....))).((((........))))..))))))....((((((.......))))))....(((((....))))).((((.((......)))))).(((((....(((((....)).))).(((.......))))))))...((((((((((....))))))))))..)))..(((......)))(((((....)))))...((((....................))))....((((...............)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......{{{{.{{{{)))....}}}}......((((((.....))))))((((....))))..}}}}....(((........(((((((((...(((.....))).((((........))))..))))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....((((((........))))))[[[[....))).(((]]]]...)))(((((...((((((((((....))))))))))..(((..(((...<<<))).(((((...........))))).........))).>>>....((((....))))..)))))............. |
