RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00240

RNA: ASE_00240
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.((((.(((((.......((((((((((.....)))))..(((....)))...((....((((((.........(((.(((((((((...)))))))))....))).....((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))..)).)))))....((((.(((...((((((...(((((.....)))))))))))......))))))).((((.(((....))).)))).)))))......(((.((((((((...))))).))))))...))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.((((.((((...((.((((..........(((((.......(((..........)))...........((((((.....(((((((((.(((((..((((.....))))..))))))))))))))....((((((....)))))).))))))...)))))...((((((((.(((((((...........))).)))))).))))))......((((((..........)))))))))))))))))))).....(((.((((((((...)))))).)))))...))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.....)))))))))..)).......((((((.......))).)))..((((((((....))))))))...........)))))))))...........((((((..................))))))..............((((((((....))))))))..................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....))))).............(((((.....)))))(((((....)))..........(((((.............(((((((((...)))))))))(((((((...((((...........)))).)))))))(((((....)))))...))))).(((((..((..((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....))))))))))))))(((....)))...))..................((((((...)))))).................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((.............(((((.....))))).((((....))))...........................(((...............)))...............(((.......)))..........................................)))((..(((........................................)))))....((((.(((....))).))))..................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.(((((((((...)))))))))...)).......(((((((.....)))).)))....((((((....))))))..)))))..)))))))))))))...(((.....(((((...((((((.....))))))))))).....)))......((((.(((....))).))))..................((((((...)))))).........))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((())))))).............(((((.....)))))(((((....)))..(.....).(((((.............(((((((((...)))))))))(((((((...((((((......)).)))).)))))))(((((....)))))...))))).(((((..((..((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....))))))))))))))(((....)))...))...(((.........)))((((((...)))))).................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((((.........)))))))...........((.((((.....)))..))).((.((.(((....))).))))...........)))))...............((((((..................))))))..............((((((((....))))))))..............................................))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...............((((((((((.....))))).((((....))))........((((((.........(((.(((((((((...)))))))))....))).....((((((((...))))).)))....((((((....))))))..)))))).....))))).((((..(((.....((((((...(((((..[[[))))))))))).....)))))))..((((.(((....))).)))).....]]]..........(((((.[[[[)))))...]]]]..........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((...)))).((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((.............(((((((((...))))))))).((((((...((((((......)).)))).))))))((((((....))))))..))))))...))))))).((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....))))))).(((((.(((....))).).)))).(((.((...)).)))((((((...)))))).........))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((<<<..............))..(((((.....))))).((((....))))........((((((..........((.(((((((((...))))))))).{{)).......(((((((.....)))).)))..}}((((((....))))))..)))))).........((((((..(([[....((((((...(((((.....)))))))))))......))).....((((.(((....))).)))).................]]aaaa)))))AAAA..........>>>.))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........((((((((((.((....)))))))))..)).)........(((.......))).....((..(((((....)))))))...))).......))))))))....(((.....(((((...(((.........)))))))...)..))).....(..(((((((....))))))).).................(((..........)))................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.............((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((..........((.(((((((((...)))))))))...)).......((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))...))))))).((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))..((((.(((....))).)))).............((.((((((((...)))))).))))....))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..))))))........((((((((((.....)))))(((((((((((((((((....................)))(((((((((...))))))))).((((........))))......[[[[[))))))).((((((....))))))..))))....)))))))).((((............((((((((((((.....)))))...........)))))))..((((((.((((....))))(((..)))......]]]]]((((((...)))))).....)))))).)))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).))).)))..((((((((....))))))))..)))..))))))))))))))..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........)))))))..)).))....((((((.(...).))).)))..((((((((....))))))))..)))..)))))))))))))(..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.(((((.......((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((..........((.(((((((((...)))))))))...)).......((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))..)).))))).((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))..((((.(((....))).)))).)))))......(((.((((((((...)))))).)))))...))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.(((.....))).((((((((((.....))))).((((....))))........((((((.............(((((((((...)))))))))............((((((((...))))).)))....((((((....))))))..)))))).....))))).((((..((((((..[[[[[[...[[[[[..)))]]]]]]]]]]].....))))))).(((((.(((....))).)))).)..........(((.((((((((...)))))).)))))...))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((......((((........(((((.....))))).((((....)))).......(((((...........((((((.....(((((((((.(((((((((........)))).))))))))))))))....((((((....)))))).))))))....................(((((...((((((((((((.....))))))...........)))))).....))))).....))))).))))...............((((((...)))))).........))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...................................................(((......((................))..((....((....))....)).........))).....))).......................................................(((...((....))...)))..................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.(((((.......((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((..........((.(((((((((...)))))))))...)).......((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))..)).))))).((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))..((((.(((....))).)))).)))))......(((.((((((((...))))).))))))...))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((..(((.((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((..........((.(((((((((...)))))))))...)).......((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))...))))))).(((((((.((((.....(((......))).)))))).)))))....))))))......((((.(((....))).)))).....)))....)).)).((((((...)))))).................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((.(((....((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((..........((.(((((((((...)))))))))...)).......((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))...))))))).((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))..((((.(((....))).))))))))))).....(((.((((((((...)))))).)))))...))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((.......).((..(........)..)).((((((((..(((((((..)))))))((((.(((..)))((((((((((((...)))))))))..)))........(((((((...))))).)).(((.(((((......))))))))....((((((..((..((((..((((((((((((((.(..(........)...))))))))))))))))))))))))))).)))).)))).))))..((((......).)))((((((...))))))((..)))).))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................(....).......(...............................)..........................(...).......((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.............((((((((((.....))))).((((....))))........((((((......((..(..(((((((((...)))))))))...)..))....((((((((...))))).)))....((((((....))))))..)))))).....))))).......(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....)))......((((.(((....))).))))...................(((((...)))))..........))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.(((((.......((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((((.........(((.(((((((((...)))))))))....))).....((((((((...))))).)))....((((((....))))))..))))))..)).))))).((((..(((.....((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))..((((..((....))..)))).)))))......(((.((((((((...))))).))))))...))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((..(((.......)))....(((((.....))))).((((....)))).))))....((((..............((((((((.....))))))))....(((.....))).(((.....))).))))....((((((....))))))..((((......))))...................((((((.(((((.....))))).(((.....)))))))))..((((((.((((....))))...................(((((.....))))).....))))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((..((((.....))))....(((((.....))))).((((....)))).))))....((((..............((((((((.....))))))))....(((.....))).(((.....))).))))....((((((....))))))..((((......))))..((((((((.((((....[[[[[[[.......)))))).))))))......]]]]]]]..((((((.((((....))))..((((((......{{{)).))))....}}}........))))))......

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