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GAGGAAAGUCCGGGCUACAUAGGGCAGAGUGCCGGAUAACGUCCGGGGGGCGCGAGCCUACGACCAGUGCAGCAGAGAGCAAACCGCCGAUGGCUCAAUUGAGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUGCGUGGUAACACGUCAUGGCAGGGUAAACUCCACUCGUAGCAAGACCAAAUAGGAAUCCAACGAGUUGCCCGCUUGGGAUUCGGGUAGGUUGCUUGAGCGUAUGUGUAAAUGUACGCCUAGAGGAAUGAUUGUCCACGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..((((((....))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((.(((.((........((((((...)))))).((((....))))....)).))).)))...((((.....(((.....(((....)))....)))..((((.....((((((.......))))))..((.(((((..(((.(((((....(((.....))).(((..((((..(((..((..((((((..(((((.....)))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))...)))..)))))))))))))))...)))).))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))........(((.............(((((...(.(((....)))..).)))...))......((((((.......)))))).((((.(((....)))..)))))))...........)))))))))..((((......((((((...((((.....)))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....(((((((......(((((((((.((((((...)))))).((((....))))...(((..(((........)))..(((((..((((((....))).))))))..)).((....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).)).)))..)))).((((((......................))))))))))))))))))..((((((..((((((...((((((((....))))))))..)).(((.......))).))))...))))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((....)))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((.................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((..((((((....)))).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((........(((......((((((...)))))).((((....))))........................(((((..((.(((....)))..)))))..)).......((((((.......))))))....(((((....)))))..............................(((......((((((..((((.......)))))))))).....))).......((((((((....))))))))..............)))..........))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.......(((((.....((((((...)))))).((((....)))).........((........))...(((((...................)))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....)))..))))....................((((..(((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).............))))).........))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..((((((....))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))).)))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.......(((((.((..((((((...)))))).((((....)))).........((........))...(((((..(((((((())))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).)))...............))....((..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))))(((.((((((((....)))))))).).))........))))).........))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.((..((......))..)))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))).................(((((.....((.......))...)))))...............((((((((....))))))))................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((.(..((......))..)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))....(.((((((((....))))))))).......................(.......)... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..[[[.....))))..]]].((((....[[[)))).((((....))))]]](((..(((........)))...[[[[..((((((....))).))))))...]]]]....((((((....[[[)))))).((((((((....)))).))))..........]]](((..(((((...(((......((((((..(((((.....))))))))))).)))..)))))....[[[[[[))).....]]]]]].....(((....[[[)))....]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....((((((.((.((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((..((((((....))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...(((.....))).((((.((((..(((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))))))))(((((((....)))))))((....)).))..)))))).....))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....(((((.....(((((.....))))).((((....))))..................................((......))..................((((((.......))))))..(((((((....)))).)))............................((......((((((..(((((.....))))))))))).....))........((((((((....)))))))).............))))).....))..)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((..((((......)).))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))..)..))).......)))))))))...(((..((..((((((..((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((.((((((...)))))).((((....))))...........................(((..(((((....))).)))))....(((......(((((.(...).))))).(((((((((....))).))))).).......)))..))))))))....(((...(..((((((..((((((...))))))))))))..)..)))..((((.((((((((....))))))))))))................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((......((((((....((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((..((((((....))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...(((.....))).(((((.......((.....))......)))))..(((((.........)))))..((..(((..((((((((....))))))))...)))..))..))))))......)..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((....((((((...))))))..((((.[[[[[.........(((........)))...))))...]]]]].........................((((((.......))))))((((((((....((((((...((((((((..)))).((((((......................))))))))))((((((((..............)))))))).))))))..))))))))............)))))).........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................((((((...)))))).((((....)))).......................((((((..((((((....))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...((((.......))))..(((..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....(((.......))).........)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..........((((((((.....))))).((((....)))).........................)))....................(((..((((.....((.(((.......))).)).(((..(((....)))...))).........)))).))).)))))..(((...((..((((((.................))))))..))..))).((.(.((((((((....))))))))).))........................))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..(((((......))).)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((..(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((........)).)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((..(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..(((((......))).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((..(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).............((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((..(((((......))).))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)...................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))...(((..(((.((.....))..((((((.....(((....)))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))).)))..))))..))))))))....((.....))..(((..(((((.(((..((((.....))))..))).))))).((((((((....)))))))).....)))....(((((...)))))...))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((((....((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((..((((((....))).))))))...))).....((((((.(....))))))).((((((((....)))).))))...(((.....))).(((((................[[[[[.)))))..(((((....]]]]])))))......(((.(((((((((....)))))))).).)))......)))))).........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((....((((((...)))))).((((....)))).........(((((...((((............))))................(((((....((((((.......))))))....(((((....))))).................))))).................((((((..(((((.....)))))))))))......)))))....((((((((....))))))))............)))))).........))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).....................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).....................................................((((.....((.(((.......))).)).(((((.((....))..))))).........))))))))))))))..(((...((..((((((..(((((.....)))))))))))..))..))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)..............(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....((((((....((((((...)))))).((((....))))....((...........((((((.(((((..((((((....)))....(.((.(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))).)).)....))).....((((((..(((((.....))))))))))).))).))))))))..((((((((....)))))))).....)).....)))))).....))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((......(((((((((.((((((...)))))).((((....))))...(((..(((.((.....))..((((((.....(((....)))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))).)))..)))).((((((.......((.....))......)))))))))))))))))..)).((((..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..(((((...))))).))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........(((.....)))(((((((((((((.((((....))))....))((.((.((...((((.(((((((..((((((....)))....(.((.(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))).)))).).(((....)))))))).)).)....))).....((((((..(((((.....))))))))))).))).))))))))..))((((((....))))))))))...))).)).)))))).........)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((..))(((((((((..(((((...))))).(((((...).))).)..(((((((........))))((((((..(((((((..))))).)))))..)))....((((((((((..)).)))))).))(((((((..))))).)))))........))))(((((.(((..(((((.((..(((((((..((((.((..)))))))))))))..)))))))((..))((((..(....)..)))).)))))))).....))))).((..))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(.(((((((((...)))))).((((....))))..((.....((..((.........((.((....(.((......)).).))...)).))....((((((.......)))))).((((.(((....))..))))))).........)))))).)))))..((((....(.((((((...(.((.)).).....))))))...).)))).((...((((((((....))))))))..))...................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.................((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....(((....)))....)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...(((.....))).............((.....))...........................................((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((.....(((....)))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))..))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...))).............................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...((..((((.((((.((((((...)))))).((((....))))...(((..(((.((.....))..((((((.....(((....)))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))).)))..)))).((((((.......((.....))......)))))).))))...))....(((((((((((.(((..(((((..(....)..)))))...))).)))..))).)).))).....)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))...((((((((.....))))).((((....))))........)))......((((............))))...........(((..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...((((.......))))..............((((..(((((((.......)).)))))..((((((.....))))))..(((((......))))).)))).........((((.....)))).)))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))...((((((((.....))))).((((....))))........)))......((((.....(((....((((........[[[[[[..)))).....((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))).((((.((((..((((((..................{{{{)))))).(((((..}}}}...))))).))))]]]]]]((((((((....))))))))............((((.....)))).)))).)))). |
